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- EMDB-63529: Early disassembly intermediate of Flock House Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63529
タイトルEarly disassembly intermediate of Flock House Virus
マップデータ
試料
  • ウイルス: Flock House virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein alpha
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein alpha
キーワードDisassembly / Flock House Virus / Asymmetric reconstruction / Single Particle Reconstruction / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


nodavirus endopeptidase / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / T=3 icosahedral viral capsid / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase A6, nodavirus coat protein / Peptidase A6 family / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Flock house virus (ウイルス) / Flock House virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lokshman MK / Kumar D / Borkotoky S / Banerjee M
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Other privateFT/5/288/2020 インド
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2025
タイトル: A Disassembly Intermediate of a Non-enveloped Virus Indicates the Pathway of Genome Release.
著者: Milan Kumar Lokshman / Kirti Suhag / Devbrat Kumar / Subhomoi Borkotoky / Manidipa Banerjee /
要旨: Disassembly of non-enveloped viruses in vivo are typically triggered by cellular factors such as host receptor binding, low pH in the early or late endosomal compartments, protease action in ...Disassembly of non-enveloped viruses in vivo are typically triggered by cellular factors such as host receptor binding, low pH in the early or late endosomal compartments, protease action in lysosomes, and localized changes in ionic concentrations. These triggers induce alterations in metastable capsids, resulting in the exposure of flexible capsid components and opening of gaps for genome release. Structural analysis of intermediate states is required to understand alterations in protein-protein and RNA-protein contacts in the pathway of capsid destabilization. Obtaining structural details of intermediates requires recreation of the in vivo transition states in stable forms, stepwise, in vitro. Here, we generated an asymmetric reconstruction of an early intermediate state in the disassembly pathway of Flock House Virus, a T = 3 icosahedral insect virus that is a model system for similar-sized non-enveloped viruses. The early intermediate was generated through judicious application, in vitro, of in vivo conditions such as receptor-binding-related transition and endosomal pH. The early intermediate showed asymmetric expansion, as well as asymmetric dynamic movement of the pocket factor, disordering of flexible membrane penetrating peptides and opening of gaps at the 2-fold axis, indicating that disassembly-related structural alterations may be local and not transpire throughout the icosahedral capsid. Surprisingly, the genomic RNA underwent a dramatic conformational alteration which superseded the relatively more subtle changes in the protein component. Recreation of disassembly-related transition states in vitro may be essential for structure-targeted, broadly effective inactivation strategies for non-enveloped viruses.
履歴
登録2025年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63529.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63529.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 480 pix.
= 528. Å		1.1 Å/pix.
x 480 pix.
= 528. Å		1.1 Å/pix.
x 480 pix.
= 528. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.7802636 - 1.4023869
平均 (標準偏差)0.0073991814 (±0.08168853)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 528.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63529_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63529_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63529_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Flock House virus

全体名称: Flock House virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Flock House virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein alpha
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein alpha

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超分子 #1: Flock House virus

超分子名称: Flock House virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12287 / 生物種: Flock House virus / ウイルスタイプ: VIROID / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Capsid protein alpha

分子名称: Capsid protein alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: nodavirus endopeptidase
由来(天然)生物種: Flock house virus (ウイルス)
分子量理論値: 39.367355 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: MVNNNRPRRQ RAQRVVVTTT QTAPVPQQNV PRNGRRRRNR TRRNRRRVRG MNMAALTRLS QPGLAFLKCA FAPPDFNTDP GKGIPDRFE GKVVSRKDVL NQSISFTAGQ DTFILIAPTP GVAYWSASVP AGTFPTSATT FNPVNYPGFT SMFGTTSTSR S DQVSSFRY ...文字列:
MVNNNRPRRQ RAQRVVVTTT QTAPVPQQNV PRNGRRRRNR TRRNRRRVRG MNMAALTRLS QPGLAFLKCA FAPPDFNTDP GKGIPDRFE GKVVSRKDVL NQSISFTAGQ DTFILIAPTP GVAYWSASVP AGTFPTSATT FNPVNYPGFT SMFGTTSTSR S DQVSSFRY ASMNVGIYPT SNLMQFAGSI TVWKCPVKLS TVQFPVATDP ATSSLVHTLV GLDGVLAVGP DNFSESFIKG VF SQSACNE PDFEFNDILE GIQTLPPANV SLGSTGQPFT MDSGAEATSG VVGWGNMDTI VIRVSAPEGA VNSAILKAWS CIE YRPNPN AMLYQFGHDS PPLDEVALQE YRTVARSLPV AVIAAQN

UniProtKB: Capsid protein alpha

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分子 #2: Capsid protein alpha

分子名称: Capsid protein alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: nodavirus endopeptidase
由来(天然)生物種: Flock house virus (ウイルス)
分子量理論値: 4.399056 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列:
ASMWERVKSI IKSSLAAASN IPGPIGVAAS GISGLSALFE GFGF

UniProtKB: Capsid protein alpha

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 5.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Purified wild type FHV particles were treated with low pH and incrementally heated up to 46 degree celcius.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 39.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.25 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / 使用した粒子像数: 188205
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4ftb


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-9lzl:
Flat-contact of Flock House Virus early disassembly intermediate

PDB-9lzw:
Bent-contact of Flock House Virus early disassembly intermediate

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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