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タイトルCoupling of polymerase-nucleoprotein-RNA in an influenza virus mini ribonucleoprotein complex.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 9741, Year 2025
掲載日2025年11月4日
著者Huiling Kang / Yunxiang Yang / Yixiao Liu / Mingyu Li / Lejin Zhang / Yuqi Lin / Leander Witte / Kuang-Yu Chen / Wenya Song / Zhili Xu / Xiaojing He / Luke W Guddat / Yu Guo / Liming Yan / Yan Gao / Ervin Fodor / Zihe Rao / Zhiyong Lou /
PubMed 要旨Influenza virus ribonucleoprotein complexes (RNPs), composed of the polymerase complex (FluPol), nucleoprotein (NP), and RNA, are essential for replication and transcription. We report atomic- ...Influenza virus ribonucleoprotein complexes (RNPs), composed of the polymerase complex (FluPol), nucleoprotein (NP), and RNA, are essential for replication and transcription. We report atomic-resolution cryo-EM structures of mini-vRNPs in two states: FluPol located inside (State-In) or at the outer rim (State-Out) of the NP-RNA ring. In both states, the 5' and 3' termini of vRNA are bound to FluPol as previously reported. One NP (NP-0) contacts PA/PB1 of FluPol and binds the distal double-stranded vRNA promoter, with its D72-K90 loop inserting into the RNA fork; separated strands occupy NP-0 RNA-binding grooves. Grooves from other NPs form a continuous RNA-protective path, consistent with negative-strand RNA virus mechanisms. In State-In, interfaces for FluPol dimerization or Pol II interaction are blocked, but fully exposed in State-Out. These structures reveal detailed FluPol-NP-RNA coupling and suggest a conformational shift in RNPs during the viral life cycle.
リンクNat Commun / PubMed:41188214 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.97 - 4.75 Å
構造データ

64766

9v44

EMDB-64766, PDB-9v44:
Coupling of polymerase-nucleoprotein-RNA in an influenza virus mini ribonucleoprotein complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

64768

9v46

EMDB-64768, PDB-9v46:
Coupling of polymerase-nucleoprotein-RNA in an influenza virus mini ribonucleoprotein complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å

64769

9v47

EMDB-64769, PDB-9v47:
Coupling of polymerase-nucleoprotein-RNA in an influenza virus mini ribonucleoprotein complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.52 Å

64770

9v48

EMDB-64770, PDB-9v48:
Coupling of polymerase-nucleoprotein-RNA in an influenza virus mini ribonucleoprotein complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.75 Å

由来
  • influenza a virus (a/victoria/3/1975(h3n2)) (A型インフルエンザウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / Influenza virus / ribonucleoprotein complex / polymerase / cryo-EM / VIRAL PROTEIN-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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