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- EMDB-63759: Cryo-EM structure of Dengue virus serotype2 US/BID-V594/2006 stra... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63759
タイトルCryo-EM structure of Dengue virus serotype2 US/BID-V594/2006 strain bound with J9 fab.
マップデータDENV 2 US/HBID-V594/2006 J9V1 fab complex deepemhancer sharpened map
試料
  • 複合体: Dengue virus serotype2 US/BID-V594/2006 strain bound with J9 fab
    • 複合体: monoclonal antibody J9
      • タンパク質・ペプチド: J9 Heavy chain variable region
      • タンパク質・ペプチド: J9 Light chain variable region
    • ウイルス: dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Envelope Glycoprotein E
      • タンパク質・ペプチド: Membrane Glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードDengue virus / broadly neutralizing antibody / fab-virus complex / E-protein / flavivirus / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / molecular adaptor activity / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / serine-type endopeptidase activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Roy A / Prasad VM
資金援助 インド, 2件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB)SPG/2021/002433 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/I/22/1/506233 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural determinants of broadly neutralizing human antibodies binding to morphological dengue virus variants.
著者: Chatterjee A / Roy A / Srinivasan S / Charles S / Lubow J / Goo L / Prasad VM
履歴
登録2025年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月1日-
マップ公開2026年4月1日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63759.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63759.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DENV 2 US/HBID-V594/2006 J9V1 fab complex deepemhancer sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 800 pix.
= 880. Å		1.1 Å/pix.
x 800 pix.
= 880. Å		1.1 Å/pix.
x 800 pix.
= 880. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0273
最小 - 最大-0.042825054 - 1.8694766
平均 (標準偏差)0.0034397403 (±0.04086339)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ800800800
Spacing800800800
セルA=B=C: 880.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63759_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: DENV 2 US/HBID-V594/2006 J9V1 fab complex half map 2

ファイルemd_63759_half_map_1.map
注釈DENV 2 US/HBID-V594/2006 J9V1 fab complex half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: DENV 2 US/HBID-V594/2006 J9V1 fab complex half map 1

ファイルemd_63759_half_map_2.map
注釈DENV 2 US/HBID-V594/2006 J9V1 fab complex half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dengue virus serotype2 US/BID-V594/2006 strain bound with J9 fab

全体名称: Dengue virus serotype2 US/BID-V594/2006 strain bound with J9 fab
要素
  • 複合体: Dengue virus serotype2 US/BID-V594/2006 strain bound with J9 fab
    • 複合体: monoclonal antibody J9
      • タンパク質・ペプチド: J9 Heavy chain variable region
      • タンパク質・ペプチド: J9 Light chain variable region
    • ウイルス: dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Envelope Glycoprotein E
      • タンパク質・ペプチド: Membrane Glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Dengue virus serotype2 US/BID-V594/2006 strain bound with J9 fab

超分子名称: Dengue virus serotype2 US/BID-V594/2006 strain bound with J9 fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Cultured in C6/36 mosquito cell lines and purified from cell supernatent

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超分子 #3: monoclonal antibody J9

超分子名称: monoclonal antibody J9 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
詳細: Fab fragment generated from papain based proteolytic cleavage of J9 IgG1.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: dengue virus type 2

超分子名称: dengue virus type 2 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 11060 / 生物種: dengue virus type 2 / Sci species strain: DENV-2/US/BID-V594/2006 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Envelope Glycoprotein E

分子名称: Envelope Glycoprotein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: dengue virus type 2 (デング熱ウイルス) / 株: DENV-2/US/BID-V594/2006
分子量理論値: 54.413789 KDa
配列文字列: MRCIGISNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KQPATLRKYC IEAKLTNTTT ESRCPTQGEP SLNEEQDKR FICKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF TCKKNMEGKV VLPENLEYTI VITPHSGEEH AVGNDTGKHG K EIKITPQS ...文字列:
MRCIGISNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KQPATLRKYC IEAKLTNTTT ESRCPTQGEP SLNEEQDKR FICKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF TCKKNMEGKV VLPENLEYTI VITPHSGEEH AVGNDTGKHG K EIKITPQS SITEAELTGY GTVTMECSPR TGLDFNEMVL LQMEDKAWLV HRQWFLDLPL PWLPGADTQG SNWIQKETLV TF KNPHAKK QDVVVLGSQE GAMHTALTGA TEIQMSSGNL LFTGHLKCRL RMDKLQLKGM SYSMCTGKFK IVKEIAETQH GTI VIRVQY EGDGSPCKIP FEIMDLEKRH VLGRLITVNP IVTEKDSPVN IEAEPPFGDS YIIIGVEPGQ LKLNWFKKGS SIGQ MFETT MRGAKRMAIL GDTAWDFGSL GGVFTSIGKA LHQVFGAIYG AAFSGVSWTM KILIGVIITW IGMNSRSTSL SVSLV LVGV VTLYLGVMVQ A

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Membrane Glycoprotein

分子名称: Membrane Glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: dengue virus type 2 (デング熱ウイルス) / 株: DENV-2/US/BID-V594/2006
分子量理論値: 8.373814 KDa
配列文字列:
SVALVPHVGM GLETRTETWM SSEGAWKHVQ RIETWILRHP GFTIMAAILA YTIGTTHFQR ALIFILLTAV APSMT

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: J9 Heavy chain variable region

分子名称: J9 Heavy chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.754069 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AEVRKPGSSV KVSCKTSGGS LNSYGISWVR QAPGGQGLEW MGGIIPFFGT VIYSDNYQGR ASFSSDESTT TAYMELRSLR SEDTAVYYC ARYCYSASCY HNWFDPWGQG TLVTVST

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分子 #4: J9 Light chain variable region

分子名称: J9 Light chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.333625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VLTQSPATLS LSPGERATLS CRASQSVGSS LAWYQQKPGQ APRLLIYDAS KRASGFPARF SGSGSGTDFT LTISSLEPGD FAVYYCQQR SSWPPYMYTF GQGTKL

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTris-HCLNTE buffer
120.0 mMNaClNTE buffer
1.0 mMEDTANTE buffer
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: GP2.
詳細DENV2 virus and J9 fab complex

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4756 / 平均電子線量: 40.3 e/Å2
詳細: Images were collected in counting mode and dose fractionated into 38 frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 15000
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: 3D sphere
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / 使用した粒子像数: 2903
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 1500 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細
source_name: SwissModel, initial_model_type: in silico modelfor DENV2 E-protein
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelfor J9 fab
精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-9mav:
Cryo-EM structure of Dengue virus serotype2 US/BID-V594/2006 strain bound with J9 fab.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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