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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6318 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional structure of AcrAB and MacA-TolC alpha-hybrid dimer complex | |||||||||
![]() | Reconstruction of negatively stained AcrB-transmembrane linker-AcrA-AcrA and MacA-TolC alpha hybrid dimer complex, which supports direct interaction between AcrA and TolC | |||||||||
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![]() | multidrug efflux pump / multidrug resistance / resistance-nodulation-division family | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å | |||||||||
![]() | Kim J-S / Jeong H / Song S / Kim H-Y / Lee K / Hyun J / Ha N-C | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the tripartite multidrug efflux pump AcrAB-TolC suggests an alternative assembly mode. 著者: Jin-Sik Kim / Hyeongseop Jeong / Saemee Song / Hye-Yeon Kim / Kangseok Lee / Jaekyung Hyun / Nam-Chul Ha / ![]() 要旨: Escherichia coli AcrAB-TolC is a multidrug efflux pump that expels a wide range of toxic substrates. The dynamic nature of the binding or low affinity between the components has impeded elucidation ...Escherichia coli AcrAB-TolC is a multidrug efflux pump that expels a wide range of toxic substrates. The dynamic nature of the binding or low affinity between the components has impeded elucidation of how the three components assemble in the functional state. Here, we created fusion proteins composed of AcrB, a transmembrane linker, and two copies of AcrA. The fusion protein exhibited acridine pumping activity, suggesting that the protein reflects the functional structure in vivo. To discern the assembling mode with TolC, the AcrBA fusion protein was incubated with TolC or a chimeric protein containing the TolC aperture tip region. Three-dimensional structures of the complex proteins were determined through transmission electron microscopy. The overall structure exemplifies the adaptor bridging model, wherein the funnel-like AcrA hexamer forms an intermeshing cogwheel interaction with the α-barrel tip region of TolC, and a direct interaction between AcrB and TolC is not allowed. These observations provide a structural blueprint for understanding multidrug resistance in pathogenic Gram-negative bacteria. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() ![]() | 28.8 KB 2.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Reconstruction of negatively stained AcrB-transmembrane linker-AcrA-AcrA and MacA-TolC alpha hybrid dimer complex, which supports direct interaction between AcrA and TolC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : AcrB-TM#5-AcrA-AcrA and MacA-TolC alpha hybrid dimer complex
全体 | 名称: AcrB-TM#5-AcrA-AcrA and MacA-TolC alpha hybrid dimer complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: AcrB-TM#5-AcrA-AcrA and MacA-TolC alpha hybrid dimer complex
超分子 | 名称: AcrB-TM#5-AcrA-AcrA and MacA-TolC alpha hybrid dimer complex タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: AcrB trimer, AcrA hexamer and MacA-TolC trimer Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 700 KDa |
-分子 #1: AcrAB and MacA-TolC alpha hybrid dimer complex
分子 | 名称: AcrAB and MacA-TolC alpha hybrid dimer complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: AcrAB fusion protein was generated by fusing functional AcrA dimer to the C-terminus of AcrB with a short transmembrane linker, and MacA-TolC alpha hybrid dimer was bound to the fusion ...詳細: AcrAB fusion protein was generated by fusing functional AcrA dimer to the C-terminus of AcrB with a short transmembrane linker, and MacA-TolC alpha hybrid dimer was bound to the fusion protein in order to generate the complete tripartite complex コピー数: 12 / 集合状態: Dodecamer (3 x AcrB, 6 x AcrA, 3 x MacA-TolC) / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 700 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20mM HEPES, 150mM NaCl, 0.02% DDM, 10% glycerol |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grid was stained with 0.75% uranyl formate for 60 seconds, followed by blotting of excess solution using a piece of filter paper |
グリッド | 詳細: 300-mesh copper EM-grid with covered with thin carbon film, glow discharged in air |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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日付 | 2014年3月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 100 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 66667 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 6.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 52000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | Particles were manually selected and boxed in 256 x 256 pixel boxes using e2boxer.py. Boxed particles were used to estimate and correct for CTF using e2ctf.py. Initial model from selected class averages was generated using e2initialmodel.py, and the 3D refinement was performed using e2refine_easy.py. |
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CTF補正 | 詳細: CTF correction to each particle |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 1563 |