[日本語] English
万見
- EMDB-6412: Structure of PhnGI complex from Escherichia coli by negative stain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6412
タイトルStructure of PhnGI complex from Escherichia coli by negative stain
マップデータPhnGI complex from Escherichia coli
試料
  • 試料: PhnGI complex from Escherichia coli
  • タンパク質・ペプチド: PhnG
  • タンパク質・ペプチド: PhnI
キーワードPhnGI
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Yang K / Ren Z / Raushel FM / Zhang J
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structures of the Carbon-Phosphorus Lyase Complex Reveal the Binding Mode of the NBD-like PhnK.
著者: Kailu Yang / Zhongjie Ren / Frank M Raushel / Junjie Zhang /
要旨: The carbon-phosphorus (C-P) lyase complex is essential for the metabolism of unactivated phosphonates to phosphate in bacteria. Using single-particle cryo-electron microscopy, we determined two ...The carbon-phosphorus (C-P) lyase complex is essential for the metabolism of unactivated phosphonates to phosphate in bacteria. Using single-particle cryo-electron microscopy, we determined two structures of the C-P lyase core complex PhnG2H2I2J2, with or without PhnK. PhnG2H2I2J2 is a two-fold symmetric hetero-octamer. Its two PhnJ subunits provide two identical binding sites for PhnK. Only one PhnK binds to PhnG2H2I2J2 due to steric hindrance. PhnK is homologous to the nucleotide-binding domain (NBD) of ATP-binding cassette transporters. The α helices 3 and 4 of PhnK bind to α helix 6 and a loop (residues 227-230) of PhnJ, in a different mode from the binding of NBDs to their transmembrane partners. Moreover, binding of PhnK exposes the active site residue, Gly32 of PhnJ, located near the interface between PhnJ and PhnH. This structural information provides a basis for further deciphering of the reaction mechanism of the C-P lyase.
履歴
登録2015年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月12日-
マップ公開2015年8月12日-
更新2015年8月12日-
現状2015年8月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6412.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6412.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 104.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PhnGI complex from Escherichia coli
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.3 Å/pix.
x 30 pix.
= 159. Å		5.3 Å/pix.
x 30 pix.
= 159. Å		5.3 Å/pix.
x 30 pix.
= 159. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-0.03472968 - 0.94091636
平均 (標準偏差)0.06531542 (±0.17226292)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ303030
Spacing303030
セルA=B=C: 159.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.35.35.3
M x/y/z303030
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z159.000159.000159.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS303030
D min/max/mean-0.0350.9410.065

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : PhnGI complex from Escherichia coli

全体名称: PhnGI complex from Escherichia coli
要素
  • 試料: PhnGI complex from Escherichia coli
  • タンパク質・ペプチド: PhnG
  • タンパク質・ペプチド: PhnI

-
超分子 #1000: PhnGI complex from Escherichia coli

超分子名称: PhnGI complex from Escherichia coli / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Two PhnG, two PhnI / Number unique components: 2
分子量理論値: 115 KDa

-
分子 #1: PhnG

分子名称: PhnG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BW5328
分子量理論値: 18.7 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta2 (DE3) pLysS cells (Novagen) / 組換プラスミド: pET-28b

-
分子 #2: PhnI

分子名称: PhnI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BW5328
分子量理論値: 38.9 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta2 (DE3) pLysS cells (Novagen) / 組換プラスミド: pET-28b

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 8.5 / 詳細: 50 mM HEPES, 150 mM NaCl, 2 mM TCEP
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: sample was stained by 2% uranyl acetate
グリッド詳細: 200 mesh copper grid with carbon film
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2014年5月21日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
実像数: 20 / 平均電子線量: 40 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 26285 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

詳細Particles were selected in EMAN2. Classification and refinement were performed in Relion.
CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND4, EMAN2, Relion / 使用した粒子像数: 2298
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る