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- EMDB-63477: DOCK5/ELMO1 complex with RhoG and Rac1 on lipid membrane -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63477
タイトルDOCK5/ELMO1 complex with RhoG and Rac1 on lipid membrane
マップデータ
試料
  • 複合体: DOCK5/ELMO1 complex with RhoG and Rac1 on lipid membrane
    • タンパク質・ペプチド: Engulfment and cell motility protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Dedicator of cytokinesis protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Rho-related GTP-binding protein RhoG
キーワードComplex / Rho-GTPase / GEF / Lipid membrane / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ruffle assembly / negative regulation of vascular associated smooth muscle contraction / podosome assembly / cortical cytoskeleton organization / guanyl-nucleotide exchange factor complex / activation of GTPase activity / bone remodeling / myoblast fusion / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / Nef and signal transduction ...regulation of ruffle assembly / negative regulation of vascular associated smooth muscle contraction / podosome assembly / cortical cytoskeleton organization / guanyl-nucleotide exchange factor complex / activation of GTPase activity / bone remodeling / myoblast fusion / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / Nef and signal transduction / RHO GTPases activate KTN1 / podosome / anchoring junction / phagocytosis, engulfment / establishment or maintenance of cell polarity / Rac protein signal transduction / positive regulation of epithelial cell migration / regulation of postsynapse assembly / RHOG GTPase cycle / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / GPVI-mediated activation cascade / Rho protein signal transduction / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / GTPase activator activity / secretory granule membrane / actin filament organization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell chemotaxis / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cell projection / FCGR3A-mediated phagocytosis / cell motility / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / small GTPase binding / SH3 domain binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell shape / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / postsynapse / focal adhesion / GTPase activity / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / glutamatergic synapse / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rho-related GTP-binding protein RhoG / Dedicator of cytokinesis protein 5 / : / Dedicator of cytokinesis, N-terminal domain / Dedicator of cytokinesis, N-terminal, subdomain 1 / : / DOCK N-terminus / Dedicator of cytokinesis (DOCK) TPR region / ELMO domain / ELMO, armadillo-like helical domain ...Rho-related GTP-binding protein RhoG / Dedicator of cytokinesis protein 5 / : / Dedicator of cytokinesis, N-terminal domain / Dedicator of cytokinesis, N-terminal, subdomain 1 / : / DOCK N-terminus / Dedicator of cytokinesis (DOCK) TPR region / ELMO domain / ELMO, armadillo-like helical domain / : / ELMO/CED-12 family / ELMO, armadillo-like helical domain / ELMO domain profile. / Dedicator of cytokinesis / C2 DOCK-type domain / DOCKER domain / Dedicator of cytokinesis, C-terminal, lobe A / Dedicator of cytokinesis, C-terminal, lobe C / DOCKER, Lobe A / DOCKER, Lobe B / DOCKER, Lobe C / DHR-2, Lobe A / C2 domain in Dock180 and Zizimin proteins / DHR-2, Lobe C / DHR-2, Lobe B / C2 DOCK-type domain profile. / DOCKER domain profile. / Pleckstrin homology domain / Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / C2 domain superfamily / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho-related GTP-binding protein RhoG / Engulfment and cell motility protein 1 / Dedicator of cytokinesis protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.52 Å
データ登録者Shinoda T / Katsura K / Kukimoto-Niino M / Shirouzu M
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Science and TechnologyCREST JPMJCR22E3 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Conformational alteration of DOCK5•ELMO1 signalosome on lipid membrane.
著者: Takehiro Shinoda / Kazushige Katsura / Yoshiko Ishizuka-Katsura / Kazuharu Hanada / Mayumi Yonemochi / Yuki Miyamoto / Mutsuko Kukimoto-Niino / Junji Yamauchi / Mikako Shirouzu /
要旨: The DOCK protein family activates Rho small GTPases through guanine nucleotide exchange factor (GEF) activity. DOCK is thought to exert its GEF activity at the plasma membrane. However, the mechanism ...The DOCK protein family activates Rho small GTPases through guanine nucleotide exchange factor (GEF) activity. DOCK is thought to exert its GEF activity at the plasma membrane. However, the mechanism by which DOCK activity on the plasma membrane is regulated remains unclear. Herein, we present a new conformation in which DOCK5, ELMO1, RhoG, and Rac1 are aligned on a plane and symmetrically flattened, as revealed by cryo-EM using a lipid membrane-coated grid. The major conformational change leading to this structure results from rotation of each DOCK5•ELMO1 hinge site through interactions with the membrane. Biochemical and cellular experiments indicate that conformational changes driven by acidic lipids are important for regulating the GEF activity of the DOCK5•ELMO1 complex on the plasma membrane and are essential for its downstream signalling. This approach also enables the analysis of large lipid-associated complexes, such as signalosomes, and will aid studies of membrane-dependent signalling assemblies.
履歴
登録2025年2月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63477.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63477.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 360 pix.
= 478.8 Å		1.33 Å/pix.
x 360 pix.
= 478.8 Å		1.33 Å/pix.
x 360 pix.
= 478.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-3.5676033 - 5.1812515
平均 (標準偏差)-0.00025185134 (±0.06383253)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 478.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63477_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63477_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DOCK5/ELMO1 complex with RhoG and Rac1 on lipid membrane

全体名称: DOCK5/ELMO1 complex with RhoG and Rac1 on lipid membrane
要素
  • 複合体: DOCK5/ELMO1 complex with RhoG and Rac1 on lipid membrane
    • タンパク質・ペプチド: Engulfment and cell motility protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Dedicator of cytokinesis protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Rho-related GTP-binding protein RhoG

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超分子 #1: DOCK5/ELMO1 complex with RhoG and Rac1 on lipid membrane

超分子名称: DOCK5/ELMO1 complex with RhoG and Rac1 on lipid membrane
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Engulfment and cell motility protein 1

分子名称: Engulfment and cell motility protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 84.379797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GGSVGSMPPP ADIVKVAIEW PGAYPKLMEI DQKKPLSAII KEVCDGWSLA NHEYFALQHA DSSNFYITEK NRNEIKNGTI LRLTTSPAQ NAQQLHERIQ SSSMDAKLEA LKDLASLSRD VTFAQEFINL DGISLLTQMV ESGTERYQKL QKIMKPCFGD M LSFTLTAF ...文字列:
GGSVGSMPPP ADIVKVAIEW PGAYPKLMEI DQKKPLSAII KEVCDGWSLA NHEYFALQHA DSSNFYITEK NRNEIKNGTI LRLTTSPAQ NAQQLHERIQ SSSMDAKLEA LKDLASLSRD VTFAQEFINL DGISLLTQMV ESGTERYQKL QKIMKPCFGD M LSFTLTAF VELMDHGIVS WDTFSVAFIK KIASFVNKSA IDISILQRSL AILESMVLNS HDLYQKVAQE ITIGQLIPHL QG SDQEIQT YTIAVINALF LKAPDERRQE MANILAQKQL RSIILTHVIR AQRAINNEMA HQLYVLQVLT FNLLEDRMMT KMD PQDQAQ RDIIFELRRI AFDAESEPNN SSGSMEKRKS MYTRDYKKLG FINHVNPAMD FTQTPPGMLA LDNMLYFAKH HQDA YIRIV LENSSREDKH ECPFGRSSIE LTKMLCEILK VGELPSETCN DFHPMFFTHD RSFEEFFCIC IQLLNKTWKE MRATS EDFN KVMQVVKEQV MRALTTKPSS LDQFKSKLQN LSYTEILKIR QSERMNQEDF QSRPILELKE KIQPEILELI KQQRLN RLV EGTCFRKLNA RRRQDKFWYC RLSPNHKVLH YGDLEESPQG EVPHDSLQDK LPVADIKAVV TGKDCPHMKE KGALKQN KE VLELAFSILY DSNCQLNFIA PDKHEYCIWT DGLNALLGKD MMSDLTRNDL DTLLSMEIKL RLLDLENIQI PDAPPPIP K EPSNYDFVYD CN

UniProtKB: Engulfment and cell motility protein 1

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分子 #2: Dedicator of cytokinesis protein 5

分子名称: Dedicator of cytokinesis protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 216.022406 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GGSGGSMARW IPTKRQKYGV AIYNYNASQD VELSLQIGDT VHILEMYEGW YRGYTLQNKS KKGIFPETYI HLKEATVEDL GQHETVIPG ELPLVQELTS TLREWAVIWR KLYVNNKLTL FRQLQQMTYS LIEWRSQILS GTLPKDELAE LKKKVTAKID H GNRMLGLD ...文字列:
GGSGGSMARW IPTKRQKYGV AIYNYNASQD VELSLQIGDT VHILEMYEGW YRGYTLQNKS KKGIFPETYI HLKEATVEDL GQHETVIPG ELPLVQELTS TLREWAVIWR KLYVNNKLTL FRQLQQMTYS LIEWRSQILS GTLPKDELAE LKKKVTAKID H GNRMLGLD LVVRDDNGNI LDPDETSTIA LFKAHEVASK RIEEKIQEEK SILQNLDLRG QSIFSTIHTY GLYVNFKNFV CN IGEDAEL FMALYDPDQS TFISENYLIR WGSNGMPKEI EKLNNLQAVF TDLSSMDLIR PRVSLVCQIV RVGHMELKEG KKH TCGLRR PFGVAVMDIT DIIHGKVDDE EKQHFIPFQQ IAMETYIRQR QLIMSPLITS HVIGENEPLT SVLNKVIAAK EVNH KGQGL WVSLKLLPGD LTQVQKNFSH LVDRSTAIAR KMGFPEIILP GDVRNDIYVT LIHGEFDKGK KKTPKNVEVT MSVHD EEGK LLEKAIHPGA GYEGISEYKS VVYYQVKQPC WYETVKVSIA IEEVTRCHIR FTFRHRSSQE TRDKSERAFG VAFVKL MNP DGTTLQDGRH DLVVYKGDNK KMEDAKFYLT LPGTKMEMEE KELQASKNLV TFTPSKDSTK DSFQIATLIC STKLTQN VD LLGLLNWRSN SQNIKHNLKK LMEVDGGEIV KFLQDTLDAL FNIMMEMSDS ETYDFLVFDA LVFIISLIGD IKFQHFNP V LETYIYKHFS ATLAYVKLSK VLNFYVANAD DSSKTELLFA ALKALKYLFR FIIQSRVLYL RFYGQSKDGD EFNNSIRQL FLAFNMLMDR PLEEAVKIKG AALKYLPSII NDVKLVFDPV ELSVLFCKFI QSIPDNQLVR QKLNCMTKIV ESTLFRQSEC REVLLPLLT DQLSGQLDDN SNKPDHEASS QLLSNILEVL DRKDVGATAV HIQLIMERLL RRINRTVIGM NRQSPHIGSF V ACMIALLQ QMDDSHYSHY ISTFKTRQDI IDFLMETFIM FKDLIGKNVY AKDWMVMNMT QNRVFLRAIN QFAEVLTRFF MD QASFELQ LWNNYFHLAV AFLTHESLQL ETFSQAKRNK IVKKYGDMRK EIGFRIRDMW YNLGPHKIKF IPSMVGPILE VTL TPEVEL RKATIPIFFD MMQCEFNFSG NGNFHMFENE LITKLDQEVE GGRGDEQYKV LLEKLLLEHC RKHKYLSSSG EVFA LLVSS LLENLLDYRT IIMQDESKEN RMSCTVNVLN FYKEKKREDI YIRYLYKLRD LHRDCENYTE AAYTLLLHAE LLQWS DKPC VPHLLQRDSY YVYTQQELKE KLYQEIISYF DKGKMWEKAI KLSKELAETY ESKVFDYEGL GNLLKKRASF YENIIK AMR PQPEYFAVGY YGQGFPSFLR NKIFIYRGKE YERREDFSLR LLTQFPNAEK MTSTTPPGED IKSSPKQYMQ CFTVKPV MS LPPSYKDKPV PEQILNYYRA NEVQQFRYSR PFRKGEKDPD NEFATMWIER TTYTTAYTFP GILKWFEVKQ ISTEEISP L ENAIETMELT NERISNCVQQ HAWDRSLSVH PLSMLLSGIV DPAVMGGFSN YEKAFFTEKY LQEHPEDQEK VELLKRLIA LQMPLLTEGI RIHGEKLTEQ LKPLHERLSS CFRELKEKVE KHYGVITLPP NLTERKQSRT GSIVLPYIMS STLRRLSITS VTSSVVSTS SNSSDNAPSR PGSDGSILEP LLERRASSGA RVEDLSLREE NSENRISKFK RKDWSLSKSQ VIAEKAPEPD L MSPTRKAQ RPKSLQLMDN RLSPFHGSSP PQSTPLSPPP LTPKATRTLS SPSLQTDGIA ATPVPPPPPP KSKPYEGSQR NS TELAPPL PVRREAKAPP PPPPKARKSG IPTSEPGSQ

UniProtKB: Dedicator of cytokinesis protein 5

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分子 #3: Rho-related GTP-binding protein RhoG

分子名称: Rho-related GTP-binding protein RhoG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.692918 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSSGSSGMQS IKCVVVGDGA VGKTCLLICY TTNAFPKEYI PTVFDNYSAQ SAVDGRTVNL NLWDTAGLEE YDRLRTLSYP QTNVFVICF SIASPPSYEN VRHKWHPEVC HHCPDVPILL VGTKKDLRAQ PDTLRRLKEQ GQAPITPQQG QALAKQIHAV R YLECSALQ ...文字列:
GSSGSSGMQS IKCVVVGDGA VGKTCLLICY TTNAFPKEYI PTVFDNYSAQ SAVDGRTVNL NLWDTAGLEE YDRLRTLSYP QTNVFVICF SIASPPSYEN VRHKWHPEVC HHCPDVPILL VGTKKDLRAQ PDTLRRLKEQ GQAPITPQQG QALAKQIHAV R YLECSALQ QDGVKEVFAE AVRAVLNPTP IKRGRSCILL SGPSSGHHHH HHHHHH

UniProtKB: Rho-related GTP-binding protein RhoG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7dpa

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 55365
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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