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- EMDB-63105: Cryo-EM structure of inhibitor E3 bound human urea transporter A2. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63105
タイトルCryo-EM structure of inhibitor E3 bound human urea transporter A2.
マップデータ
試料
  • 複合体: Homotrimer complex of human urea transporter
    • タンパク質・ペプチド: Urea transporter 2
  • リガンド: 5-ethanoyl-~{N}-[3-(phenylsulfonylamino)phenyl]furan-2-carboxamide
キーワードUrea transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


urea transport / Transport of bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds / urea transmembrane transporter activity / urea transmembrane transport / cell adhesion molecule binding / transmembrane transport / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Urea transporter / Urea transporter / Ammonium/urea transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
Urea transporter 2
類似検索 - 構成要素
生物種Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Huang S / Liu L / Sun J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82304601 中国
引用ジャーナル: Acta Pharmacol Sin / 年: 2025
タイトル: Structural characterization of the urea transporter bound to the orally bioavailable inhibitor E3.
著者: Shen-Ming Huang / Bo-Yang Cai / Lei Liu / Le-Jin Yang / Zhi Li / Chao Zhang / Meng-Yao Xiong / Hang Zhang / Yan-Rong Li / Zhi-Zhen Huang / Ying Sun / Bao-Xue Yang / Jin-Peng Sun /
要旨: Orally bioavailable inhibitors targeting the kidney urea transporter (UT) have the potential to serve as salt-sparing diuretics by employing a urea-selective diuretic mechanism of action distinct ...Orally bioavailable inhibitors targeting the kidney urea transporter (UT) have the potential to serve as salt-sparing diuretics by employing a urea-selective diuretic mechanism of action distinct from that of diuretics targeting salt transporters. To elucidate the mechanism by which oral inhibitors interact with UTs, we solved the structure of a newly developed inhibitor, E3, with UT-A2 using cryo-electron microscopy. Through structural analysis and binding free energy calculations, we not only revealed the binding mode of E3 to UT-A2 but also clarified the structural basis by which E3 serves as a common competitive inhibitor of human, mouse and rat UT-A/UT-B. E3 exerts its inhibitory effect by competitively binding to the conserved Q-T-T-Q motif in the urea binding pockets of the transport channel. Moreover, we discovered that the BSBP region of UT can serve as a key region for enhancing the inhibitory potency of E3 with different UTs, which provides valuable structural insights for designing and modifying high-affinity UT inhibitors that act as diuretics.
履歴
登録2025年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63105.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63105.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 288 pix.
= 244.8 Å		0.85 Å/pix.
x 288 pix.
= 244.8 Å		0.85 Å/pix.
x 288 pix.
= 244.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.17
最小 - 最大-0.8399587 - 1.2270559
平均 (標準偏差)0.0018441671 (±0.031110423)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 244.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63105_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63105_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homotrimer complex of human urea transporter

全体名称: Homotrimer complex of human urea transporter
要素
  • 複合体: Homotrimer complex of human urea transporter
    • タンパク質・ペプチド: Urea transporter 2
  • リガンド: 5-ethanoyl-~{N}-[3-(phenylsulfonylamino)phenyl]furan-2-carboxamide

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超分子 #1: Homotrimer complex of human urea transporter

超分子名称: Homotrimer complex of human urea transporter / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)

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分子 #1: Urea transporter 2

分子名称: Urea transporter 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.419789 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MEESSEIKVE TNISKTSWIR SSMAASGKRV SKALSYITGE MKECGEGLKD KSPVFQFFDW VLRGTSQVMF VNNPLSGILI ILGLFIQNP WWAISGCLGT IMSTLTALIL SQDKSAIAAG FHGYNGVLVG LLMAVFSDKG DYYWWLLLPV IIMSMSCPIL S SALGTIFS ...文字列:
MEESSEIKVE TNISKTSWIR SSMAASGKRV SKALSYITGE MKECGEGLKD KSPVFQFFDW VLRGTSQVMF VNNPLSGILI ILGLFIQNP WWAISGCLGT IMSTLTALIL SQDKSAIAAG FHGYNGVLVG LLMAVFSDKG DYYWWLLLPV IIMSMSCPIL S SALGTIFS KWDLPVFTLP FNITVTLYLA ATGHYNLFFP TTLLQPASAM PNITWSEVQV PLLLRAIPVG IGQVYGCDNP WT GGIFLIA LFISSPLICL HAAIGSTMGM LAALTIATPF DSIYFGLCGF NSTLACIAIG GMFYVITWQT HLLAIACALF AAY LGAALA NMLSVFGLPP CTWPFCLSAL TFLLLTTNNP AIYKLPLSKV TYPEANRIYY LSQERNRRAS IITKYQAYDV S

UniProtKB: Urea transporter 2

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分子 #2: 5-ethanoyl-~{N}-[3-(phenylsulfonylamino)phenyl]furan-2-carboxamide

分子名称: 5-ethanoyl-~{N}-[3-(phenylsulfonylamino)phenyl]furan-2-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: A1EJ7
分子量理論値: 384.406 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: FREON 12

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3k3f

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 956530
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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