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- EMDB-64507: Cryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64507
タイトルCryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A mutant) in the presence of 28:0 CoA
マップデータmain map
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A mutant) in the presence of 28:0 CoA
    • タンパク質・ペプチド: GL2
    • タンパク質・ペプチド: CER6
キーワードComplex / inactive C222A mutant / 28:CoA / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid elongase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Very-long-chain 3-ketoacyl-CoA synthase / FAE1/Type III polyketide synthase-like protein / FAE1/Type III polyketide synthase-like protein / : / Transferase family / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein ECERIFERUM 26-like / 3-ketoacyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Liu Y / Zhang P
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32230050 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of very-long-chain fatty acid elongation by the CER6-GL2 enzyme complex in plant wax biosynthesis.
著者: Yaqi Liu / Yuan Chen / Xue Zhang / Mengxue Li / Ji Wang / Zhao Yang / Miaolian Ma / Zhiwei Zhao / Hongtao Liu / Fang Yu / Peng Zhang /
要旨: Plant cuticular waxes, crucial hydrophobic barriers, are primarily composed of aliphatics derived from very-long-chain fatty acids (VLCFAs; >C28) synthesized by the endoplasmic reticulum fatty acid ...Plant cuticular waxes, crucial hydrophobic barriers, are primarily composed of aliphatics derived from very-long-chain fatty acids (VLCFAs; >C28) synthesized by the endoplasmic reticulum fatty acid elongase complex. The core catalytic subunit, CER6 (KCS6), requires interaction with the BAHD protein GL2 to elongate acyl chains beyond C28. We determined the cryo-electron microscopy structure of the maize CER6-GL2 (ZmCER6-ZmGL2) heterotetramer bound to coenzyme A (CoA) and malonyl-CoA, revealing a membrane-anchored ZmCER6 homodimer, with each cytosolic catalytic domain having a substrate tunnel. Structural and biochemical analyses suggest that ZmGL2's amino terminus binds ZmCER6 and remodels its substrate tunnel into a continuous hydrophobic channel at their interface, enabling acyl-chain elongation. CER6 uses a distinct Cys-His-Asn catalytic triad, differing from the histidine-dependent catalysis of mammalian elongases. GL2 acts noncatalytically to modulate CER6 activity. Comparative analyses suggest that species-specific substrate preferences arise from divergent CER2/GL2 interactions. This work elucidates the acyl-chain elongation mechanism of plant VLCFA biosynthesis and provides a foundation for engineering stress-resilient crops via wax modulation.
履歴
登録2025年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月11日-
マップ公開2026年3月11日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64507.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64507.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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投影像・断面図

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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 335.52 Å		0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 335.52 Å		0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 335.52 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.43
最小 - 最大-2.3460505 - 3.6794653
平均 (標準偏差)0.0033149787 (±0.07640257)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 335.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half A

ファイルemd_64507_half_map_1.map
注釈half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half B

ファイルemd_64507_half_map_2.map
注釈half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A m...

全体名称: Cryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A mutant) in the presence of 28:0 CoA
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A mutant) in the presence of 28:0 CoA
    • タンパク質・ペプチド: GL2
    • タンパク質・ペプチド: CER6

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A m...

超分子名称: Cryo-EM structure of the maize CER6-GL2 complex (inactive C222A mutant) in the presence of 28:0 CoA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Zea mays (トウモロコシ)

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分子 #1: GL2

分子名称: GL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zea mays (トウモロコシ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDKMV FEQHEEEAVA PGAVHGHRLS TVVPSSVTGE VDYALADADL AFKLHYLRGV YYYRSGDGLA TKVLKDPMFP WLDDHFPVAG RVRRAEAEGD GAPRRPYIKC NDCGVRIVEA RCDRDMAEWI RDAAPGRIRQ LCYDKVLGPE LFFSPLLYVQ ITNFKCGGLA ...文字列:
DYKDDDDKMV FEQHEEEAVA PGAVHGHRLS TVVPSSVTGE VDYALADADL AFKLHYLRGV YYYRSGDGLA TKVLKDPMFP WLDDHFPVAG RVRRAEAEGD GAPRRPYIKC NDCGVRIVEA RCDRDMAEWI RDAAPGRIRQ LCYDKVLGPE LFFSPLLYVQ ITNFKCGGLA LGFSWAHLIG DIPSAATCFN KWAQILSGKK PEATVLTPPN QPLQGQSPAA PRSVKQVGPM EDLWLVPAGR DMACYSFHVS DAVLKKLHQQ QNGRQDAAAG TFELVSALVW QAVAKIRGDV DTVTVVRADA AARSGKSLAN EMKVGYVESA GSSPAKTDVA ELAALLAKNV VDETAAVAAF QGDVLVYGGA NLTLVDMEQV DLYGLEIKGQ RPVYVEYGMD GVGDEGAVLV QPDADGRGRL VTVVLPGDEI DSLRAALGSA LHVA

UniProtKB: Protein ECERIFERUM 26-like

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分子 #2: CER6

分子名称: CER6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zea mays (トウモロコシ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHMPSG GVFSGSVNLK HVKLGYQYLV NHFLTLLLVP VMAATALELA RLGPGELLSL WRSLELDLVH ILCSAFLVVF VGTVYVMSRP RPVYLVDYAC YKPPASCRVP FATFMEHTRL ISDDDKSVRF QTRILERSGL GEDTCLPPAN HYIPPNPSME ASRAEAQLVI ...文字列:
HHHHHHMPSG GVFSGSVNLK HVKLGYQYLV NHFLTLLLVP VMAATALELA RLGPGELLSL WRSLELDLVH ILCSAFLVVF VGTVYVMSRP RPVYLVDYAC YKPPASCRVP FATFMEHTRL ISDDDKSVRF QTRILERSGL GEDTCLPPAN HYIPPNPSME ASRAEAQLVI FSAIDDLVRR TGLKPKDIDI LVVNCSLFSP TPSLSAMIIN KYKLRSNIRS FNLSGMGASA GLISIDLARD MLQVHPNSNA LVVSTEIITP NFYQGSRRDM LLPNCLFRMG AAAILLSNRR REARRAKYRL VHVVRTHKGA DDRAYRCVYE EEDEQGFSGI SLSKELMAIA GDALKSNITT IGPLVLPMSE QLLFFFRLVG RKLVNKGWRP YIPDFKLAFE HFCIHAGGRA VIDELQKNLQ LSPRHVEASR MTLHRFGNTS SSSLWYELAY IEAKGRMRRG DRVWQIGFGS GFKCNSAVWK CLRSIKTPTN GPWDDCIHRY PVDVPEVVKL

UniProtKB: 3-ketoacyl-CoA synthase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 94244
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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