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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6370
タイトル3D-Structure of negatively stained Schistosome myosin filament obtained by low-dose electron microscopy
マップデータMap of Schistosome thick filaments. Initial view is from the Z-line perspective. If the map is rotated by 90 degrees in x direction, the J motif of the interacting heads is featured and the backbone subfilaments can be seen clearly.
試料
  • 試料: Myosin thick filaments from Schistosoma mansoni smooth muscle
  • タンパク質・ペプチド: Myosin II
キーワードSchistosoma mansoni / rigid docking / single particle reconstruction / Iterative Helical Real Space Reconstruction (IHRSR) / negative stain / thick filament / smooth muscle
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin filament / myosin complex / myosin II complex / structural constituent of muscle / sarcomere organization / microfilament motor activity / myofibril / cytoskeletal motor activity / muscle contraction / actin filament organization ...myosin filament / myosin complex / myosin II complex / structural constituent of muscle / sarcomere organization / microfilament motor activity / myofibril / cytoskeletal motor activity / muscle contraction / actin filament organization / actin filament binding / calcium ion binding / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / IQ calmodulin-binding motif / Myosin S1 fragment, N-terminal ...: / : / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / IQ calmodulin-binding motif / Myosin S1 fragment, N-terminal / EF-hand domain pair / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / : / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin 2 heavy chain / Smooth muscle myosin essential light chain / Myosin regulatory light chain / Paramyosin
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Sulbaran G / Alamo L / Pinto A / Marquez G / Mendez F / Padron R / Craig R
引用
ジャーナル: PROC.NAT.ACAD.SCI.USA / 年: 2015
タイトル: An invertebrate smooth muscle with striated muscle myosin filaments.
著者: Sulbaran G / Alamo L / Pinto A / Marquez G / Mendez F / Padron R / Craig R
#1: ジャーナル: BIOPHYS.J. / 年: 2014
タイトル: Schistosome Muscles Contain Striated Muscle-Like Myosin Filaments in a Smooth Muscle-Like Architecture
著者: Sulbaran G / Alamo L / Pinto A / Marquez G / Mendez F / Padron R / Craig R
履歴
登録2015年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月19日-
マップ公開2015年10月7日-
更新2015年11月4日-
現状2015年11月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jax
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3jax
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6370.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of Schistosome thick filaments. Initial view is from the Z-line perspective. If the map is rotated by 90 degrees in x direction, the J motif of the interacting heads is featured and the backbone subfilaments can be seen clearly.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.7 Å
密度
表面レベル登録者による: 6.0 / ムービー #1: 6
最小 - 最大-0.16773927 - 36.991428380000002
平均 (標準偏差)1.01146114 (±3.85783195)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-65-650
サイズ131131131
Spacing131131131
セルA=B=C: 746.69995 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.75.75.7
M x/y/z131131131
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z746.700746.700746.700
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-65-650
NC/NR/NS131131131
D min/max/mean-0.16836.9911.011

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Myosin thick filaments from Schistosoma mansoni smooth muscle

全体名称: Myosin thick filaments from Schistosoma mansoni smooth muscle
要素
  • 試料: Myosin thick filaments from Schistosoma mansoni smooth muscle
  • タンパク質・ペプチド: Myosin II

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超分子 #1000: Myosin thick filaments from Schistosoma mansoni smooth muscle

超分子名称: Myosin thick filaments from Schistosoma mansoni smooth muscle
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: S. mansoni relaxed myosin thick filaments were isolated by permeabilizing and homogenizing whole animals in relaxing solution, centrifuged, and resuspended in blebbistatin.
集合状態: polymer of myosin II molecules helically assembled over a paramyosin core
Number unique components: 1

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分子 #1: Myosin II

分子名称: Myosin II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Myosin Type II
詳細: Myosin II is a protein complex formed by two heavy chains and two associated light chains (for each myosin head), plus additional proteins such as paramyosin. Using ATP hydrolysis, myosin ...詳細: Myosin II is a protein complex formed by two heavy chains and two associated light chains (for each myosin head), plus additional proteins such as paramyosin. Using ATP hydrolysis, myosin functions as a molecular motor, producing movement by causing actin filaments to slide.
コピー数: 1
集合状態: polymer of myosin II molecules helically assembled over a paramyosin core
組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) / 株: JL / 別称: Blood fluke / 組織: smooth muscle / Organelle: myosin thick filament / 細胞中の位置: sarcomere
配列UniProtKB: Paramyosin
GO: myosin complex, cytoskeletal motor activity, ATP binding
InterPro: Myosin, N-terminal, SH3-like, P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase, Myosin head, motor domain, INTERPRO: IPR027401, Myosin tail, IQ motif, EF-hand binding site

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7
詳細: 100 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 5 mM PIPES, 1mM NaN3, 5 mM MgATP, 0.01 mM blebbistatin, protease inhibitor cocktail (Sigma P-8465)
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: One drop of filament suspension was placed on grids and negatively stained with 1% uranyl acetate.
グリッド詳細: 400-mesh holey carbon grids. Specimens were imaged on thin carbon extending over the holes.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM120T
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 240,000 times magnification
詳細1.5 post-magnification, low-dose conditions
日付2013年3月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F224 (2k x 2k)
実像数: 263 / 平均電子線量: 10 e/Å2
詳細: Images were acquired with a 2K x 2K CCD TVIPS camera model F224HD at 5.7 A/pixel.
ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 80 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 42000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダー: Room temperature holder / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細820 thick filament halves were selected from micrographs and stored in SPIDER format. 131 x 131 pixel segments were cut from these filaments, corresponding to a window of 74.7 nm (~five 14.5 nm-spaced crowns of heads).
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 145 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 30 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C4 (4回回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, EMAN2
詳細: For each iteration of reconstruction (30 cycles), filament segment projections were compared with different projections of the reference reconstruction as follows: seven 2.3 nm axial shifts, ...詳細: For each iteration of reconstruction (30 cycles), filament segment projections were compared with different projections of the reference reconstruction as follows: seven 2.3 nm axial shifts, 2 degree intervals of rotation about the filament axis up to 90 degrees, and 2 degree intervals of out-of-plane tilting from -10 degrees to +10 degrees. The total number of projections was 7 x 45 x 11 = 3465. For the final 19 cycles of the reconstruction, we used only the best-ordered 420 filament halves (those in which >30% of the segments were found good enough to be used by the reconstruction script in the back-projection in previous cycles). From ~17,000 segments, ~9,500 (56%) were included in the final reconstruction. This final 3D-reconstruction was the average of the last 19 reconstructions between cycles 12 - 30. Its resolution, according to the 0.5 Fourier Shell Correlation (FSC) criterion, was 2.3 nm.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3dtp


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F
ソフトウェア名称: Chimera
詳細3DTP was fitted as a rigid body using the "Fit in Map" tool of UCSF Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3jax:
Heavy meromyosin from Schistosoma mansoni muscle thick filament by negative stain EM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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