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- EMDB-6360: Cryo-EM structure of the peroxisomal Pex1/Pex6 complex in ADP state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6360
タイトルCryo-EM structure of the peroxisomal Pex1/Pex6 complex in ADP state
マップデータReconstruction of Pex1/Pex6 AAA ATPase complex in ADP using single-particle cryo-electron microscopy without imposed symmetry
試料
  • 試料: Peroxisomal Pex1/Pex6 ATPase complex
  • タンパク質・ペプチド: Peroxisomal ATPase Pex1
  • タンパク質・ペプチド: Peroxisomal ATPase Pex6
キーワードAAA ATPase / cryoelectron microscopy / peroxisome
機能・相同性
機能・相同性情報


protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / protein import into peroxisome matrix / protein transporter activity / peroxisomal membrane / ATPase complex / protein unfolding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / peroxisome / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxisome biogenesis factor 1 / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal, psi beta-barrel fold / : / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal / CDC48 domain 2-like superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) ...Peroxisome biogenesis factor 1 / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal, psi beta-barrel fold / : / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal / CDC48 domain 2-like superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal ATPase PEX1 / Peroxisomal ATPase PEX6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å
データ登録者Blok NB / Tan D / Wang RY / Penczek PA / Baker D / DiMaio F / Rapoport TA / Walz T
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Unique double-ring structure of the peroxisomal Pex1/Pex6 ATPase complex revealed by cryo-electron microscopy.
著者: Neil B Blok / Dongyan Tan / Ray Yu-Ruei Wang / Pawel A Penczek / David Baker / Frank DiMaio / Tom A Rapoport / Thomas Walz /
要旨: Members of the AAA family of ATPases assemble into hexameric double rings and perform vital functions, yet their molecular mechanisms remain poorly understood. Here, we report structures of the ...Members of the AAA family of ATPases assemble into hexameric double rings and perform vital functions, yet their molecular mechanisms remain poorly understood. Here, we report structures of the Pex1/Pex6 complex; mutations in these proteins frequently cause peroxisomal diseases. The structures were determined in the presence of different nucleotides by cryo-electron microscopy. Models were generated using a computational approach that combines Monte Carlo placement of structurally homologous domains into density maps with energy minimization and refinement protocols. Pex1 and Pex6 alternate in an unprecedented hexameric double ring. Each protein has two N-terminal domains, N1 and N2, structurally related to the single N domains in p97 and N-ethylmaleimide sensitive factor (NSF); N1 of Pex1 is mobile, but the others are packed against the double ring. The N-terminal ATPase domains are inactive, forming a symmetric D1 ring, whereas the C-terminal domains are active, likely in different nucleotide states, and form an asymmetric D2 ring. These results suggest how subunit activity is coordinated and indicate striking similarities between Pex1/Pex6 and p97, supporting the hypothesis that the Pex1/Pex6 complex has a role in peroxisomal protein import analogous to p97 in ER-associated protein degradation.
履歴
登録2015年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年7月15日-
マップ公開2015年7月22日-
更新2016年5月4日-
現状2016年5月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0115
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0115
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6360.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6360.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Pex1/Pex6 AAA ATPase complex in ADP using single-particle cryo-electron microscopy without imposed symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.24 Å/pix.
x 240 pix.
= 297.6 Å		1.24 Å/pix.
x 240 pix.
= 297.6 Å		1.24 Å/pix.
x 240 pix.
= 297.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.0114 / ムービー #1: 0.0115
最小 - 最大-0.00364364 - 0.02162884
平均 (標準偏差)-0.00000384 (±0.00229553)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 297.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.241.241.24
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z297.600297.600297.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-31-64
NX/NY/NZ6963129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0040.022-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Peroxisomal Pex1/Pex6 ATPase complex

全体名称: Peroxisomal Pex1/Pex6 ATPase complex
要素
  • 試料: Peroxisomal Pex1/Pex6 ATPase complex
  • タンパク質・ペプチド: Peroxisomal ATPase Pex1
  • タンパク質・ペプチド: Peroxisomal ATPase Pex6

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超分子 #1000: Peroxisomal Pex1/Pex6 ATPase complex

超分子名称: Peroxisomal Pex1/Pex6 ATPase complex / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was freshly prepared before being loaded onto grids.
集合状態: heterohexamer formed by three Pex1 and three Pex6
Number unique components: 2
分子量理論値: 726 KDa

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分子 #1: Peroxisomal ATPase Pex1

分子名称: Peroxisomal ATPase Pex1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Pex1 / コピー数: 3
集合状態: Three molecules of Pex1 interact with three molecules of Pex6 to form a heterohexamer of alternating subunits.
組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: yeast / Organelle: peroxisome / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 122 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換株: InvSc1 / 組換プラスミド: pRS423 Gal1
配列UniProtKB: Peroxisomal ATPase PEX1 / InterPro: Peroxisome biogenesis factor 1

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分子 #2: Peroxisomal ATPase Pex6

分子名称: Peroxisomal ATPase Pex6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Pex6 / コピー数: 3
集合状態: Three molecules of Pex1 interact with three molecules of Pex6 to form a heterohexamer of alternating subunits.
組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: yeast / Organelle: peroxisome / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 120 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換株: InvSc1 / 組換プラスミド: pRS424 Gal1
配列UniProtKB: Peroxisomal ATPase PEX6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 40 mM Tris, pH 7.5, 25 mM NaCl, 4 mM ADP
グリッド詳細: Quantifoil 400 mesh holey carbon grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: Blot for 5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
詳細Images were recorded using a Gatan K2 Summit in super-resolution counting mode. Motion correction as described in Li et al. (2013) Nature Methods.
日付2014年5月13日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 491 / 平均電子線量: 38 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 40410 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.9 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダー: Oxford instrument nitrogen-cooled side-entry holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPARX, RELION
詳細: Initial model building was done in SPARX using the common-line method. 3D classification, refinement, and subsequent reconstruction were performed using RELION.
使用した粒子像数: 16117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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