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- EMDB-64545: The complex of human pMEK1 and uERK1 (ANP)(from pY204ERK1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64545
タイトルThe complex of human pMEK1 and uERK1 (ANP)(from pY204ERK1)
マップデータ
試料
  • 複合体: The complex of human pMEK1 and uERK1 (from pY204) at the presence of AMPPNP
    • タンパク質・ペプチド: Mitogen-activated protein kinase 3
    • タンパク質・ペプチド: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードMEK1. ERK1 / Complex / Kinase / MAPK pathway / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cholesterol efflux / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of xenophagy / xenophagy / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / mitogen-activated protein kinase kinase / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell ...negative regulation of cholesterol efflux / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of xenophagy / xenophagy / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / mitogen-activated protein kinase kinase / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of muscle contraction / Golgi inheritance / placenta blood vessel development / MAP kinase scaffold activity / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / regulation of axon regeneration / cerebellar cortex formation / labyrinthine layer development / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / melanosome transport / cardiac neural crest cell development involved in heart development / interleukin-34-mediated signaling pathway / caveolin-mediated endocytosis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / response to epidermal growth factor / Signaling by NODAL / Signaling by MAP2K mutants / RSK activation / ERKs are inactivated / positive regulation of cyclase activity / phosphorylation / type B pancreatic cell proliferation / Regulation of the apoptosome activity / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / positive regulation of macrophage proliferation / central nervous system neuron differentiation / cartilage development / outer ear morphogenesis / vesicle transport along microtubule / positive regulation of Ras protein signal transduction / : / Signaling by LTK in cancer / regulation of Golgi inheritance / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / positive regulation of axonogenesis / trachea formation / triglyceride homeostasis / regulation of early endosome to late endosome transport / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / positive regulation of neuroinflammatory response / Frs2-mediated activation / MAPK3 (ERK1) activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / response to exogenous dsRNA / ERK/MAPK targets / positive regulation of macrophage chemotaxis / regulation of cytoskeleton organization / face development / endodermal cell differentiation / MAP kinase kinase activity / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / lung morphogenesis / thyroid gland development / positive regulation of telomere maintenance / pseudopodium / positive regulation of ATP biosynthetic process / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / Uptake and function of anthrax toxins / MAP kinase activity / regulation of ossification / mitogen-activated protein kinase / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / protein kinase activator activity / Signal attenuation / BMP signaling pathway / Growth hormone receptor signaling / Schwann cell development / response to axon injury / stress-activated MAPK cascade / phosphatase binding / keratinocyte differentiation / neuron projection morphogenesis / ERK1 and ERK2 cascade / NPAS4 regulates expression of target genes / signal transduction in response to DNA damage / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / phosphotyrosine residue binding / negative regulation of TORC1 signaling
類似検索 - 分子機能
: / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase 3 / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Peng C / Sun Y / Liu S / Zhou F / Hu Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government2023C03109 中国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2026
タイトル: Mechanistic insight into the phosphorylation of ERK by MEK
著者: Sun Y / Peng C / Liu S / Zhou F / Huang G / Wang J / Hu Q
履歴
登録2025年5月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月1日-
マップ公開2026年4月1日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64545.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64545.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 192 pix.
= 208.704 Å		1.09 Å/pix.
x 192 pix.
= 208.704 Å		1.09 Å/pix.
x 192 pix.
= 208.704 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.48
最小 - 最大-3.46508 - 5.330683
平均 (標準偏差)0.00013514514 (±0.11621727)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 208.70401 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64545_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64545_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The complex of human pMEK1 and uERK1 (from pY204) at the presence...

全体名称: The complex of human pMEK1 and uERK1 (from pY204) at the presence of AMPPNP
要素
  • 複合体: The complex of human pMEK1 and uERK1 (from pY204) at the presence of AMPPNP
    • タンパク質・ペプチド: Mitogen-activated protein kinase 3
    • タンパク質・ペプチド: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: The complex of human pMEK1 and uERK1 (from pY204) at the presence...

超分子名称: The complex of human pMEK1 and uERK1 (from pY204) at the presence of AMPPNP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Mitogen-activated protein kinase 3

分子名称: Mitogen-activated protein kinase 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Recombinant human ERK1 with additional C-terminal His-tag expressed in E. coli
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mitogen-activated protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.399773 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: HMAAAAAQGG GGGEPRRTEG VGPGVPGEVE MVKGQPFDVG PRYTQLQYIG EGAYGMVSSA YDHVRKTRVA IKKISPFEHQ TYCQRTLRE IQILLRFRHE NVIGIRDILR ASTLEAMRDV YIVQDLMETD LYKLLKSQQL SNDHICYFLY QILRGLKYIH S ANVLHRDL ...文字列:
HMAAAAAQGG GGGEPRRTEG VGPGVPGEVE MVKGQPFDVG PRYTQLQYIG EGAYGMVSSA YDHVRKTRVA IKKISPFEHQ TYCQRTLRE IQILLRFRHE NVIGIRDILR ASTLEAMRDV YIVQDLMETD LYKLLKSQQL SNDHICYFLY QILRGLKYIH S ANVLHRDL KPSNLLINTT CDLKICDFGL ARIADPEHDH TGFLTEYVAT RWYRAPEIML NSKGYTKSID IWSVGCILAE ML SNRPIFP GKHYLDQLNH ILGILGSPSQ EDLNCIINMK ARNYLQSLPS KTKVAWAKLF PKSDSKALDL LDRMLTFNPN KRI TVEEAL AHPYLEQYYD PTDEPVAEEP FTFAMELDDL PKERLKELIF QETARFQPGV LEAPLEHHHH HH

UniProtKB: Mitogen-activated protein kinase 3

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分子 #2: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1

分子名称: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Recombinant human MEK1 with additional C-terminal His-tag expressed in E. coli, with phosphorylation sites on S218 and S222.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mitogen-activated protein kinase kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.00132 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPKKKPTPIQ LNPAPDGSAV NGTSSAETNL EALQKKLEEL ELDEQQRKRL EAFLTQKQKV GELKDDDFEK ISELGAGNGG VVFKVSHKP SGLVMARKLI HLEIKPAIRN QIIRELQVLH ECNSPYIVGF YGAFYSDGEI SICMEHMDGG SLDQVLKKAG R IPEQILGK ...文字列:
MPKKKPTPIQ LNPAPDGSAV NGTSSAETNL EALQKKLEEL ELDEQQRKRL EAFLTQKQKV GELKDDDFEK ISELGAGNGG VVFKVSHKP SGLVMARKLI HLEIKPAIRN QIIRELQVLH ECNSPYIVGF YGAFYSDGEI SICMEHMDGG SLDQVLKKAG R IPEQILGK VSIAVIKGLT YLREKHKIMH RDVKPSNILV NSRGEIKLCD FGVSGQLID(SEP) MAN(SEP)FVGTRS YMSP ERLQG THYSVQSDIW SMGLSLVEMA VGRYPIPPPD AKELELMFGC QVEGDAAETP PRPRTPGRPL SSYGMDSRPP MAIFE LLDY IVNEPPPKLP SGVFSLEFQD FVNKCLIKNP AERADLKQLM VHAFIKRSDA EEVDFAGWLC STIGLNQPST PTHAAG VLE HHHHHHHH

UniProtKB: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 235273
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
ソフトウェア名称: Coot
得られたモデル

PDB-9uw4:
The complex of human pMEK1 and uERK1 (ANP)(from pY204ERK1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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