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万見
- EMDB-64000: Structure of glycosylphosphatidylinositol transamidase,state 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64000
タイトルStructure of glycosylphosphatidylinositol transamidase,state 1
マップデータ
試料
  • 複合体: monomeric glycosylphosphatidylinositol (GPI) transamidase
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • リガンド: x 7種
キーワードGPI transamidase / GPI biosynthesis / Membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


GPI-anchor transamidase activity / attachment of GPI anchor to protein / GPI-anchor transamidase complex / GPI anchor biosynthetic process / fungal-type cell wall organization / 加水分解酵素 / nuclear inner membrane / cell division / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum ...GPI-anchor transamidase activity / attachment of GPI anchor to protein / GPI-anchor transamidase complex / GPI anchor biosynthetic process / fungal-type cell wall organization / 加水分解酵素 / nuclear inner membrane / cell division / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
GPI-anchor transamidase / GPI transamidase component PIG-T / GPI transamidase component Gaa1 / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / Gpi16 subunit, GPI transamidase component / Gaa1-like, GPI transamidase component / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family
類似検索 - ドメイン・相同性
GPI transamidase component GPI16 / GPI transamidase component GAA1 / GPI transamidase component GAB1 / GPI-anchor transamidase / GPI transamidase component GPI17
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Hua ZK / Ding XY / Zhang M / Liu XT / Zhang MJ / Yu HJ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of glycosylphosphatidylinositol transamidase,state 1
著者: Hua ZK / Ding XY / Zhang M / Liu XT / Zhang MJ / Yu HJ
履歴
登録2025年4月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月8日-
マップ公開2026年4月8日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64000.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64000.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 264 pix.
= 242.88 Å		0.92 Å/pix.
x 264 pix.
= 242.88 Å		0.92 Å/pix.
x 264 pix.
= 242.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0136
最小 - 最大-0.060632184 - 0.099983044
平均 (標準偏差)0.00002793697 (±0.0036816548)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 242.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64000_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_64000_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : monomeric glycosylphosphatidylinositol (GPI) transamidase

全体名称: monomeric glycosylphosphatidylinositol (GPI) transamidase
要素
  • 複合体: monomeric glycosylphosphatidylinositol (GPI) transamidase
    • タンパク質・ペプチド: GPI transamidase component GAA1
    • タンパク質・ペプチド: GPI transamidase component GAB1
    • タンパク質・ペプチド: GPI-anchor transamidase
    • タンパク質・ペプチド: GPI transamidase component GPI17
    • タンパク質・ペプチド: GPI transamidase component GPI16
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: (11R,14S)-17-amino-14-hydroxy-8,14-dioxo-9,13,15-trioxa-14lambda~5~-phosphaheptadecan-11-yl decanoate
  • リガンド: TETRADECANE
  • リガンド: DODECANE
  • リガンド: DECANE
  • リガンド: [(2~{R})-1-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-azanyl-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-heptanoyloxy-3,4,5-tris(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-decoxy-propan-2-yl] nonanoate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
超分子 #1: monomeric glycosylphosphatidylinositol (GPI) transamidase

超分子名称: monomeric glycosylphosphatidylinositol (GPI) transamidase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: GPI transamidase component GAA1

分子名称: GPI transamidase component GAA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 69.279828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MALLEKLHRR IVDMGLVPRI IALLPVISML CALFGFISIA ILPMDGQYRR TYISENALMP SQAYSYFRES EWNILRGYRS QIKEMVNMT SMERNNLMGS WLQEFGTKTA IYENEQYGET LYGVMHAPRG DGTEAMVLAV PWFNSDDEFN IGGAALGVSL A RFFSRWPV ...文字列:
MALLEKLHRR IVDMGLVPRI IALLPVISML CALFGFISIA ILPMDGQYRR TYISENALMP SQAYSYFRES EWNILRGYRS QIKEMVNMT SMERNNLMGS WLQEFGTKTA IYENEQYGET LYGVMHAPRG DGTEAMVLAV PWFNSDDEFN IGGAALGVSL A RFFSRWPV WSKNIIVVFS ENPRAALRSW VEAYHTSLDL TGGSIEAAVV LDYSSTEDFF EYVEISYDGL NGELPNLDLV NI AISITEH EGMKVSLHGL PSDQLTNNNF WSRLKILCLG IRDWALSGVK KPHGNEAFSG WRIQSVTLKA HGNSGHDITT FGR IPEAMF RSINNLLEKF HQSFFFYLLL APRQFVSISS YLPSAVALSI AFAISSLNAF INNAYANISL FSEYNLVALL VWFV SLVIS FVVSQAFLLI PSSGLLMTIS MASCFLPLIL SRKIHISEPL SYRLKNVAFL YFSLVSTSLL MINFAMALLI GTLAF PMTF VKTIVESSSE HEVTTQSSNP IKTEPKDEIE LVENHMDTTP ATPQQQKQKL KNLVLLILTN PFISITLFGL FFDDEF HGF DIINKLVSAW LDLKCWSWFV LCIGWLPCWL LILASSFESK SVVVRSKEKQ S

UniProtKB: GPI transamidase component GAA1

+
分子 #2: GPI transamidase component GAB1

分子名称: GPI transamidase component GAB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 44.768891 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDSTALKVAL GCIAIRLAVN SLFPSLQQQL DQSVEFSTPV TSFRSLQEGI YLLRNNIQVY NHGVVHHPPI LIFFLSLFNS DRLISLIYA LIDGLIAYQL TEVTKAFKNL KLKVWLPGLL YAVNPLTLLS CISRSSIIFT NFAISSSLYC ILAEGNVLLS S VMISISGY ...文字列:
MDSTALKVAL GCIAIRLAVN SLFPSLQQQL DQSVEFSTPV TSFRSLQEGI YLLRNNIQVY NHGVVHHPPI LIFFLSLFNS DRLISLIYA LIDGLIAYQL TEVTKAFKNL KLKVWLPGLL YAVNPLTLLS CISRSSIIFT NFAISSSLYC ILAEGNVLLS S VMISISGY LSVYPILLLI PLLGMLKSWR QRILSAIVSI LSLLILLLFS YSILGSQSWS FLTQVYGSII TFEKVFPNLG LW WYFFIEM FDTFIPFFKA VFNIFIAVFI TPFTLRYHKQ PFYAFILCIG WIVLTKPYPS LGDAGFFFSF LPFFTPLFGY LRY PIISAL LFLHAIVLAP IFYHLWVVLG SGNSNFFYAI SLVYALAIAS ILVDLNWAML RIEYDNGIPN FKLKVTQI

UniProtKB: GPI transamidase component GAB1

+
分子 #3: GPI-anchor transamidase

分子名称: GPI-anchor transamidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 47.45216 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRIAMHLPLL LLYIFLLPLS GANNTDAAHE VIATNTNNWA VLVSTSRFWF NYRHMANVLS MYRTVKRLGI PDSQIILMLS DDVACNSRN LFPGSVFNNK DHAIDLYGDS VEVDYRGYEV TVENFIRLLT DRWTEDHPKS KRLLTDENSN IFIYMTGHGG D DFLKFQDA ...文字列:
MRIAMHLPLL LLYIFLLPLS GANNTDAAHE VIATNTNNWA VLVSTSRFWF NYRHMANVLS MYRTVKRLGI PDSQIILMLS DDVACNSRN LFPGSVFNNK DHAIDLYGDS VEVDYRGYEV TVENFIRLLT DRWTEDHPKS KRLLTDENSN IFIYMTGHGG D DFLKFQDA EEIASEDIAD AFQQMYEKKR YNEIFFMIDT CQANTMYSKF YSPNILAVGS SEMDESSYSH HSDVEIGVAV ID RFTYYCL DFLEQIDKNS TLTLQDLFDS FTFEKIHSHV GVRTDLFDRN PSEVLITDFF ANVQNVIPDD SKPLSVSHYH HYK DHIDTA QYELNNNVLD LALETYRKNN QSSKIEKKIK DIKSTSVLDV DIDSNECFFT SFKQSATIIL ALIVTILWFM LRGN TAKAT YDLYTN

UniProtKB: GPI-anchor transamidase

+
分子 #4: GPI transamidase component GPI17

分子名称: GPI transamidase component GPI17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 60.862703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSNANLRKWV GFCFVAIYLF LGVPLWYKLT TVYRASLPIN YIESLQNNKF QDIHLVIPVY VKSDTYRFPD VHDAIQVQVN HLLNSQEQR VPWSLQVLPY NETIEQMESE GNQFHVVTLK LDEFIGYSSA YDTKETLVYY DDAAVLSNDL PFFVAQTLVE H TFQLEWTH ...文字列:
MSNANLRKWV GFCFVAIYLF LGVPLWYKLT TVYRASLPIN YIESLQNNKF QDIHLVIPVY VKSDTYRFPD VHDAIQVQVN HLLNSQEQR VPWSLQVLPY NETIEQMESE GNQFHVVTLK LDEFIGYSSA YDTKETLVYY DDAAVLSNDL PFFVAQTLVE H TFQLEWTH LNKTCEGVST NNDVAISYDP NIHLSVTLLS GDGNPVAWEI EPTLTDYFSP FRKFLSPLVN FTVDSSIVYH ND LNLHSLN GSCTSVTWFD LSHTIDLSEL SSMAYYPEDS ALNLAIVFPS ASSSPDGLAF INGTRISDEI TTLDWNSYLV PQW GVIIIN KMPLKPNSVI SEDYLEPMMY RFATDIFQLL GLTEGSQDLL SPYITIDSFK RLTILQNLDK ATETLWSLVK LTQQ FQGMS IPREVSDNVI EALDLRLQII DLLNDPGKGG DIVWNNALHL SNELVKLCEK AFFNGEMVQQ NFFPQEHMIA VYLPL LGPI SAVMFFGFYN VMKEKNQKSK KNGTEREVAK EKLELKEAQK LHAIDGEDEL

UniProtKB: GPI transamidase component GPI17

+
分子 #5: GPI transamidase component GPI16

分子名称: GPI transamidase component GPI16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 68.836031 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MILTLAYFML GTLLLGVFAE DTVSQIGIND SLWYPYDEAL VLKPLPNNDL LLSFAFQLQS EPFDPAVSSM SYDAYEHYTT FPRAIPPLL ESTATRQFHL RFTRGFWDAL SWGQLPHAGK EAGASGVELW SQVQAMDQEQ AFHNWKKLSN SLSGLFCSSL N FIDESRTT ...文字列:
MILTLAYFML GTLLLGVFAE DTVSQIGIND SLWYPYDEAL VLKPLPNNDL LLSFAFQLQS EPFDPAVSSM SYDAYEHYTT FPRAIPPLL ESTATRQFHL RFTRGFWDAL SWGQLPHAGK EAGASGVELW SQVQAMDQEQ AFHNWKKLSN SLSGLFCSSL N FIDESRTT FPRRSYASDI GAPLFNSTEK LYLMRASLPN EPICTENLTP FIKLLPTRGK SGLTSLLDGH KLFDSLWNSI SL DIATICS EDEDALCHYE MDARIEMVTH VPSALARGER PIPKPLDGNT LRCDTDKPFD SYQCFPLPEP SQTHFKLSQL FAR PINNGN LFANRPTRIC AEVDRSTWTA FLSVDDTIFS THDNCFDLSN DQNEGGSGYD FILESTDTTK VTPIVPVPIH VSRS LTGNG QDRGGMRIVF HNDNDTPVKL IYFESLPWFM RVYLSSLQIT STTSPQLQEN DIILDKYYLQ AADRKRPGHL EFTML IPAN TDIVMTYQFD KALLQFAEYP PDANHGFEID AAVITVLSLE SSSSLYEMRT STLLLSLSTP DFSMPYNVII LTSTIM GLI FGMLYNLMVK RMVTVEEADK ITLQSGLKYK LLKLKEKFLG KKKTKTD

UniProtKB: GPI transamidase component GPI16

+
分子 #8: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

+
分子 #9: (11R,14S)-17-amino-14-hydroxy-8,14-dioxo-9,13,15-trioxa-14lambda~...

分子名称: (11R,14S)-17-amino-14-hydroxy-8,14-dioxo-9,13,15-trioxa-14lambda~5~-phosphaheptadecan-11-yl decanoate
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: XKP
分子量理論値: 495.587 Da
Chemical component information

ChemComp-XKP:
(11R,14S)-17-amino-14-hydroxy-8,14-dioxo-9,13,15-trioxa-14lambda~5~-phosphaheptadecan-11-yl decanoate

+
分子 #10: TETRADECANE

分子名称: TETRADECANE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: C14
分子量理論値: 198.388 Da
Chemical component information

ChemComp-C14:
TETRADECANE

+
分子 #11: DODECANE

分子名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 3 / 式: D12
分子量理論値: 170.335 Da
Chemical component information

ChemComp-D12:
DODECANE

+
分子 #12: DECANE

分子名称: DECANE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: D10
分子量理論値: 142.282 Da
Chemical component information

ChemComp-D10:
DECANE

+
分子 #13: [(2~{R})-1-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},3~{R...

分子名称: [(2~{R})-1-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-azanyl-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-heptanoyloxy-3,4,5-tris(oxidanyl)cyclohexyl] ...名称: [(2~{R})-1-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-azanyl-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-heptanoyloxy-3,4,5-tris(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-decoxy-propan-2-yl] nonanoate
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: A1EOT
分子量理論値: 888.028 Da

+
分子 #14: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 55376
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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