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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6427 | |||||||||
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タイトル | Visualizing the Adsorption of Cyanophage P-SSP7 to the Marine Cyanobacterium Prochlorococcus MED4 by Electron Cryo-Tomography | |||||||||
マップデータ | pre-infection conformation of P-SSP7 bacteriophage | |||||||||
試料 |
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キーワード | cryo-electron tomography / bacteriophage / cyanobacteria | |||||||||
生物種 | Prochlorococcus phage P-SSP7 (ファージ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Murata K / Zhang Q / Fu C / Liu X / Sullivan M / Coleman M / Osburne M / Schmid MF / Chisholm S / Chiu W | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Visualizing Adsorption of Cyanophage P-SSP7 onto Marine Prochlorococcus. 著者: Kazuyoshi Murata / Qinfen Zhang / Jesús Gerardo Galaz-Montoya / Caroline Fu / Maureen L Coleman / Marcia S Osburne / Michael F Schmid / Matthew B Sullivan / Sallie W Chisholm / Wah Chiu / 要旨: Marine cyanobacteria perform roughly a quarter of global carbon fixation, and cyanophages that infect them liberate some of this carbon during infection and cell lysis. Studies of the cyanobacterium ...Marine cyanobacteria perform roughly a quarter of global carbon fixation, and cyanophages that infect them liberate some of this carbon during infection and cell lysis. Studies of the cyanobacterium Prochlorococcus MED4 and its associated cyanophage P-SSP7 have revealed complex gene expression dynamics once infection has begun, but the initial cyanophage-host interactions remain poorly understood. Here, we used single particle cryo-electron tomography (cryo-ET) to investigate cyanophage-host interactions in this model system, based on 170 cyanophage-to-host adsorption events. Subtomogram classification and averaging revealed three main conformations characterized by different angles between the phage tail and the cell surface. Namely, phage tails were (i) parallel to, (ii) ~45 degrees to, or (iii) perpendicular to the cell surface. Furthermore, different conformations of phage tail fibers correlated with the aforementioned orientations of the tails. We also observed density beyond the tail tip in vertically-oriented phages that had penetrated the cell wall, capturing the final stage of adsorption. Together, our data provide a quantitative characterization of the orientation of phages as they adsorb onto cells, and suggest that cyanophages that abut their cellular targets are only transiently in the "perpendicular" orientation required for successful infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6427.map.gz | 8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6427-v30.xml emd-6427.xml | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6427.gif 80_6427.gif | 72.1 KB 10.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6427 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6427 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6427_validation.pdf.gz | 79.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6427_full_validation.pdf.gz | 78.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6427_validation.xml.gz | 500 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6427 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6427 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6427.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | pre-infection conformation of P-SSP7 bacteriophage | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 9.36 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Prochlorococcus phage P-SSP7
全体 | 名称: Prochlorococcus phage P-SSP7 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Prochlorococcus phage P-SSP7
超分子 | 名称: Prochlorococcus phage P-SSP7 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Prochlorococcus phage P-SSP7
超分子 | 名称: Prochlorococcus phage P-SSP7 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 268748 / 生物種: Prochlorococcus phage P-SSP7 / Sci species strain: Podoviridae / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Prochlorococcus (バクテリア) / 株: MED4 / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 655 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 100 mM Tris-HCl (pH 7.5), 100 mM MgSO4, and 30 mM NaCl |
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グリッド | 詳細: R3.5/1 Quantifoil |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 40 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: LEICA EM CPC 手法: Grids with sample solution were quickly frozen in liquid ethane. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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温度 | 平均: 90 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Omega エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 30.0 eV |
日付 | 2008年5月16日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 80 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 20000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / Tilt series - Axis1 - Min angle: 0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 62 ° |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度の算出法: OTHER / 使用したサブトモグラム数: 70 |
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