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- PDB-9uav: Cryo-EM structure of HRD1-SEL1L-XTP3B (state D2) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9uav
タイトルCryo-EM structure of HRD1-SEL1L-XTP3B (state D2) complex
要素
  • ALA-ASN-ALA
  • E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin
  • Endoplasmic reticulum lectin 1
  • Protein sel-1 homolog 1
キーワードALLERGEN / ERAD
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of retrograde protein transport, ER to cytosol / Hrd1p ubiquitin ligase complex / endoplasmic reticulum mannose trimming / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / endoplasmic reticulum quality control compartment / Pre-NOTCH Processing in Golgi / XBP1(S) activates chaperone genes / immature B cell differentiation / Derlin-1 retrotranslocation complex / triglyceride metabolic process ...negative regulation of retrograde protein transport, ER to cytosol / Hrd1p ubiquitin ligase complex / endoplasmic reticulum mannose trimming / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / endoplasmic reticulum quality control compartment / Pre-NOTCH Processing in Golgi / XBP1(S) activates chaperone genes / immature B cell differentiation / Derlin-1 retrotranslocation complex / triglyceride metabolic process / retrograde protein transport, ER to cytosol / ubiquitin-specific protease binding / smooth endoplasmic reticulum / protein secretion / ER Quality Control Compartment (ERQC) / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein K48-linked ubiquitination / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / Notch signaling pathway / endomembrane system / Hh mutants are degraded by ERAD / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / ABC-family proteins mediated transport / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / ATPase binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein stabilization / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein OS9-like domain / Protein OS-9-like / Glucosidase II beta subunit-like protein / : / : / Sel1 repeat / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain ...Protein OS9-like domain / Protein OS-9-like / Glucosidase II beta subunit-like protein / : / : / Sel1 repeat / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Ring finger domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin / Endoplasmic reticulum lectin 1 / Protein sel-1 homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Qian, H.W. / Liu, G.Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Other privateKY9100000034
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the human HRD1 ubiquitin ligase complex.
著者: Liling Guo / Guoyun Liu / Jingjing He / Xiaoxiao Jia / Yonglin He / Zhenhua Wang / Hongwu Qian /
要旨: In the endoplasmic reticulum (ER), defective proteins are cleaned via the ER-associated protein degradation (ERAD) pathway. The HRD1 ubiquitin ligase complex, with HRD1, SEL1L, XTP3B or OS9 and ...In the endoplasmic reticulum (ER), defective proteins are cleaned via the ER-associated protein degradation (ERAD) pathway. The HRD1 ubiquitin ligase complex, with HRD1, SEL1L, XTP3B or OS9 and Derlin family proteins as the core components, plays essential roles in the recognition, retrotranslocation, and ubiquitination of luminal ERAD substrates. However, the molecular basis is unclear. Here, we determine the cryo-EM structure of the human HRD1-SEL1L-XTP3B complex at 3.3 Å resolution. HRD1 is a dimer, but only one protomer carries the SEL1L-XTP3B complex, forming a 2:1:1 complex. Careful inspection of the EM map reveals a trimmed N-glycan sandwiched by XTP3B and SEL1L, and SEL1L may also contribute to the recognition of the trimmed glycan. The complex undergoes dramatic conformational changes when coexpressed with Derlin proteins. The HRD1 dimer is broken, and two HRD1-SEL1L-XTP3B (1:1:1) units are joined together by a four-helix bundle formed by two SEL1L molecules. The four-helix bundle also touches the micelle, resulting in a bent transmembrane region. These findings indicate that Derlins engagement may induce local curvature in the ER membrane. Cell-based functional assays are conducted to verify the structural observations. Our work provides a structural basis for further mechanistic elucidation of mammalian HRD1 complex-mediated ERAD.
履歴
登録2025年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年9月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin
B: E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin
C: Protein sel-1 homolog 1
D: Protein sel-1 homolog 1
E: Endoplasmic reticulum lectin 1
F: Endoplasmic reticulum lectin 1
G: ALA-ASN-ALA
H: ALA-ASN-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,92216
ポリマ－243,1258
非ポリマー3,7978
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin / RING-type E3 ubiquitin transferase synoviolin / Synovial apoptosis inhibitor 1


分子量: 30930.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYVN1, HRD1, KIAA1810 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86TM6, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 Protein sel-1 homolog 1 / Suppressor of lin-12-like protein 1 / Sel-1L


分子量: 61371.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEL1L, TSA305, UNQ128/PRO1063 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBV2
#3: タンパク質 Endoplasmic reticulum lectin 1 / ER lectin / Erlectin / XTP3-transactivated gene B protein


分子量: 28985.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERLEC1, C2orf30, XTP3TPB, UNQ1878/PRO4321 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DZ1

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 GH

#4: タンパク質・ペプチド ALA-ASN-ALA


分子量: 274.274 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 2種, 8分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-4]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of human complex F / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1905 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.7 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00713046
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.09317824
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.3862160
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0582140
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0082336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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