[日本語] English
万見
- EMDB-64482: The helicase module of the helicase-primase complex from HHV1 bou... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64482
タイトルThe helicase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir
マップデータFocused map
試料
  • 複合体: Helicase-primase complex from human herpesvirus 1
    • 複合体: helicase
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication helicase
    • 複合体: primase
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein SMT3,DNA primase
    • 複合体: ssDNA
      • DNA: synthetic DNA
  • リガンド: Pritelivir
  • リガンド: ZINC ION
キーワードHelicase / Primase / Inhibitor Complex / Herpesvirus / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / bidirectional double-stranded viral DNA replication / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / helicase activity / condensed nuclear chromosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein tag activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA replication / hydrolase activity / host cell nucleus / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA replication helicase domain / DNA replication helicase, Herpesvirus / Helicase / DNA primase / Herpesviridae UL52/UL70 DNA primase / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain ...DNA replication helicase domain / DNA replication helicase, Herpesvirus / Helicase / DNA primase / Herpesviridae UL52/UL70 DNA primase / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication helicase / DNA primase / Small ubiquitin-related modifier
類似検索 - 構成要素
生物種Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Sato K / Kise Y / Hamada K / Nureki O / Sengoku T
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir
著者: Sato K / Kise Y / Hamada K / Nureki O / Sengoku T
履歴
登録2025年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月8日-
マップ公開2026年4月8日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_64482.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64482.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.85042554 - 1.4415195
平均 (標準偏差)-0.00080918404 (±0.03209906)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 298.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_64482_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_64482_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Helicase-primase complex from human herpesvirus 1

全体名称: Helicase-primase complex from human herpesvirus 1
要素
  • 複合体: Helicase-primase complex from human herpesvirus 1
    • 複合体: helicase
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication helicase
    • 複合体: primase
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein SMT3,DNA primase
    • 複合体: ssDNA
      • DNA: synthetic DNA
  • リガンド: Pritelivir
  • リガンド: ZINC ION

-
超分子 #1: Helicase-primase complex from human herpesvirus 1

超分子名称: Helicase-primase complex from human herpesvirus 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

-
超分子 #2: helicase

超分子名称: helicase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

-
超分子 #3: primase

超分子名称: primase / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

-
超分子 #4: ssDNA

超分子名称: ssDNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

-
分子 #1: synthetic DNA

分子名称: synthetic DNA / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.780199 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)

-
分子 #2: DNA replication helicase

分子名称: DNA replication helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 104.354164 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSYYGAWSHP QFEKGGGSGG GSGGSAWSHP QFEKGAHHHH HHGSLEVLFQ GPMAAAGGER QLDGQKPGPP HLQQPGDRPA VPGRAEAFL NFTSMHGVQP ILKRIRELSQ QQLDGAQVPH LQWFRDVAAL ESPAGLPLRE FPFAVYLITG NAGSGKSTCV Q TINEVLDC ...文字列:
MSYYGAWSHP QFEKGGGSGG GSGGSAWSHP QFEKGAHHHH HHGSLEVLFQ GPMAAAGGER QLDGQKPGPP HLQQPGDRPA VPGRAEAFL NFTSMHGVQP ILKRIRELSQ QQLDGAQVPH LQWFRDVAAL ESPAGLPLRE FPFAVYLITG NAGSGKSTCV Q TINEVLDC VVTGATRIAA QNMYAKLSGA FLSRPINTIF HEFGFRGNHV QAQLGQYPYT LTSNPASLED LQRRDLTYYW EV ILDLTKR ALAASGGEEL RNEFRALAAL ERTLGLAEGA LTRLAPATHG ALPAFTRSNV IVIDEAGLLG RHLLTAVVYC WWM INALYH TPQYAARLRP VLVCVGSPTQ TASLESTFEH QKLRCSVRQS ENVLTYLICN RTLREYARLS YSWAIFINNK RCVE HEFGN LMKVLEYGLP ITEEHMQFVD RFVVPENYIT NPANLPGWTR LFSSHKEVSA YMAKLHAYLK VTREGEFVVF TLPVL TFVS VKEFDEYRRL THQPGLTIEK WLTANASRIT NYSQSQDQDA GHMRCEVHSK QQLVVARNDV TYVLNSQIAV TARLRK LVF GFSGTFRAFE AVLRDDSFVK TQGETSVEFA YRFLSRLIFS GLISFYNFLQ RPGLDATQRT LAYARMGELT AEILSLR PK SSGVPTQASV MADAGAPGER AFDFKQLGPR DGGPDDFPDD DLDVIFAGLD EQQLDVFYCH YTPGEPETTA AVHTQFAL L KRAFLGRFRI LQELFGEAFE VAPFSTYVDN VIFRGCEMLT GSPRGGLMSV ALQTDNYTLM GYTYARVFAF ADELRRRHA TANVAELLEE APLPYVVLRD QHGFMSVVNT NISEFVESID STELAMAINA DYGISSKLAM TITRSQGLSL DKVAICFTPG NLRLNSAYV AMSRTTSSEF LRMNLNPLRE RHERDDVISE HILSALRDPN VVIVY

UniProtKB: DNA replication helicase

-
分子 #3: Ubiquitin-like protein SMT3,DNA primase

分子名称: Ubiquitin-like protein SMT3,DNA primase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: SUMOstar / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 130.398977 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGITSLYK KAGFLQLGSL QDSEVNQEAK PEVKPEVKPE THINLKVSDG SSEIFFKIKK TTPLRRLME AFAKRQGKEM DSLTFLYDGI EIQADQTPED LDMEDNDIIE AHREQIGGMG QEDGNRGERR AAGTPVEVTA L YATDGCVI ...文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGITSLYK KAGFLQLGSL QDSEVNQEAK PEVKPEVKPE THINLKVSDG SSEIFFKIKK TTPLRRLME AFAKRQGKEM DSLTFLYDGI EIQADQTPED LDMEDNDIIE AHREQIGGMG QEDGNRGERR AAGTPVEVTA L YATDGCVI TSSIALLTNS LLGAEPVYIF SYDAYTHDGR ADGPTEQDRF EESRALYQAS GGLNGDSFRV TFCLLGTEVG GT HQARGRT RPMFVCRFER ADDVAALQDA LAHGTPLQPD HIAATLDAEA TFALHANMIL ALTVAINNAS PRTGRDAAAA QYD QGASLR SLVGRTSLGQ RGLTTLYVHH EVRVLAAYRR AYYGSAQSPF WFLSKFGPDE KSLVLTTRYY LLQAQRLGGA GATY DLQAI KDICATYAIP HAPRPDTVSA ASLTSFAAIT RFCCTSQYAR GAAAAGFPLY VERRIAADVR ETSALEKFIT HDRSC LRVS DREFITYIYL AHFECFSPPR LATHLRAVTT HDPNPAASTE QPSPLGREAV EQFFCHVRAQ LNIGEYVKHN VTPRET VLD GDTAKAYLRA RTYAPGALTP APAYCGAVDS ATKMMGRLAD AEKLLVPRGW PAFAPASPGE DTAGGTPPPQ TCGIVKR LL RLAATEQQGP TPPAIAALIR NAAVQTPLPV YRISMVPTGQ AFAALAWDDW ARITRDARLA EAVVSAEAAA HPDHGALG R RLTDRIRAQG PVMPPGGLDA GGQMYVNRNE IFNGALAITN IILDLDIALK EPVPFRRLHE ALGHFRRGAL AAVQLLFPA ARVDPDAYPC YFFKSACRPG PASVGSGSGL GNDDDGDWFP CYDDAGDEEW AEDPGAMDTS HDPPDDEVAY FDLCHEVGPT AEPRETDSP VCSCTDKIGL RVCMPVPAPY VVHGSLTMRG VARVIQQAVL LDRDFVEAIG SYVKNFLLID TGVYAHGHSL R LPYFAKIA PDGPACGRLL PVFVIPPACK DVPAFVAAHA DPRRFHFHAP PTYLASPREI RVLHSLGGDY VSFFERKASR NA LEHFGRR ETLTEVLGRY NVQPDAGGTV EGFASELLGR IVACIETHFP EHAGEYQAVS VRRAVSKDDW VLLQLVPVRG TLQ QSLSCL RFKHGRASRA TARTFVALSV GANNRLCVSL CQQCFAAKCD SNRLHTLFTI DAGTPCSPSV PCSTSQPSS

UniProtKB: Small ubiquitin-related modifier, DNA primase

-
分子 #4: Pritelivir

分子名称: Pritelivir / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: A1BXB
分子量理論値: 402.491 Da

-
分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 99345
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: OTHER

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る