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万見
- EMDB-63822: Consensus map reconstructed from particles with optimal densities... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63822
タイトルConsensus map reconstructed from particles with optimal densities in the PsaS region.
マップデータConsensus map reconstructed from particles with optimal densities in the PsaS region.
試料
  • 複合体: Photosystem I-Light-Harvesting Complexes from the Eukaryotic Filamentous Yellow-Green Algae Tribonema minus
キーワードPhotosystem I / Xanthophyceae / Tribonema minus / PHOTOSYNTHESIS / MEMBRANE PROTEIN
生物種Tribonema minus (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.17 Å
データ登録者Shao RQ / Pan XW
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2804400 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371269 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32470247 中国
Chinese Academy of Sciences2024kf05 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2025
タイトル: Architecture of photosystem I-light-harvesting complex from the eukaryotic filamentous yellow-green alga Tribonema minus.
著者: Ruiqi Shao / Yuqi Zou / Hui Shang / Yue Qiu / Zuxing Liang / Xiaodong Su / Shumeng Zhang / Mei Li / Xiaowei Pan /
要旨: Eukaryotic photosystem I (PSI) is a multi-subunit pigment-protein supercomplex that consists of a core complex and multiple peripheral light-harvesting complexes I (LHCIs), which increases the light ...Eukaryotic photosystem I (PSI) is a multi-subunit pigment-protein supercomplex that consists of a core complex and multiple peripheral light-harvesting complexes I (LHCIs), which increases the light absorption capacity of the core complex. Throughout the evolution of oxygenic photoautotrophs, the core subunits of PSI have remained highly conserved, while LHCIs exhibit significant variability, presumably to adapt to diverse environments. This study presents a 2.82 Å resolution structure of PSI from the filamentous yellow-green alga Tribonema minus (Tm), a member of the class Xanthophyceae that evolved from red algae through endosymbiosis and is considered a promising candidate for biofuel production due to its high biomass and lipid content. Our structure reveals a supramolecular organization consisting of 12 core subunits and 13 LHCIs, here referred to as Xanthophyceae light-harvesting complexes (XLHs), along with the arrangement of pigments within the TmPSI-XLH supercomplex. A structural comparison between TmPSI-XLH and PSI-LHCI from various red lineages highlights distinctive features of TmPSI-XLH, suggesting that it represents a unique intermediate state in the PSI assembly process during the evolutionary transition from red algae to diatoms. Our findings advance the understanding of the molecular mechanisms responsible for energy transfer in Xanthophyceae PSI-XLH and the evolutionary adaptation of red lineages.
履歴
登録2025年3月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63822.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Consensus map reconstructed from particles with optimal densities in the PsaS region.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.1938735 - 0.66925925
平均 (標準偏差)0.00070112833 (±0.019516781)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 457.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I-Light-Harvesting Complexes from the Eukaryotic Fila...

全体名称: Photosystem I-Light-Harvesting Complexes from the Eukaryotic Filamentous Yellow-Green Algae Tribonema minus
要素
  • 複合体: Photosystem I-Light-Harvesting Complexes from the Eukaryotic Filamentous Yellow-Green Algae Tribonema minus

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超分子 #1: Photosystem I-Light-Harvesting Complexes from the Eukaryotic Fila...

超分子名称: Photosystem I-Light-Harvesting Complexes from the Eukaryotic Filamentous Yellow-Green Algae Tribonema minus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 6937
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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