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- EMDB-63625: Photosystem I from the eukaryotic filamentous algae -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63625
タイトルPhotosystem I from the eukaryotic filamentous algae
マップデータcomposite map
試料
  • 複合体: Photosystem I-Light-Harvesting Complexes from the Eukaryotic Filamentous Yellow-Green Algae Tribonema minus
    • タンパク質・ペプチド: x 23種
  • リガンド: x 9種
キーワードPhotosystem I / Xanthophyceae / Tribonema minus / PHOTOSYNTHESIS
生物種Tribonema minus (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Shao RQ / Pan XW
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2804400 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371269 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32470247 中国
Chinese Academy of Sciences2024kf05 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2025
タイトル: Architecture of photosystem I-light-harvesting complex from the eukaryotic filamentous yellow-green alga Tribonema minus.
著者: Ruiqi Shao / Yuqi Zou / Hui Shang / Yue Qiu / Zuxing Liang / Xiaodong Su / Shumeng Zhang / Mei Li / Xiaowei Pan /
要旨: Eukaryotic photosystem I (PSI) is a multi-subunit pigment-protein supercomplex that consists of a core complex and multiple peripheral light-harvesting complexes I (LHCIs), which increases the light ...Eukaryotic photosystem I (PSI) is a multi-subunit pigment-protein supercomplex that consists of a core complex and multiple peripheral light-harvesting complexes I (LHCIs), which increases the light absorption capacity of the core complex. Throughout the evolution of oxygenic photoautotrophs, the core subunits of PSI have remained highly conserved, while LHCIs exhibit significant variability, presumably to adapt to diverse environments. This study presents a 2.82 Å resolution structure of PSI from the filamentous yellow-green alga Tribonema minus (Tm), a member of the class Xanthophyceae that evolved from red algae through endosymbiosis and is considered a promising candidate for biofuel production due to its high biomass and lipid content. Our structure reveals a supramolecular organization consisting of 12 core subunits and 13 LHCIs, here referred to as Xanthophyceae light-harvesting complexes (XLHs), along with the arrangement of pigments within the TmPSI-XLH supercomplex. A structural comparison between TmPSI-XLH and PSI-LHCI from various red lineages highlights distinctive features of TmPSI-XLH, suggesting that it represents a unique intermediate state in the PSI assembly process during the evolutionary transition from red algae to diatoms. Our findings advance the understanding of the molecular mechanisms responsible for energy transfer in Xanthophyceae PSI-XLH and the evolutionary adaptation of red lineages.
履歴
登録2025年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63625.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈composite map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.4839329 - 0.8566141
平均 (標準偏差)0.0008098343 (±0.023048189)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 457.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I-Light-Harvesting Complexes from the Eukaryotic Fila...

全体名称: Photosystem I-Light-Harvesting Complexes from the Eukaryotic Filamentous Yellow-Green Algae Tribonema minus
要素
  • 複合体: Photosystem I-Light-Harvesting Complexes from the Eukaryotic Filamentous Yellow-Green Algae Tribonema minus
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein XLH1
    • タンパク質・ペプチド: light-harvesting protein XLH2
    • タンパク質・ペプチド: light-harvesting protein XLH3
    • タンパク質・ペプチド: light-harvesting protein XLH4
    • タンパク質・ペプチド: light-harvesting protein XLH5
    • タンパク質・ペプチド: light-harvesting protein XLH6/10
    • タンパク質・ペプチド: light-harvesting protein XLH7
    • タンパク質・ペプチド: light-harvesting protein XLH8
    • タンパク質・ペプチド: light-harvesting protein XLH9/13
    • タンパク質・ペプチド: light-harvesting protein XLH11
    • タンパク質・ペプチド: light-harvesting protein XLH12
    • タンパク質・ペプチド: PsaA
    • タンパク質・ペプチド: PsaB
    • タンパク質・ペプチド: PsaC
    • タンパク質・ペプチド: PsaD
    • タンパク質・ペプチド: PsaE
    • タンパク質・ペプチド: PsaF
    • タンパク質・ペプチド: PsaI
    • タンパク質・ペプチド: PsaJ
    • タンパク質・ペプチド: PsaL
    • タンパク質・ペプチド: PsaM
    • タンパク質・ペプチド: PsaR
    • タンパク質・ペプチド: PsaS
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: (1~{R},3~{S})-6-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{Z},17~{E})-16-(hydroxymethyl)-3,7,12-trimethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]-1,5,5-trimethyl-cyclohexane-1,3-diol
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Photosystem I-Light-Harvesting Complexes from the Eukaryotic Fila...

超分子名称: Photosystem I-Light-Harvesting Complexes from the Eukaryotic Filamentous Yellow-Green Algae Tribonema minus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#23
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)

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分子 #1: Light-harvesting protein XLH1

分子名称: Light-harvesting protein XLH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 23.276188 KDa
配列文字列: MKVFALFALL LASVSAFMPA TPATSFVAKA GAAVKPSASS MQMSVFTDAT EAFSKDYPDF YKAGWGPTTK AERWNGRHAM FGWVLIVAT GYAKAHGLIP DPEVALNLKE WGTLSILAGP QTISNERAVV LIANVHALFM SLCAAFAPLS FQDPLLIPKG Q KDEPAAGL ...文字列:
MKVFALFALL LASVSAFMPA TPATSFVAKA GAAVKPSASS MQMSVFTDAT EAFSKDYPDF YKAGWGPTTK AERWNGRHAM FGWVLIVAT GYAKAHGLIP DPEVALNLKE WGTLSILAGP QTISNERAVV LIANVHALFM SLCAAFAPLS FQDPLLIPKG Q KDEPAAGL IPAIVPGLTK EAELLNGRLA MLGLVLVMGH SLATGTPFLN SVDLFLGNRL GL

+
分子 #2: light-harvesting protein XLH2

分子名称: light-harvesting protein XLH2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 20.953053 KDa
配列文字列: MKAACAGVIA FAAGACAFAP ITPAVPRSST ALQAKTLEEI GGYSAETGNK PFDPLNIAAF VPPERMRQSE LHNGRVAMLA VVGWAFPEL VGKFASEDVT STHALDALSQ ADPRFWTQFI ILCGIVEANM YRHYQINNNQ YPFFDPLNLY PKDKAGQQSM E LKELKNGR ...文字列:
MKAACAGVIA FAAGACAFAP ITPAVPRSST ALQAKTLEEI GGYSAETGNK PFDPLNIAAF VPPERMRQSE LHNGRVAMLA VVGWAFPEL VGKFASEDVT STHALDALSQ ADPRFWTQFI ILCGIVEANM YRHYQINNNQ YPFFDPLNLY PKDKAGQQSM E LKELKNGR AAMIAFAAML AHATIPGSVP GFALPF

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分子 #3: light-harvesting protein XLH3

分子名称: light-harvesting protein XLH3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 21.701898 KDa
配列文字列: MVKSLALAAM VASAAAFAPA PFMGTRLAAV KASSSAVTMS VKEMPGVSAP LGFFDPLGFA SKASPETITK YRESELRHGR TAMLAVLGW AFTEAGCHLP VFPNAGTNPL AAAGQVPFWG WAQIFAFCGV IEFVQAKIRE RPGFQAGDYI GSGDLMDEGD D QWKSFQTK ...文字列:
MVKSLALAAM VASAAAFAPA PFMGTRLAAV KASSSAVTMS VKEMPGVSAP LGFFDPLGFA SKASPETITK YRESELRHGR TAMLAVLGW AFTEAGCHLP VFPNAGTNPL AAAGQVPFWG WAQIFAFCGV IEFVQAKIRE RPGFQAGDYI GSGDLMDEGD D QWKSFQTK ELNNGRLAML ASIGLIGQTA IFGQNILEQS TGKATLF

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分子 #4: light-harvesting protein XLH4

分子名称: light-harvesting protein XLH4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 24.273383 KDa
配列文字列: MKSAAVLVGA LAGASAFQAA TPLKGAVRSS SSMSMMAKSK SIPFAPQPAA LDGSLPGDVG FDPLGLTSID FDWAKWIVPA RASMRKGDE PVVVDTLYWM REAELKHCRV AMLAVVGWLA VDMGLRLPGT KYMGLSAISA HDAMVSGGNM VVMLHFALLL E LINGAAIF ...文字列:
MKSAAVLVGA LAGASAFQAA TPLKGAVRSS SSMSMMAKSK SIPFAPQPAA LDGSLPGDVG FDPLGLTSID FDWAKWIVPA RASMRKGDE PVVVDTLYWM REAELKHCRV AMLAVVGWLA VDMGLRLPGT KYMGLSAISA HDAMVSGGNM VVMLHFALLL E LINGAAIF AAAQGSGRKP GDFCLDPLGL AKDSAKSARY QLSEVKNGRL AMLAFSGIAT QAVLTGHSFP YLF

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分子 #5: light-harvesting protein XLH5

分子名称: light-harvesting protein XLH5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 22.618105 KDa
配列文字列: MMKAAAVLAL AGGAAAFMPA TPLAGAVKSS STMSMVASKS LPFLPKPEKL DGSLPGDVGF DPLNLSATDE LGLDLYWFRE AEVKHGRIA MLAVAGVLFC DQIGSLPGFP SGKDQMDLFW QVFAEKPNVV GAGVVAVSIL EFISGIAITA GRKDGSREAG D FNLDPFNV ...文字列:
MMKAAAVLAL AGGAAAFMPA TPLAGAVKSS STMSMVASKS LPFLPKPEKL DGSLPGDVGF DPLNLSATDE LGLDLYWFRE AEVKHGRIA MLAVAGVLFC DQIGSLPGFP SGKDQMDLFW QVFAEKPNVV GAGVVAVSIL EFISGIAITA GRKDGSREAG D FNLDPFNV RADPAKKATA QLQEIKNGRL AMLASMGMIA QGMTTHEGAL DNISAIWN

+
分子 #6: light-harvesting protein XLH6/10

分子名称: light-harvesting protein XLH6/10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 22.235654 KDa
配列文字列: MAMVKALAVA GLVGSAAAFT APSAFAGARV ARSAVAPSQV TMMAGKSASI PFMPKPEKLD GTVPGDVGFD PLGFSNWVNL DFLREAEIK HGRICMLAVA GWVAVDLGLH LPGDVHNVGS LEAHDTAVKF GAMSQILLWT SIFEAISTVG VVQMLNGSGR Q PGYFGFDP ...文字列:
MAMVKALAVA GLVGSAAAFT APSAFAGARV ARSAVAPSQV TMMAGKSASI PFMPKPEKLD GTVPGDVGFD PLGFSNWVNL DFLREAEIK HGRICMLAVA GWVAVDLGLH LPGDVHNVGS LEAHDTAVKF GAMSQILLWT SIFEAISTVG VVQMLNGSGR Q PGYFGFDP LNFSKDAASK AKLELNEIKN GRLAMLAFSG IVTQAALGND FPYF

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分子 #7: light-harvesting protein XLH7

分子名称: light-harvesting protein XLH7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 22.124809 KDa
配列文字列: MKAVACLACV GASGALAFTG APLAARAVTR TSGMTMQAEM SKSLPFLVKP KQLDGWVGNA EFDPFSLSEL LPMAFVRESE LKHGRIAML AVVGFVVSEL IHIPGEAYQA SNPVDAVNMV GAQPMLQIFA FCGFLESVFH KGKMTMMDMH ADGQTPGDFG F DPLNVSKD ...文字列:
MKAVACLACV GASGALAFTG APLAARAVTR TSGMTMQAEM SKSLPFLVKP KQLDGWVGNA EFDPFSLSEL LPMAFVRESE LKHGRIAML AVVGFVVSEL IHIPGEAYQA SNPVDAVNMV GAQPMLQIFA FCGFLESVFH KGKMTMMDMH ADGQTPGDFG F DPLNVSKD PAKLAQYQLS EIKNGRLAMM AISGLIHQSI ITGHGVPFN

+
分子 #8: light-harvesting protein XLH8

分子名称: light-harvesting protein XLH8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 19.510305 KDa
配列文字列:
MRMVELGAGV ETGNEPWDPM GFSQMYKVNS LGINPHPQWL QESEIKHGRT AMLAFVGTLV IHAGIHIPGL DYTTDWYNSF PEFAAKNPL GLAQVMAGLT IWEGHYGTEA GLMWTGEGTR NPGELGFDPL NLMKGKSEAD VNTMKLKEIK NGRLAMIAMA G FASEHFIP GSVPLLSGQG F

+
分子 #9: light-harvesting protein XLH9/13

分子名称: light-harvesting protein XLH9/13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 23.143885 KDa
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APPAPTQPQR RMKAAAACSL ALAAGASAFV APSSFAGSQL ARVTSAKSAL SMEFAGGLIG ADGPEPTTKN FDPLGLAEKG DVLFYREAE LKHCRLAMLA VVGMVVPNFV RLPGDIYQGV SVVEAHNAMV EKGPMVQLLF WLSLFEIITA PLTWNMQAKD R EPGDFSLD PLGFCKDPEK KKRYQLSELK NGRLAMLAFS GMITQAVLTG HGFPYLY

+
分子 #10: light-harvesting protein XLH11

分子名称: light-harvesting protein XLH11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 21.832453 KDa
配列文字列: MKVSAVAAGV MASGVAAFVQ PTAFAGSKLA AVASGSTMQM AAAEMSKSIP FIQRPPALTG EMPGDVGFDP LGMSENLNLG YMQAAELKH CRVAMLAVVG VLVTQFIHLP ADQFSATSPL DAIAKVPLAG HLQIFGLIAG LEMGSLNRTY DDSTDAWGKL I QDPSGAKQ ...文字列:
MKVSAVAAGV MASGVAAFVQ PTAFAGSKLA AVASGSTMQM AAAEMSKSIP FIQRPPALTG EMPGDVGFDP LGMSENLNLG YMQAAELKH CRVAMLAVVG VLVTQFIHLP ADQFSATSPL DAIAKVPLAG HLQIFGLIAG LEMGSLNRTY DDSTDAWGKL I QDPSGAKQ FAAKSAADKA KSQLQEIKNG RLAMIAIMGM LIQTALFGHP LP

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分子 #11: light-harvesting protein XLH12

分子名称: light-harvesting protein XLH12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 24.5389 KDa
配列文字列: TALRHAPHSK MKAAATVAAL AAVGSVSAFA PNAFTGKALS ATVKSTSALQ MADASGLVGK PFGAGSSVFD PLGLATKASD AELLRHQES EIKHGRIAML AILGMAVQER FHPFFPTSAE VANSVDAPRM ILQDYGWFWL LALWGVSVHE YDNVKHTYKP E SSTVKPYS ...文字列:
TALRHAPHSK MKAAATVAAL AAVGSVSAFA PNAFTGKALS ATVKSTSALQ MADASGLVGK PFGAGSSVFD PLGLATKASD AELLRHQES EIKHGRIAML AILGMAVQER FHPFFPTSAE VANSVDAPRM ILQDYGWFWL LALWGVSVHE YDNVKHTYKP E SSTVKPYS EILDGRVPGD LGFDPLELGH KEDSEYYNSM RLKEINNGRL AMIAVFGACA QEMVNGQNVF

+
分子 #12: PsaA

分子名称: PsaA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 83.163406 KDa
配列文字列: MSSKEQATKV KILVERDATA TSFEKWAKPG HFSRTLAKGP KTTTWIWNLH ADAHDFDSQT NSLEDVSRKI FSAHFGQLAV IFLWLSGMH FHGAYFSNYL AWLNNPTSIK PSAQVVWPIV GQEILNADVG GNFQGVQITS GFFQLWRAEG ITSEIQLYWT A IGALVMSG ...文字列:
MSSKEQATKV KILVERDATA TSFEKWAKPG HFSRTLAKGP KTTTWIWNLH ADAHDFDSQT NSLEDVSRKI FSAHFGQLAV IFLWLSGMH FHGAYFSNYL AWLNNPTSIK PSAQVVWPIV GQEILNADVG GNFQGVQITS GFFQLWRAEG ITSEIQLYWT A IGALVMSG LMLFAGWFHY HKAAPKLEWF QNAESMLNHH LSILLGLGCL SWAGHQIHVA LPINKLLDAG VAPQEIPLPH EF LVNRDLI AQLYPSFSKG LVPFFSGNWS EYSDFLTFKG GVNPVTGGLW LTDTAHHHLA LAVLFIFAGH MYRTNWGIGH SMK EMLEAH KGPFTGEGHA GLYEILTTSW HAQLAINLAM IGSLSIIVAH HMYAMPPYPY IATDYATQLS LFTHHVWIGG FCIV GGAAH GAIFMVRDYN PAKNYNNLLD RVIRHRDSII SHLNWVSIFL GFHSFGLYIH NDTMRALGRS QDMFSDTAIQ LQPIF AQWI QNLHLLAPGN TAPNALTTAS YVFGGDVVSV GSKIAIMPIK LGTADFMVHH IHAFTIHVTA LILLKGVLYA RSSKLI PDK ANLGFRFPCD GPGRGGTCQV SAWDHVFLGL FWMYNSLSIV LFHFSWKMQS DVWGSVTPTG AVSHITGGNF AQSAITI NG WLRDFLWSQA SQVIQSYGSA LSAYGLIFLG AHFIWAFSLM FLFSGRGYWQ ELIESIVWAH NKIKVAPAIQ PRALSITQ G RAVGLAHYLL GGIGTTWAFF LARIISVG

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分子 #13: PsaB

分子名称: PsaB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 82.145773 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ ALAQDPTTRR IWFGIATAHD FETHDGMTEE KLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVLN PLKVKPIAH TIWDPHFGEP AIKAFTKGGA FYPVNIAYSG VYHWWYTIGM RTNNDLYLGS IGLIILSGLL LFAGWLHLQP K FSPSLSWF ...文字列:
MATKFPKFSQ ALAQDPTTRR IWFGIATAHD FETHDGMTEE KLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVLN PLKVKPIAH TIWDPHFGEP AIKAFTKGGA FYPVNIAYSG VYHWWYTIGM RTNNDLYLGS IGLIILSGLL LFAGWLHLQP K FSPSLSWF KNNESRLNHH LSGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPESRGTHIG WDNFLTTPPH PDGLAPFFSG NWNVYAQNPD TA QHIFGTS QGSGSAILTF LGGFHPQTQS LWLTDMAHHH LAIAVIFIIA GHMYRTNFGI GHNMKEILDA HRPPGGRLGA GHR GLFDTI TNSLHMQLGL ALASLGVITS LTAQHMYAIS PYAFMAKDFT TQAALYTHHQ YIAGFLMVGA FAHGAIFFVR DYDP EANKN NVLARMLEHK EAIISHLSWV SLFLGFHTLG LYIHNDTVVA FGQPEKQILV EPVFAQFIQA ASGKALYGFD TLLSS SESP ATVAGSAIWL PGWLEAINSE KNDLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLSMFWM LNTIGWVTFY WHWKHVTIWQ GNPAQFNESS NYLMGWLRDY LWLNSSPLIN GYNPYGM NS LSVWAWMFLF GHLVWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLVWAH ERTPLANLIS WKDKPVALSI VQARLVGLAH FTVGYILT Y AAFVIASTAG KFG

+
分子 #14: PsaC

分子名称: PsaC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 8.737103 KDa
配列文字列:
MSHAVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKAGQIA SAPRTEDCVG CKRCESACPT DFLSVRVYLG GETTRSMGLA Y

+
分子 #15: PsaD

分子名称: PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 15.405666 KDa
配列文字列:
MKLNLQPYSP IFGGSTGGWL RAAEVEEKYA ITWTSPKEQI FEMPTGGAAV MLIGENLLYL ARKEQCLALG TQLKSFKISD YKIYRIFPS GEVQFLHPKD GVFPEKVNPG RLPVGNRSFS IGKNPNPVSV KFSGQGTYES

+
分子 #16: PsaE

分子名称: PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 7.013938 KDa
配列文字列:
MDKGSKVRNL RKESYWFNEI GTVVTIDKSG IKYPALVRFT KVNYSGTNST NFSLDELQEV K

+
分子 #17: PsaF

分子名称: PsaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 20.668137 KDa
配列文字列:
MFKFKKLLPI FLALTITSPS IAFADVAGLI PCNESPVFTK RLNASVVKLE NRVKKYEAGS PPALALEQQI ERTKQRFDRY SKSGLLCGK DGLPHLITDG RWSHSIEFVI PGLMFLYITG WIGWVGRKYI RTVGGDTNAT EKEIIIDVPL ALKIMSTGFI W PISAWQEY ISGTLLADVS EITVSPR

+
分子 #18: PsaI

分子名称: PsaI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 3.940727 KDa
配列文字列:
MTASYLPSIL VPLVGIVFPG VAMALLFLYI EKDDIE

+
分子 #19: PsaJ

分子名称: PsaJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 4.79257 KDa
配列文字列:
MENFLKYLST APVLLAAWMT FTAGFIIEAN RFYPDALTFP AF

+
分子 #20: PsaL

分子名称: PsaL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 15.801178 KDa
配列文字列:
MANFIKPYNN DPFVGHLSTP VTTSAATKAF LGNLPAYRAG LSPLLRGLEV GMAHGYLLVG PFDKLGPLRN SEIALLSGFL SAVGLITIL TLCLTIYGKV SFQESTKNSS QLTNKDLLTE DGWSQFTSGF LVGAFGGAGF AYLTLLNLAL

+
分子 #21: PsaM

分子名称: PsaM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 3.249002 KDa
配列文字列:
MVTDTQVFIA LVLALISALL AIRLGTKLYV

+
分子 #22: PsaR

分子名称: PsaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 9.267573 KDa
配列文字列:
MTEDTYWEGK APPSKVLGPV VSQIPSPALG VISLICLGVG TYSVHESNIF HTLTADTINP GYIIGSLLTP VAWGTHVASW IQKQNGK

+
分子 #23: PsaS

分子名称: PsaS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tribonema minus (真核生物)
分子量理論値: 11.422071 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #24: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 230 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #25: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 29 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #26: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 45 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

+
分子 #27: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 7 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #28: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 14 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #29: (1~{R},3~{S})-6-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{Z},17...

分子名称: (1~{R},3~{S})-6-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{Z},17~{E})-16-(hydroxymethyl)-3,7,12-trimethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl] ...名称: (1~{R},3~{S})-6-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{Z},17~{E})-16-(hydroxymethyl)-3,7,12-trimethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]-1,5,5-trimethyl-cyclohexane-1,3-diol
タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 5 / 式: A1L1G
分子量理論値: 616.87 Da

+
分子 #30: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 3 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #31: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #32: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ly5

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 60389
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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