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万見
- EMDB-63214: cryo-EM structure of retron Eco2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63214
タイトルcryo-EM structure of retron Eco2
マップデータ
試料
  • 複合体: retron Eco2
    • タンパク質・ペプチド: Retron Ec67 protein
    • DNA: DNA (67-MER)
    • RNA: RNA (62-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(*GP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*GP*U)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*GP*A)-3')
キーワードRNA-mediated retron Eco2 oligomerization / RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / defense response to virus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase), msDNA / : / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Retron Ec67 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang YJ / Wang C / Guan ZY / Zou TT
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Structural basis of the RNA-mediated Retron-Eco2 oligomerization.
著者: Yanjing Wang / Chen Wang / Yongqi Yin / Yongqing Cui / Zhikang Dai / Chang Liu / Yanke Chen / Zeyuan Guan / Tingting Zou /
要旨: In the evolutionary arms race between bacteria and viruses, retrons have emerged as distinctive antiphage defense systems. Here, we elucidate the structure and function of Retron-Eco2, which ...In the evolutionary arms race between bacteria and viruses, retrons have emerged as distinctive antiphage defense systems. Here, we elucidate the structure and function of Retron-Eco2, which comprises a non-coding RNA (ncRNA) that encodes multicopy single-stranded DNA (msDNA, a DNA‒RNA hybrid) and a fusion protein containing a reverse transcriptase (RT) domain and a topoisomerase-primase-like (Toprim) effector domain. The Eco2 msDNA and RT-Toprim fusion protein form a 1:1 stoichiometric nucleoprotein complex that further assembles into a trimer (msDNA:RT-Toprim ratio of 3:3) with a distinctive triangular configuration. The RNA portion of the msDNA in one protomer closely intertwines around the RT domain of an adjacent protomer, mediating the formation of this self-inhibitory assembly. Upon activation, the Toprim effector domain exhibits RNase activity, degrading RNA to arrest phage replication. We further reveal that phage mutants evading Eco2-mediated defense harbor mutations in the endonuclease IV-like protein DenB, underscoring DenB's critical role in triggering the activation of this system. Together, these findings provide key structural and functional insights into Retron-Eco2, laying the groundwork for harnessing its potential in biotechnology and synthetic biology applications.
履歴
登録2025年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月17日-
マップ公開2025年9月17日-
更新2025年9月17日-
現状2025年9月17日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63214.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63214.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.8 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.8 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-4.048504 - 6.3542805
平均 (標準偏差)0.0021104785 (±0.14880377)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 256.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63214_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63214_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : retron Eco2

全体名称: retron Eco2
要素
  • 複合体: retron Eco2
    • タンパク質・ペプチド: Retron Ec67 protein
    • DNA: DNA (67-MER)
    • RNA: RNA (62-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(*GP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*GP*U)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*GP*A)-3')

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超分子 #1: retron Eco2

超分子名称: retron Eco2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Retron Ec67 protein

分子名称: Retron Ec67 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 68.673102 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTKTSKLDAL RAATSREDLA KILDVKLVFL TNVLYRIGSD NQYTQFTIPK KGKGVRTISA PTDRLKDIQR RICDLLSDCR DEIFAIRKI SNNYSFGFER GKSIILNAYK HRGKQIILNI DLKDFFESFN FGRVRGYFLS NQDFLLNPVV ATTLAKAACY N GTLPQGSP ...文字列:
MTKTSKLDAL RAATSREDLA KILDVKLVFL TNVLYRIGSD NQYTQFTIPK KGKGVRTISA PTDRLKDIQR RICDLLSDCR DEIFAIRKI SNNYSFGFER GKSIILNAYK HRGKQIILNI DLKDFFESFN FGRVRGYFLS NQDFLLNPVV ATTLAKAACY N GTLPQGSP CSPIISNLIC NIMDMRLAKL AKKYGCTYSR YADDITISTN KNTFPLEMAT VQPEGVVLGK VLVKEIENSG FE INDSKTR LTYKTSRQEV TGLTVNRIVN IDRCYYKKTR ALAHALYRTG EYKVPDENGV LVSGGLDKLE GMFGFIDQVD KFN NIKKKL NKQPDRYVLT NATLHGFKLK LNAREKAYSK FIYYKFFHGN TCPTIITEGK TDRIYLKAAL HSLETSYPEL FREK TDSKK KEINLNIFKS NEKTKYFLDL SGGTADLKKF VERYKNNYAS YYGSVPKQPV IMVLDNDTGP SDLLNFLRNK VKSCP DDVT EMRKMKYIHV FYNLYIVLTP LSPSGEQTSM EDLFPKDILD IKIDGKKFNK NNDGDSKTEY GKHIFSMRVV RDKKRK IDF KAFCCIFDAI KDIKEHYKLM LNSLEHHHHH HHH

UniProtKB: Retron Ec67 protein

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分子 #2: DNA (67-MER)

分子名称: DNA (67-MER) / タイプ: dna / ID: 2
詳細: the correct sequence is: TCCTTCGCACAGCACACCTGCCGTATAGCTCTGAATCAAGGATTTTAGGGAGGCGATTCCTCCTGCC.
コピー数: 3 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 20.522113 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG) (DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA) (DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DT) ...文字列:
(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG) (DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA) (DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DC) (DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)

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分子 #5: DNA (5'-D(P*GP*GP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*GP*GP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 3 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 926.661 Da
配列文字列:
(DG)(DG)(DA)

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分子 #3: RNA (62-MER)

分子名称: RNA (62-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 3
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 20.075932 KDa
配列文字列:
CACGCAUGUA GGCAGAUUUG UUGGUUGUGA AUCGCAACCA GUGGCCUUAA UGGCAGGAGG AA

GENBANK: GENBANK: M55249.1

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分子 #4: RNA (5'-R(*GP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*GP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*GP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*GP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 3
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 4.455668 KDa
配列文字列:
GUGCCUGCAU GCGU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 574158
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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