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- EMDB-63110: DCA-bound state of hPAC structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63110
タイトルDCA-bound state of hPAC structure
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of hPAC and DCA
    • タンパク質・ペプチド: Proton-activated chloride channel
  • リガンド: (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID
キーワードhPAC / DCA / STRUCTUAL PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性pH-gated chloride channel activity / TMEM206 protein / TMEM206 protein family / chloride transport / chloride channel complex / cell surface / plasma membrane / Proton-activated chloride channel
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å
データ登録者Zhang H / Chen X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32122040 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Discovery and structural basis of endogenous and exogenous inhibitors of the proton-activated-chloride channel.
著者: Heng Zhang / Zhijun Zhao / Xiaoying Chen / Qingxia Ma / Wenxuan Zhen / Qianqian Xu / Yaqi Wang / Bingyu He / Ying Huang / Pengfei Xu / Haoxing Xu / Zhimin Lu / Nannan Su / Fan Yang /
要旨: The proton-activated chloride (PAC) channel is a broadly expressed chloride channel that senses extracellular acidification, regulates endosomal acidification, and participates in many processes, ...The proton-activated chloride (PAC) channel is a broadly expressed chloride channel that senses extracellular acidification, regulates endosomal acidification, and participates in many processes, including acid-induced cell death and cancer cell migration. However, the lack of specific modulators has limited our understanding of its function and therapeutic potential. Here, we discovered that endogenous cholesterol (CHL) partially inhibits PAC channel activation. Moreover, we identified a series of CHL analogs and structurally related dyes as full antagonists of the PAC channel, with deoxycholic acid (DCA) and Evans blue (EB) as their representative compounds. By combining cryo-electron microscopy (cryo-EM) and patch-clamp recordings, we revealed the distinct binding and inhibition mechanisms of DCA and EB on this channel. Moreover, in malignant osteosarcoma cells, where PAC channel expression is upregulated, EB inhibited the migration and invasion of these cells. Therefore, we identified DCA and EB as pharmacological tools for the PAC channel, which forms a basis for future drug discovery targeting this channel.
履歴
登録2025年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63110.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63110.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.126
最小 - 最大-1.1119146 - 1.5298222
平均 (標準偏差)0.00079262396 (±0.026424728)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 238.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63110_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63110_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of hPAC and DCA

全体名称: Complex of hPAC and DCA
要素
  • 複合体: Complex of hPAC and DCA
    • タンパク質・ペプチド: Proton-activated chloride channel
  • リガンド: (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID

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超分子 #1: Complex of hPAC and DCA

超分子名称: Complex of hPAC and DCA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Proton-activated chloride channel

分子名称: Proton-activated chloride channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.681938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKW SHPQFEKGGG GSGGSAWSHP QFEKEFKGLV DMIRQERSTS YQELSEELVQ VVENSELADE QDKETVRVQG PGILPGLDS ESASSSIRFS KACLKNVFSV LLIFIYLLLM AVAVFLVYRT ITDFREKLKH PVMSVSYKEV DRYDAPGIAL Y PGQAQLLS ...文字列:
MDYKDDDDKW SHPQFEKGGG GSGGSAWSHP QFEKEFKGLV DMIRQERSTS YQELSEELVQ VVENSELADE QDKETVRVQG PGILPGLDS ESASSSIRFS KACLKNVFSV LLIFIYLLLM AVAVFLVYRT ITDFREKLKH PVMSVSYKEV DRYDAPGIAL Y PGQAQLLS CKHHYEVIPP LTSPGQPGDM NCTTQRINYT DPFSNQTVKS ALIVQGPREV KKRELVFLQF RLNKSSEDFS AI DYLLFSS FQEFLQSPNR VGFMQACESA YSSWKFSGGF RTWVKMSLVK TKEEDGREAV EFRQETSVVN YIDQRPAAKK SAQ LFFVVF EWKDPFIQKV QDIVTANPWN TIALLCGAFL ALFKAAEFAK LSIKWMIKIR KRYLKRRGQA TSHIS

UniProtKB: Proton-activated chloride channel

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分子 #2: (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID

分子名称: (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: DXC
分子量理論値: 392.572 Da
Chemical component information

ChemComp-DXC:
(3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / デオキシコ-ル酸 / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 80746
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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