[日本語] English
万見
- EMDB-63931: Respiratory Syncytial Virus pre-F trimer bound by neutralizing an... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63931
タイトルRespiratory Syncytial Virus pre-F trimer bound by neutralizing antibody PR306007
マップデータ
試料
  • 複合体: The complex of PR306007 and the RSV A2 pre-F protein
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F2
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F1
    • タンパク質・ペプチド: PR306007 Light chain protein
    • タンパク質・ペプチド: PR306007 Hight chain protein
キーワードRSV / pre-F / neutralizing antibody / IMMUNE SYSTEM (includes antibodies / antigens) / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope ...symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Respiratory syncytial virus (ウイルス) / Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.08 Å
データ登録者Zheng Z / Zixian S / Rui F / Yu G
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271256 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32300146 中国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2025
タイトル: Discovery and molecular mechanism of potent neutralizing antibody from humanized mice with respiratory syncytial virus.
著者: Zheng Zhang / Rui Feng / Long Zhang / Qi Yang / Xuehua Chen / Xiaoxiao Wang / Cui Nie / Wei Peng / Xiangxi Wang / Ling Zhu / Yu Guo / Zixian Sun /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is a leading cause of lower respiratory tract infections among infants and older adults, posing a significant threat to global public health. The prophylactic use of ...Respiratory syncytial virus (RSV) is a leading cause of lower respiratory tract infections among infants and older adults, posing a significant threat to global public health. The prophylactic use of neutralizing antibodies (nAbs) underscores the need to understand elite RSV antibody neutralization mechanisms, which is fundamental for developing next-generation therapies with enhanced potency and broader activity. In this study, we utilized H2L2 transgenic mice encoding human immunoglobulin variable regions for immunization and successfully screened multiple antibodies with significant neutralizing activity using the Beacon Optofluidic system. One of these antibodies, PR306007, exhibited significantly superior broad-spectrum neutralization against both RSV-A and B subgroups. Cryo-electron microscopy (Cryo-EM) structural analysis revealed that PR306007 binds to a unique epitope that overlaps with antigenic sites II and V of the F protein, with its primary binding regions located at the base of the α6 and α7 helices of site II, and residues S173 and N175 of site V. This binding mode offers valuable insights into enhanced neutralization activity and potentially reduces the risk of emerging immune evasive mutants. Furthermore, PR306007 showed potent in vivo antiviral activity against RSV infection and demonstrated good efficacy against both lower and upper respiratory tract infections, making it a promising prophylactic candidate for broad prevention. These findings provide new insights for the future development of RSV vaccines or nAbs.
履歴
登録2025年3月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_63931.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63931.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.27
最小 - 最大-0.7802147 - 1.6922393
平均 (標準偏差)0.0014537182 (±0.055573627)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_63931_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_63931_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : The complex of PR306007 and the RSV A2 pre-F protein

全体名称: The complex of PR306007 and the RSV A2 pre-F protein
要素
  • 複合体: The complex of PR306007 and the RSV A2 pre-F protein
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F2
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F1
    • タンパク質・ペプチド: PR306007 Light chain protein
    • タンパク質・ペプチド: PR306007 Hight chain protein

-
超分子 #1: The complex of PR306007 and the RSV A2 pre-F protein

超分子名称: The complex of PR306007 and the RSV A2 pre-F protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス)

-
分子 #1: Fusion glycoprotein F2

分子名称: Fusion glycoprotein F2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
分子量理論値: 8.758934 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QNITEEFYQS TCSAVSKGYL SALRTGWYTS VITIELSNIK ENKCNGTDAK VKLIKQELDK YKNAVTELQL LMQSTPAT

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

-
分子 #2: Fusion glycoprotein F1

分子名称: Fusion glycoprotein F1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
分子量理論値: 45.028449 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FLGFLLGVGS AIASGVAVCK VLHLEGEVNK IKSALLSTNK AVVSLSNGVS VLTFKVLDLK NYIDKQLLPI LNKQSCSISN IETVIEFQQ KNNRLLEITR EFSVNAGVTT PVSTYMLTNS ELLSLINDMP ITNDQKKLMS NNVQIVRQQS YSIMCIIKEE V LAYVVQLP ...文字列:
FLGFLLGVGS AIASGVAVCK VLHLEGEVNK IKSALLSTNK AVVSLSNGVS VLTFKVLDLK NYIDKQLLPI LNKQSCSISN IETVIEFQQ KNNRLLEITR EFSVNAGVTT PVSTYMLTNS ELLSLINDMP ITNDQKKLMS NNVQIVRQQS YSIMCIIKEE V LAYVVQLP LYGVIDTPCW KLHTSPLCTT NTKEGSNICL TRTDRGWYCD NAGSVSFFPQ AETCKVQSNR VFCDTMNSLT LP SEVNLCN VDIFNPKYDC KIMTSKTDVS SSVITSLGAI VSCYGKTKCT ASNKNRGIIK TFSNGCDYVS NKGVDTVSVG NTL YYVNKQ EGKSLYVKGE PIINFYDPLV FPSDEFDASI SQVNEKINQS LAFIRKSDEL LSAIGGYIPE APRDGQAYVR KDGE WVLLS TFL

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

-
分子 #3: PR306007 Light chain protein

分子名称: PR306007 Light chain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.448681 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
IQLTQSPSTL SASVNDRVTL TCRASQSISS WLAWYQQKPG KAPKLLIYQA SSLQSGVPSR FTGSGSGTEF TLTISSLQPD DFATYYCQQ FNSYWTFGQG TKVEI

-
分子 #4: PR306007 Hight chain protein

分子名称: PR306007 Hight chain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.044427 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VQLVQSGAEV KKPGASVKVS CKASGYTFTS YDINWVRQAT GQGLEWMGWM NPNSGNTGYA QKFQGRVTMT RQTSRSTAYM ELSSLRSED TAVYYCARED WGSAAFDSWG QGTMVTVSSA

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

-
試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4mmv

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 27206
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る