EMDB-6422: CryoEM structure of GroEL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-6422

タイトル

CryoEM structure of GroEL

マップデータ

CryoEM structure of GroEL

試料

試料: Wild type GroEL
タンパク質・ペプチド: GroEL

キーワード

GroEL

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å

データ登録者

Roh SH / Hryc C / Chiu W

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM of GroEL
著者: Roh SH / Hryc C / Chiu W

履歴

登録	2015年8月10日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2015年9月2日	-
マップ公開	2015年9月2日	-
更新	2015年9月16日	-
現状	2015年9月16日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 3.5 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（円筒半径に従い着色）表面レベル: 3.5 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	400_6422.gif

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_6422.map.gz	49.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-6422-v30.xml emd-6422.xml	8 KB 8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	400_6422.gif 80_6422.gif	109.5 KB 6.5 KB
その他	emd_6422_additional_1.map.gz emd_6422_half_map_1.map.gz emd_6422_half_map_2.map.gz	41 MB 41 MB 41 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6422 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6422	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_6422_validation.pdf.gz	78.1 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_6422_full_validation.pdf.gz	77.2 KB	表示
XML形式データ	emd_6422_validation.xml.gz	493 B	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6422 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6422	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	8750 10417 3415 1458 1587 8317 6947 2221 1200 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_6422.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

CryoEM structure of GroEL

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.07 Å/pix. x 240 pix. = 256.8 Å	1.07 Å/pix. x 240 pix. = 256.8 Å	1.07 Å/pix. x 240 pix. = 256.8 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.07 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 3.5 / ムービー #1: 3.5
最小 - 最大	-8.8404007 - 16.466403960000001
平均 (標準偏差)	0.0 (±1.0014087)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	240	240	240
Spacing	240	240	240

セル

A=B=C: 256.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	1.07	1.07	1.07
M x/y/z	240	240	240
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	256.800	256.800	256.800
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	-80	0	-4
NX/NY/NZ	161	13	58
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	240	240	240
D min/max/mean	-8.840	16.466	-0.000

-
添付マップデータ: emd 6422 additional 1.map

ファイル

emd_6422_additional_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
添付マップデータ: emd 6422 half map 1.map

ファイル

emd_6422_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
添付マップデータ: emd 6422 half map 2.map

ファイル

emd_6422_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Wild type GroEL

全体	名称: Wild type GroEL
要素	試料: Wild type GroEL タンパク質・ペプチド: GroEL

-
超分子 #1000: Wild type GroEL

超分子	名称: Wild type GroEL / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 14-mer / Number unique components: 1
分子量	実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa

-
分子 #1: GroEL

分子	名称: GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	1.0 mg/mL
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: LEICA EM GP / 手法: Blot once for 5 seconds.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	JEOL 3200FS
温度	平均: 86 K
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: in-column omega filter エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV
日付	2014年8月8日
撮影	カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 実像数: 300 / 平均電子線量: 25 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	倍率（補正後）: 59800 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.3 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER

-
画像解析

CTF補正	詳細: particle-based
最終再構成	アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, RELION / 使用した粒子像数: 40000

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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