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- EMDB-63823: Cryo-EM structure of human AC9-Gs complex (soluble domain) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63823
タイトルCryo-EM structure of human AC9-Gs complex (soluble domain)
マップデータmain map
試料
  • 複合体: human AC9 in complex with GalphaS
    • タンパク質・ペプチド: Adenylate cyclase type 9,Protein M2-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
  • リガンド: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードenzyme / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Adenylate cyclase activating pathway / regulation of viral transcription / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / PKA activation / viral transcription / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / developmental growth ...Adenylate cyclase activating pathway / regulation of viral transcription / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / PKA activation / viral transcription / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / developmental growth / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / Hedgehog 'off' state / Adenylate cyclase inhibitory pathway / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / regulation of insulin secretion / cellular response to glucagon stimulus / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / adenylate cyclase activator activity / bioluminescence / trans-Golgi network membrane / transcription antitermination / generation of precursor metabolites and energy / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / bone development / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / virion component / platelet aggregation / cognition / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / sensory perception of smell / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / positive regulation of cold-induced thermogenesis / G protein activity / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (s) signalling events / in utero embryonic development / host cell cytoplasm / intracellular signal transduction / ciliary basal body / cilium / G protein-coupled receptor signaling pathway / axon / GTPase activity / dendrite / GTP binding / host cell nucleus / structural molecule activity / signal transduction / extracellular exosome / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pneumovirus matrix 2-1 / Pneumovirus matrix protein 2 (M2) / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. ...Pneumovirus matrix 2-1 / Pneumovirus matrix protein 2 (M2) / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Nucleotide cyclase / G-protein alpha subunit, group S / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein M2-1 / Adenylate cyclase type 9 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Suzuki S / Nomura R / Suzuki H / Nishikawa K / Fujiyoshi Y
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H00451 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K17245 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Activation mechanism of human adenylyl cyclase 9 observed by cryo-electron microscopy
著者: Nomura S / Suzuki S / Nishikawa K / Suzuki H / Fujiyoshi Y
履歴
登録2025年3月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63823.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63823.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 95 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 292 pix.
= 230.68 Å		0.79 Å/pix.
x 292 pix.
= 230.68 Å		0.79 Å/pix.
x 292 pix.
= 230.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.79 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.242
最小 - 最大-1.1853836 - 2.2120495
平均 (標準偏差)0.0018249566 (±0.053056195)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ292292292
Spacing292292292
セルA=B=C: 230.68001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63823_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half B

ファイルemd_63823_half_map_1.map
注釈half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half A

ファイルemd_63823_half_map_2.map
注釈half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human AC9 in complex with GalphaS

全体名称: human AC9 in complex with GalphaS
要素
  • 複合体: human AC9 in complex with GalphaS
    • タンパク質・ペプチド: Adenylate cyclase type 9,Protein M2-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
  • リガンド: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: human AC9 in complex with GalphaS

超分子名称: human AC9 in complex with GalphaS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 150 kDa/nm

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分子 #1: Adenylate cyclase type 9,Protein M2-1

分子名称: Adenylate cyclase type 9,Protein M2-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: adenylate cyclase
由来(天然)生物種: Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
分子量理論値: 181.560188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASPPHQQLL HHHSTEVSCD SSGDSNSVRV KINPKQLSSN SHPKHCKYSI SSSCSSSGDS GGVPRRVGGG GRLRRQKKLP QLFERASSR WWDPKFDSVN LEEACLERCF PQTQRRFRYA LFYIGFACLL WSIYFAVHMR SRLIVMVAPA LCFLLVCVGF F LFTFTKLY ...文字列:
MASPPHQQLL HHHSTEVSCD SSGDSNSVRV KINPKQLSSN SHPKHCKYSI SSSCSSSGDS GGVPRRVGGG GRLRRQKKLP QLFERASSR WWDPKFDSVN LEEACLERCF PQTQRRFRYA LFYIGFACLL WSIYFAVHMR SRLIVMVAPA LCFLLVCVGF F LFTFTKLY ARHYAWTSLA LTLLVFALTL AAQFQVLTPV SGRGDSSNLT ATARPTDTCL SQVGSFSMCI EVLFLLYTVM HL PLYLSLC LGVAYSVLFE TFGYHFRDEA CFPSPGAGAL HWELLSRGLL HGCIHAIGVH LFVMSQVRSR STFLKVGQSI MHG KDLEVE KALKERMIHS VMPRIIADDL MKQGDEESEN SVKRHATSSP KNRKKKSSIQ KAPIAFRPFK MQQIEEVSIL FADI VGFTK MSANKSAHAL VGLLNDLFGR FDRLCEETKC EKISTLGDCY YCVAGCPEPR ADHAYCCIEM GLGMIKAIEQ FCQEK KEMV NMRVGVHTGT VLCGILGMRR FKFDVWSNDV NLANLMEQLG VAGKVHISEA TAKYLDDRYE MEDGKVIERL GQSVVA DQL KGLKTYLISG QRAKESRCSC AEALLSGFEV IDGSQVSSGP RGQGTASSGN VSDLAQTVKT FDNLKTCPSC GITFAPK SE AGAEGGAPQN GCQDEHKNST KASGGPNPKT QNGLLSPPQE EKLTNSQTSL CEILQEKGRW AGVSLDQSAL LPLRFKNI R EKTDAHFVDV IKEDSLMKDY FFKPPINQFS LNFLDQELER SYRTSYQEEV IKNSPVKTFA SPTFSSLLDV FLSTTVFLT LSTTCFLKYE AATVPPPPAA LAVFSAALLL EVLSLAVSIR MVFFLEDVMA CTKRLLEWIA GWLPRHCIGA ILVSLPALAV YSHVTSEYE TNIHFPVFTG SAALIAVVHY CNFCQLSSWM RSSLATVVGA GPLLLLYVSL CPDSSVLTSP LDAVQNFSSE R NPCNSSVP RDLRRPASLI GQEVVLVFFL LLLLVWFLNR EFEVSYRLHY HGDVEADLHR TKIQSMRDQA DWLLRNIIPY HV AEQLKVS QTYSKNHDSG GVIFASIVNF SEFYEENYEG GKECYRVLNE LIGDFDELLS KPDYSSIEKI KTIGATYMAA SGL NTAQAQ DGSHPQEHLQ ILFEFAKEMM RVVDDFNNNM LWFNFKLRVG FNHGPLTAGV IGTTKLLYDI WGDTVNIASR MDTT GVECR IQVSEESYRV LSKMGYDFDY RGTVNVKGKG QMKTYLYPKC TDHRVIPQHQ LSISPDIRVQ VDGSIGRSPT DEIAN LVPS VQYVDKTSLG SDSSTQAKDA HLSPKRPWKE PVKAEERGRF GKAIEKDDCD ETGIEEANEL TKLNVSKSVG SNSENL YFQ GSMVSKGEEL FTGVVPILVE LDGDVNGHKF SVSGEGEGDA TYGKLTLKFI CTTGKLPVPW PTLVTTLTYG VQCFSRY PD HMKQHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY KTRAEVKFEG DTLVNRIELK GIDFKEDGNI LGHKLEYNYN SHNVYIMA D KQKNGIKVNF KIRHNIEDGS VQLADHYQQN TPIGDGPVLL PDNHYLSTQS KLSKDPNEKR DHMVLLEFVT AAGITLGMD ELYKHHHHHH HHHHDYKDDD DK

UniProtKB: Adenylate cyclase type 9, Protein M2-1

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.331168 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKSTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE ...文字列:
MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKSTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE YQLIDCAQYF LDKIDVIKQA DYVPSDQDLL RCRVLTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGGQR DERRKWIQCF ND VTAIIFV VASSSYNMVI REDNQTNRLQ EALNLFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK IEDYFPEFAR YTT PEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRDEFL RISTASGDGR HYCYPHFTCA VDTENIRRVF NDCRDIIQRM HLRQYELLSN SENL YFQGS HHHHHHHHHH DYKDDDDK

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

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分子 #3: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE

分子名称: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: GSP
分子量理論値: 539.246 Da
Chemical component information

ChemComp-GSP:
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 170990
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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