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万見
- EMDB-63694: Cryo-EM structure of enterovirus A71 mature virion in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63694
タイトルCryo-EM structure of enterovirus A71 mature virion in complex with Fab CT11F9
マップデータ
試料
  • 複合体: Enterovirus A71 mature virion in complex with Fab CT11F9
    • 複合体: Enterovirus A71 mature virion
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
    • 複合体: Fab CT11F9
      • タンパク質・ペプチド: The light chain of Fab CT11F9
      • タンパク質・ペプチド: The heavy chain of Fab CT11F9
  • リガンド: SPHINGOSINE
キーワードVIRUS / ENTEROVIRUS A71
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / DNA replication / RNA helicase activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus A71 (エンテロウイルス) / Mus (ネズミ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Jiang Y / Zhu R / Zheng Q / Li S / Xia N
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Vaccines (Basel) / 年: 2025
タイトル: Development of In Vitro Potency Methods to Replace In Vivo Tests for Enterovirus 71 Inactivated Vaccine (Human Diploid Cell-Based/Vero Cell-Based).
著者: Xuanxuan Zhang / Li Yi / Dan Yu / Jun Li / Xintian Li / Xing Wu / Fan Gao / Qian He / Wenhui Wang / Kaiwen Wang / Zejun Wang / Zhengling Liu / Yadong Li / Yong Zhao / Huiyi Li / Xiao Ma / ...著者: Xuanxuan Zhang / Li Yi / Dan Yu / Jun Li / Xintian Li / Xing Wu / Fan Gao / Qian He / Wenhui Wang / Kaiwen Wang / Zejun Wang / Zhengling Liu / Yadong Li / Yong Zhao / Huiyi Li / Xiao Ma / Qingbing Zheng / Longfa Xu / Tong Cheng / Rui Zhu / Jing Guo / Jing Li / Qunying Mao / Zhenglun Liang /
要旨: BACKGROUND: The three commercial Enterovirus 71 (EV71) inactivated vaccines which have effectively controlled the EV71 pandemic currently rely on inherent variable in vivo potency methods for batch ...BACKGROUND: The three commercial Enterovirus 71 (EV71) inactivated vaccines which have effectively controlled the EV71 pandemic currently rely on inherent variable in vivo potency methods for batch release. To align with 3R (Replacement, Reduction, Refinement) principles and enhance quality control, this study referred to WHO guidelines and the European Pharmacopoeia to develop in vitro relative potency (IVRP) methods.
手法: Working standards tracing to phase 3 clinical vaccines were established. Manufacture-specific IVRP methods were developed and validated per ICH Q14/Q2(R2), utilizing conformational epitope- ...手法: Working standards tracing to phase 3 clinical vaccines were established. Manufacture-specific IVRP methods were developed and validated per ICH Q14/Q2(R2), utilizing conformational epitope-targeting neutralizing monoclonal antibodies (MAbs). One of the MAbs (CT11F9) recognition sites was clarified with Cryo-EM. Subsequently, the performance of IVRP was assessed using varied concentrations and heat-treated vaccines. The correlation between IVRP and in vivo methods was analyzed, followed by setting IVRP specifications.
RESULTS: The manufacturer-specific working standard exhibited ED50 values comparable to those of related phase 3 clinical vaccines. All IVRP methods achieved a relative bias/precision/total error ≤ ...RESULTS: The manufacturer-specific working standard exhibited ED50 values comparable to those of related phase 3 clinical vaccines. All IVRP methods achieved a relative bias/precision/total error ≤ 15%. The IVRP methods correlated with in vivo methods ( < 0.05, r > 0.9) can discriminate EV71 antigen concentrations ( < 0.01, r > 0.99) and indicate the stability of the vaccines. Cryo-EM was adopted to identify the epitopes recognized by CT11F9, revealing that this neutralizing antibody recognizes a conformational epitope spanning VP1-3 of the same protomer. Using 31-47 batches of commercial vaccines, IVRP specifications were proposed as 0.56-1.35, 0.58-1.40, and 0.54-1.50.
CONCLUSIONS: Based on conformational epitope-targeting neutralizing MAbs, manufacturer-specific IVRP methods, which were sensitive to process variations and correlated with in vivo results, have been ...CONCLUSIONS: Based on conformational epitope-targeting neutralizing MAbs, manufacturer-specific IVRP methods, which were sensitive to process variations and correlated with in vivo results, have been established. IVRP methods provide a reliable, animal-free alternative for EV71 vaccine batch release.
履歴
登録2025年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63694.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63694.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 576 pix.
= 576. Å		1 Å/pix.
x 576 pix.
= 576. Å		1 Å/pix.
x 576 pix.
= 576. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.4406388 - 2.4703653
平均 (標準偏差)0.0012116388 (±0.123518124)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ576576576
Spacing576576576
セルA=B=C: 576.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63694_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_63694_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Enterovirus A71 mature virion in complex with Fab CT11F9

全体名称: Enterovirus A71 mature virion in complex with Fab CT11F9
要素
  • 複合体: Enterovirus A71 mature virion in complex with Fab CT11F9
    • 複合体: Enterovirus A71 mature virion
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
    • 複合体: Fab CT11F9
      • タンパク質・ペプチド: The light chain of Fab CT11F9
      • タンパク質・ペプチド: The heavy chain of Fab CT11F9
  • リガンド: SPHINGOSINE

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超分子 #1: Enterovirus A71 mature virion in complex with Fab CT11F9

超分子名称: Enterovirus A71 mature virion in complex with Fab CT11F9
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

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超分子 #2: Enterovirus A71 mature virion

超分子名称: Enterovirus A71 mature virion / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#6
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)

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超分子 #3: Fab CT11F9

超分子名称: Fab CT11F9 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus (ネズミ)

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分子 #1: The light chain of Fab CT11F9

分子名称: The light chain of Fab CT11F9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.474827 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QIVLTQSPAI MSASPGEKVT ISCSASSSVR YMYWYQQKPG SAPKPWIYRT SNLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAATYYCQQ YHSYPLTFGA GTKLELK

+
分子 #2: The heavy chain of Fab CT11F9

分子名称: The heavy chain of Fab CT11F9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.493756 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DVQLQESGPG LVKPSQSLSL TCSVTGYSIT SGYYWNWIRQ FPGNKLEWMG YINYGGSNFY NPSLKNRISI TRDTSRNQFF LKLNSVTTE DTATYYCARG GYYDYDGDYW GQGTTLTVSS

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分子 #3: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 32.730848 KDa
配列文字列: GDRVADVIES SIGDSVSRAL THALPAPTGQ DTQVSSHRLD TGKVPALQAA EIGASSNASD ESMIETRCVL NSHSTAETTL DSFFSRAGL VGEIDLPLKG TTNPNGYANW DIDITGYAQM RRKVELFTYM RFDAEFTFVA CTPTGEVVPQ LLQYMFVPPG A PKPDSRES ...文字列:
GDRVADVIES SIGDSVSRAL THALPAPTGQ DTQVSSHRLD TGKVPALQAA EIGASSNASD ESMIETRCVL NSHSTAETTL DSFFSRAGL VGEIDLPLKG TTNPNGYANW DIDITGYAQM RRKVELFTYM RFDAEFTFVA CTPTGEVVPQ LLQYMFVPPG A PKPDSRES LAWQTATNPS VFVKLSDPPA QVSVPFMSPA SAYQWFYDGY PTFGEHKQEK DLEYGACPNN MMGTFSVRTV GT SKSKYPL VVRIYMRMKH VRAWIPRPMR NQNYLFKANP NYAGNSIKPT GTSRTAITTL

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: Capsid protein VP2

分子名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 27.726135 KDa
配列文字列: SPSAEACGYS DRVAQLTIGN STITTQEAAN IIVGYGEWPS YCSDSDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLDTKL WEKSSKGWYW KFPDVLTET GVFGQNAQFH YLYRSGFCIH VQCNASKFHQ GALLVAVLPE YVIGTVAGGT GTEDSHPPYK QTQPGADGFE L QHPYVLDA ...文字列:
SPSAEACGYS DRVAQLTIGN STITTQEAAN IIVGYGEWPS YCSDSDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLDTKL WEKSSKGWYW KFPDVLTET GVFGQNAQFH YLYRSGFCIH VQCNASKFHQ GALLVAVLPE YVIGTVAGGT GTEDSHPPYK QTQPGADGFE L QHPYVLDA GIPISQLTVC PHQWINLRTN NCATIIVPYI NALPFDSALN HCNFGLLVVP ISPLDYDQGA TPVIPITITL AP MCSEFAG LRQAVTQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 26.468225 KDa
配列文字列: GFPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPNFHP TPCIHIPGEV RNLLELCQVE TILEVNNVPT NATSLMERLR FPVSAQAGKG ELCAVFRAD PGRNGPWQST LLGQLCGYYT QWSGSLEVTF MFTGSFMATG KMLIAYTPPG GPLPKDRATA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV ...文字列:
GFPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPNFHP TPCIHIPGEV RNLLELCQVE TILEVNNVPT NATSLMERLR FPVSAQAGKG ELCAVFRAD PGRNGPWQST LLGQLCGYYT QWSGSLEVTF MFTGSFMATG KMLIAYTPPG GPLPKDRATA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV IPWISNTHYR AHARDGVFDY YTTGLVSIWY QTNYVVPIGA PNTAYIIALA AAQKNFTMKL CKDASDILQT GT IQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #6: Capsid protein VP4

分子名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 7.501162 KDa
配列文字列:
MGSQVSTQRS GSHENSNSAT EGSTINYTTI NYYKDSYAAT AGKQSLKQDP DKFANPVKDI FTEMAAPLK

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #7: SPHINGOSINE

分子名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: SPH
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71798
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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