+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6422 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of GroEL | |||||||||
マップデータ | CryoEM structure of GroEL | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | GroEL | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Roh SH / Hryc C / Chiu W | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM of GroEL 著者: Roh SH / Hryc C / Chiu W | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6422.map.gz | 49.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6422-v30.xml emd-6422.xml | 8 KB 8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6422.gif 80_6422.gif | 109.5 KB 6.5 KB | ||
その他 | emd_6422_additional_1.map.gz emd_6422_half_map_1.map.gz emd_6422_half_map_2.map.gz | 41 MB 41 MB 41 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6422 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6422 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6422_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_6422_full_validation.pdf.gz | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6422_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6422 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6422 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6422.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | CryoEM structure of GroEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-添付マップデータ: emd 6422 additional 1.map
ファイル | emd_6422_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: emd 6422 half map 1.map
ファイル | emd_6422_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: emd 6422 half map 2.map
ファイル | emd_6422_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Wild type GroEL
全体 | 名称: Wild type GroEL |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Wild type GroEL
超分子 | 名称: Wild type GroEL / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 14-mer / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa |
-分子 #1: GroEL
分子 | 名称: GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: LEICA EM GP / 手法: Blot once for 5 seconds. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FS |
---|---|
温度 | 平均: 86 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: in-column omega filter エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV |
日付 | 2014年8月8日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 実像数: 300 / 平均電子線量: 25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 59800 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: particle-based |
---|---|
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, RELION / 使用した粒子像数: 40000 |