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- EMDB-63996: Cryo-EM structure of HRD1-SEL1L-XTP3B (state D2) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63996
タイトルCryo-EM structure of HRD1-SEL1L-XTP3B (state D2) complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of human complex F
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin
    • タンパク質・ペプチド: Protein sel-1 homolog 1
    • タンパク質・ペプチド: Endoplasmic reticulum lectin 1
  • タンパク質・ペプチド: ALA-ASN-ALA
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードERAD / ALLERGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of retrograde protein transport, ER to cytosol / Hrd1p ubiquitin ligase complex / endoplasmic reticulum mannose trimming / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / endoplasmic reticulum quality control compartment / Pre-NOTCH Processing in Golgi / XBP1(S) activates chaperone genes / immature B cell differentiation / Derlin-1 retrotranslocation complex / triglyceride metabolic process ...negative regulation of retrograde protein transport, ER to cytosol / Hrd1p ubiquitin ligase complex / endoplasmic reticulum mannose trimming / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / endoplasmic reticulum quality control compartment / Pre-NOTCH Processing in Golgi / XBP1(S) activates chaperone genes / immature B cell differentiation / Derlin-1 retrotranslocation complex / triglyceride metabolic process / retrograde protein transport, ER to cytosol / ubiquitin-specific protease binding / smooth endoplasmic reticulum / protein secretion / ER Quality Control Compartment (ERQC) / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / Notch signaling pathway / endomembrane system / Hh mutants are degraded by ERAD / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / ABC-family proteins mediated transport / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / ATPase binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein stabilization / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein OS9-like domain / Protein OS-9-like / Glucosidase II beta subunit-like protein / : / : / Sel1 repeat / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain ...Protein OS9-like domain / Protein OS-9-like / Glucosidase II beta subunit-like protein / : / : / Sel1 repeat / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Ring finger domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin / Endoplasmic reticulum lectin 1 / Protein sel-1 homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Qian HW / Liu GY
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other privateKY9100000034
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of HRD1-SEL1L-XTP3B (state D2) complex
著者: Qian HW / Liu GY
履歴
登録2025年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63996.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63996.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.223
最小 - 最大-2.4958286 - 3.9659324
平均 (標準偏差)0.001521664 (±0.06093471)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63996_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_63996_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of human complex F

全体名称: Cryo-EM structure of human complex F
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of human complex F
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin
    • タンパク質・ペプチド: Protein sel-1 homolog 1
    • タンパク質・ペプチド: Endoplasmic reticulum lectin 1
  • タンパク質・ペプチド: ALA-ASN-ALA
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM structure of human complex F

超分子名称: Cryo-EM structure of human complex F / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.930957 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFRTAVMMAA SLALTGAVVA HAYYLKHQFY PTVVYLTKSS PSMAVLYIQA FVLVFLLGKV MGKVFFGQLR AAEMEHLLER SWYAVTETC LAFTVFRDDF SPRFVALFTL LLFLKCFHWL AEDRVDFMER SPNISWLFHC RIVSLMFLLG ILDFLFVSHA Y HSILTRGA ...文字列:
MFRTAVMMAA SLALTGAVVA HAYYLKHQFY PTVVYLTKSS PSMAVLYIQA FVLVFLLGKV MGKVFFGQLR AAEMEHLLER SWYAVTETC LAFTVFRDDF SPRFVALFTL LLFLKCFHWL AEDRVDFMER SPNISWLFHC RIVSLMFLLG ILDFLFVSHA Y HSILTRGA SVQLVFGFEY AILMTMVLTI FIKYVLHSVD LQSENPWDNK AVYMLYTELF TGFIKVLLYM AFMTIMIKVH TF PLFAIRP MYLAMRQFKK AVTDAIMSR

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin

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分子 #2: Protein sel-1 homolog 1

分子名称: Protein sel-1 homolog 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.371211 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AKRRQMQEAE MMYQTGMKIL NGSNKKSQKR EAYRYLQKAA SMNHTKALER VSYALLFGDY LPQNIQAARE MFEKLTEEGS PKGQTALGF LYASGLGVNS SQAKALVYYT FGALGGNLIA HMVLGYRYWA GIGVLQSCES ALTHYRLVAN HVASDISLTG G SVVQRIRL ...文字列:
AKRRQMQEAE MMYQTGMKIL NGSNKKSQKR EAYRYLQKAA SMNHTKALER VSYALLFGDY LPQNIQAARE MFEKLTEEGS PKGQTALGF LYASGLGVNS SQAKALVYYT FGALGGNLIA HMVLGYRYWA GIGVLQSCES ALTHYRLVAN HVASDISLTG G SVVQRIRL PDEVENPGMN SGMLEEDLIQ YYQFLAEKGD VQAQVGLGQL HLHGGRGVEQ NHQRAFDYFN LAANAGNSHA MA FLGKMYS EGSDIVPQSN ETALHYFKKA ADMGNPVGQS GLGMAYLYGR GVQVNYDLAL KYFQKAAEQG WVDGQLQLGS MYY NGIGVK RDYKQALKYF NLASQGGHIL AFYNLAQMHA SGTGVMRSCH TAVELFKNVC ERGRWSERLM TAYNSYKDGD YNAA VIQYL LLAEQGYEVA QSNAAFILDQ REASIVGENE TYPRALLHWN RAASQGYTVA RIKLGDYHFY GFGTDVDYET AFIHY RLAS EQQHSAQAMF NLGYMHEKGL GIKQDIHLAK RFYDMAAEAS PDAQVPVFLA LCKLGVVYFL QYIRE

UniProtKB: Protein sel-1 homolog 1

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分子 #3: Endoplasmic reticulum lectin 1

分子名称: Endoplasmic reticulum lectin 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.985914 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LSDDIPFRVN WPGTEFSLPT TGVLYKEDNY VIMTTAHKEK YKCILPLVTS GDEEEEKDYK GPNPRELLEP LFKQSSCSYR IESYWTYEV CHGKHIRQYH EEKETGQKIN IHEYYLGNML AKNLLFEKER EAEEKEKSNE IPTKNIEGQM TPYYPVGMGN G TPCSLKQN ...文字列:
LSDDIPFRVN WPGTEFSLPT TGVLYKEDNY VIMTTAHKEK YKCILPLVTS GDEEEEKDYK GPNPRELLEP LFKQSSCSYR IESYWTYEV CHGKHIRQYH EEKETGQKIN IHEYYLGNML AKNLLFEKER EAEEKEKSNE IPTKNIEGQM TPYYPVGMGN G TPCSLKQN RPRSSTVMYI CHPESKHEIL SVAEVTTCEY EVVILTPLLC SHPKYRFRAS PVNDIFCQSL PGSPFKPLTL RQ LEQQEEI LR

UniProtKB: Endoplasmic reticulum lectin 1

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分子 #4: ALA-ASN-ALA

分子名称: ALA-ASN-ALA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 274.274 Da
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ANA

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1905
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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