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基本情報
| 登録情報 | ![]() | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Coupling of polymerase-nucleoprotein-RNA in an influenza virus mini ribonucleoprotein complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Influenza virus / ribonucleoprotein complex / polymerase / cryo-EM / VIRAL PROTEIN/RNA / VIRAL PROTEIN-RNA complex | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報helical viral capsid / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / viral penetration into host nucleus / host cell ...helical viral capsid / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / nucleotide binding / viral RNA genome replication / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / DNA-templated transcription / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Kang H / Yang Y / Liu Y / Li M / Zhang L / Lin Y / Rao Z / Lou Z | |||||||||
| 資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025タイトル: Coupling of polymerase-nucleoprotein-RNA in an influenza virus mini ribonucleoprotein complex. 著者: Huiling Kang / Yunxiang Yang / Yixiao Liu / Mingyu Li / Lejin Zhang / Yuqi Lin / Leander Witte / Kuang-Yu Chen / Wenya Song / Zhili Xu / Xiaojing He / Luke W Guddat / Yu Guo / Liming Yan / ...著者: Huiling Kang / Yunxiang Yang / Yixiao Liu / Mingyu Li / Lejin Zhang / Yuqi Lin / Leander Witte / Kuang-Yu Chen / Wenya Song / Zhili Xu / Xiaojing He / Luke W Guddat / Yu Guo / Liming Yan / Yan Gao / Ervin Fodor / Zihe Rao / Zhiyong Lou / ![]() 要旨: Influenza virus ribonucleoprotein complexes (RNPs), composed of the polymerase complex (FluPol), nucleoprotein (NP), and RNA, are essential for replication and transcription. We report atomic- ...Influenza virus ribonucleoprotein complexes (RNPs), composed of the polymerase complex (FluPol), nucleoprotein (NP), and RNA, are essential for replication and transcription. We report atomic-resolution cryo-EM structures of mini-vRNPs in two states: FluPol located inside (State-In) or at the outer rim (State-Out) of the NP-RNA ring. In both states, the 5' and 3' termini of vRNA are bound to FluPol as previously reported. One NP (NP-0) contacts PA/PB1 of FluPol and binds the distal double-stranded vRNA promoter, with its D72-K90 loop inserting into the RNA fork; separated strands occupy NP-0 RNA-binding grooves. Grooves from other NPs form a continuous RNA-protective path, consistent with negative-strand RNA virus mechanisms. In State-In, interfaces for FluPol dimerization or Pol II interaction are blocked, but fully exposed in State-Out. These structures reveal detailed FluPol-NP-RNA coupling and suggest a conformational shift in RNPs during the viral life cycle. | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_64766.map.gz | 154.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-64766-v30.xml emd-64766.xml | 24.6 KB 24.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| 画像 | emd_64766.png | 128.6 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-64766.cif.gz | 7.9 KB | ||
| その他 | emd_64766_half_map_1.map.gz emd_64766_half_map_2.map.gz | 165 MB 165 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-64766 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-64766 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|
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マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_64766.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.96 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
| ファイル | emd_64766_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
| ファイル | emd_64766_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : FluPol_NP-0_RNA_State In
| 全体 | 名称: FluPol_NP-0_RNA_State In |
|---|---|
| 要素 |
|
-超分子 #1: FluPol_NP-0_RNA_State In
| 超分子 | 名称: FluPol_NP-0_RNA_State In / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) |
-分子 #1: Polymerase acidic protein
| 分子 | 名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) |
| 分子量 | 理論値: 82.998781 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 配列 | 文字列: MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDLKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFINEQGES IVVELDDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG AEKPKFLPDL YDYKENRFIE IGVTRREVHI YYLEKANKIK SENTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ...文字列: MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDLKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFINEQGES IVVELDDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG AEKPKFLPDL YDYKENRFIE IGVTRREVHI YYLEKANKIK SENTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ARIKTRLFTI RQEMANRGLW DSFRQSERGE ETIEERFEIT GTMRRLADQS LPPNFSCLEN FRAYVDGFEP NG CIEGKLS QMSKEVNAKI EPFLKTTPRP IKLPDGPPCF QRSKFLLMDA LKLSIEDPSH EGEGIPLYDA IKCMRTFFGW KEP YIVKPH ERGINSNYLL SWKQVLAELQ DIENEEKIPR TKNMKKTSQL KWALGENMAP EKVDFDNCRD ISDLKQYDSD EPEL RSLSS WIQNEFNKAC ELTDSIWIEL DEIGEDVAPI EYIASMRRNY FTAEVSHCRA TEYIMKGVYI NTALLNASCA AMDDF QLIP MISKCRTKEG RRKTNLYGFI IKGRSHLRND TDVVNFVSME FSLTDPRLEP HKWEKYCVLE IGDMLLRSAI GQMSRP MFL YVRTNGTSKI KMKWGMEMRR CLLQSLQQIE SMIEAESSVK EKDMTKEFFE NKSETWPIGE SPKGVEEGSI GKVCRTL LA KSVFNSLYAS PQLEGFSAES RKLLLVVQAL RDNLEPGTFD LGGLYEAIEE CLINDPWVLL NASWFNSFLT HALR UniProtKB: Polymerase acidic protein |
-分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
| 分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) |
| 分子量 | 理論値: 86.578172 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 配列 | 文字列: MDVNPTLLFL KVPAQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGKWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEVVQQTRV DRLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK ...文字列: MDVNPTLLFL KVPAQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGKWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEVVQQTRV DRLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK DVIESMDKEE MEITTHFQRK RRVRDNMTKK MVTQRTIGKK KQRVNKRSYL IRALTLNTMT KDAERGKLKR RA IATPGMQ IRGFVYFVET LARSICEKLE QSGLPVGGNE KKAKLANVVR KMMTNSQDTE LSFTITGDNT KWNENQNPRM FLA MITYIT KNQPEWFRNI LSIAPIMFSN KMARLGKGYM FESKRMKLRT QIPAEMLASI DLKYFNESTR KKIEKIRPLL IDGT ASLSP GMMMGMFNML STVLGVSILN LGQKKYTKTT YWWDGLQSSD DFALIVNAPN HEGIQAGVDR FYRTCKLVGI NMSKK KSYI NRTGTFEFTS FFYRYGFVAN FSMELPSFGV SGINESADMS IGVTVIKNNM INNDLGPATA QMALQLFIKD YRYTYR CHR GDTQIQTRRS FELKKLWEQT RSKAGLLVSD GGPNLYNIRN LHIPEVCLKW ELMDEDYQGR LCNPLNPFVS HKEIESV NN AVVMPAHGPA KSMEYDAVAT THSWIPKRNR SILNTSQRGI LEDEQMYQKC CNLFEKFFPS SSYRRPVGIS SMVEAMVS R ARIDARIDFE SGRIKKEEFS EIMKICSTIE ELRRQK UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit |
-分子 #3: Polymerase basic protein 2
| 分子 | 名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) |
| 分子量 | 理論値: 86.243445 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 配列 | 文字列: MERIKELRNL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPSLRMKWM MAMKYPITAD KRITEMVPER NEQGQTLWSK MSDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPVTSTV HYPKVYKTYF DKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF ...文字列: MERIKELRNL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPSLRMKWM MAMKYPITAD KRITEMVPER NEQGQTLWSK MSDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPVTSTV HYPKVYKTYF DKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF PNEVGARILT SESQLTITKE KKEELQDCKI SPLMVAYMLE RELVRKTRFL PVAGGTSSVY IEVLHLTQGT CW EQMYTPG GEVRNDDIDQ SLIIAARNIV RRASVSADPL ASLLEMCHST QIGGTRMVDI LRQNPTEEQA VDICKAAMGL RIS SSFSFG GFTFKRTSGS SIKREEEVLT GNLQTLKIRV HEGYEEFTMV GKRATAILRK ATRRLVQLIV SGRDEQSIAE AIIV AMVFS QEDCMIKAVR GDLNFVNRAN QRLNPMHQLL RHFQKDAKVL FQNWGIEHID NVMGMVGVLP DMTPSTEMSM RGIRV SKMG VDEYSSTERV VVSIDRFLRV RDQRGNVLLS PEEVSETHGT ERLTITYSSS MMWEINGPES VLVNTYQWII RNWETV KIQ WSQNPTMLYN KMEFEPFQSL VPKAIRGQYS GFVRTLFQQM RDVLGTFDTT QIIKLLPFAA APPKQSRMQF SSLTVNV RG SGMRILVRGN SPVFNYNKTT KRLTILGKDA GTLIEDPDES TSGVESAVLR GFLILGKEDR RYGPALSINE LSNLAKGE K ANVLIGQGDV VLVMKRKRDS SILTDSQTAT KRIRMAIN UniProtKB: Polymerase basic protein 2 |
-分子 #4: Nucleoprotein
| 分子 | 名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) |
| 分子量 | 理論値: 56.172574 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 配列 | 文字列: MASQGTKRSY EQMETDGERQ NATEIRASVG KMINGIGRFY IQMCTELKLS DYEGRLIQNS LTIERMVLSA FDERRNRYLE EHPSAGKDP KKTGGPIYKR VDGKWMRELV LYDKEEIRRI WRQANNGDDA TAGLTHMMIW HSNLNDTTYQ RTRALVRTGM D PRMCSLMQ ...文字列: MASQGTKRSY EQMETDGERQ NATEIRASVG KMINGIGRFY IQMCTELKLS DYEGRLIQNS LTIERMVLSA FDERRNRYLE EHPSAGKDP KKTGGPIYKR VDGKWMRELV LYDKEEIRRI WRQANNGDDA TAGLTHMMIW HSNLNDTTYQ RTRALVRTGM D PRMCSLMQ GSTLPRRSGA AGAAVKGVGT MVMELIRMIK RGINDRNFWR GENGRKTRSA YERMCNILKG KFQTAAQRAM MD QVRESRN PGNAEIEDLI FSARSALILR GSVAHKSCLP ACVYGPAVAS GYDFEKEGYS LVGIDPFKLL QNSQVYSLIR PNE NPAHKS QLVWMACHSA AFEDLRLLSF IRGTKVSPRG KLSTRGVQIA SNENMDTMES STLELRSRYW AIRTRSGGNT NQQR ASAGQ ISVQPAFSVQ RNLPFDKSTI MAAFTGNTEG RTSDMRAEII RMMEGAKPEE VSFRGRGVFE LSDEKATNPV VPSFD MSNE GSYFFGDNAE EYDN UniProtKB: Nucleoprotein |
-分子 #5: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')
| 分子 | 名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3') タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) |
| 分子量 | 理論値: 4.337563 KDa |
| 配列 | 文字列: UUUGUCACCC UGCU |
-分子 #6: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*UP*UP...
| 分子 | 名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*U)-3') タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) |
| 分子量 | 理論値: 7.7206 KDa |
| 配列 | 文字列: AGUAGAAACA AGGGUGUUUU UUAU |
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
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試料調製
| 緩衝液 | pH: 8 |
|---|---|
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | TFS KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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キーワード
Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
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FIELD EMISSION GUN
