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- EMDB-63103: CryoEM structure of H7 hemagglutinin in complex with a human neut... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63103
タイトルCryoEM structure of H7 hemagglutinin in complex with a human neutralizing antibody 6Y13
マップデータ
試料
  • 複合体: CryoEM structure of H7 hemagglutinin in complex with a human neutralizing antibody 6Y13
    • 複合体: H7 hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • 複合体: antibody 6Y13
      • タンパク質・ペプチド: scFv of 6Y13 chimera
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードViral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A/duck/Chiba/25-51-14/2013(H7N1)) (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang M / Yuan B / Peng Q / Gao GF / Shi Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32192452 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural basis for a potent human neutralizing antibody targeting a conserved epitope on the H7 hemagglutinin head.
著者: Junxin Li / Min Wang / Yang Yang / Limin Zhang / Lvyan Liu / Wei Yang / Yun Peng / Xu Zhang / Bin Yuan / Qi Peng / Xiaolu Yang / Yixin Chen / George F Gao / Yi Shi / Xiaochun Wan /
要旨: Zoonotic H7N9 avian influenza virus infection remains a global concern because of its pandemic potential. Therefore, developing effective antibodies and vaccines against H7N9 is vital for preventing ...Zoonotic H7N9 avian influenza virus infection remains a global concern because of its pandemic potential. Therefore, developing effective antibodies and vaccines against H7N9 is vital for preventing and controlling major outbreaks. Here, we isolated a human gene-encoded antibody, designated 6Y13, from a survivor of H7N9 infection. This antibody recognized the hemagglutinins (HAs) of the representative H7 subtype zoonotic viruses spanning two decades of antigenic evolution and potently neutralized epidemic H7N9 viruses in vitro. Moreover, 6Y13 conferred complete protection in mice against lethal H7N9 challenge in both prophylactic and therapeutic experiments. Structural analysis by cryoelectron microscopy indicated that 6Y13 binds to a unique conserved site on the HA head, distinct from the receptor-binding site and lateral patch. Nevertheless, 6Y13 efficiently blocked viral receptor binding without interfering with HA receptor binding, independent of Fc-mediated steric hindrance. Our findings provide a promising therapeutic candidate against pan-H7 subtype viruses and are beneficial for the design of H7 subtype influenza vaccine immunogens.
履歴
登録2025年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63103.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63103.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0103
最小 - 最大-0.001761298 - 1.796981
平均 (標準偏差)0.0022429584 (±0.035589233)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63103_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63103_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of H7 hemagglutinin in complex with a human neut...

全体名称: CryoEM structure of H7 hemagglutinin in complex with a human neutralizing antibody 6Y13
要素
  • 複合体: CryoEM structure of H7 hemagglutinin in complex with a human neutralizing antibody 6Y13
    • 複合体: H7 hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • 複合体: antibody 6Y13
      • タンパク質・ペプチド: scFv of 6Y13 chimera
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: CryoEM structure of H7 hemagglutinin in complex with a human neut...

超分子名称: CryoEM structure of H7 hemagglutinin in complex with a human neutralizing antibody 6Y13
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/duck/Chiba/25-51-14/2013(H7N1)) (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #2: H7 hemagglutinin

超分子名称: H7 hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: antibody 6Y13

超分子名称: antibody 6Y13 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/duck/Chiba/25-51-14/2013(H7N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/duck/Chiba/25-51-14/2013(H7N1)
分子量理論値: 56.382941 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: DKICLGHHAV SNGTKVNTLT ERGVEVVNAT ETVERTNVPR ICSKGKRTVD LGQCGLLGTI TGPPQCDQFL EFSADLIIER REGSDVCYP GKFVNEEALR QILRESGGID KETMGFTYSG IRTNGATSAC RRSGSSFYAE MKWLLSNTDN AAFPQMTKSY K NTRRDPAL ...文字列:
DKICLGHHAV SNGTKVNTLT ERGVEVVNAT ETVERTNVPR ICSKGKRTVD LGQCGLLGTI TGPPQCDQFL EFSADLIIER REGSDVCYP GKFVNEEALR QILRESGGID KETMGFTYSG IRTNGATSAC RRSGSSFYAE MKWLLSNTDN AAFPQMTKSY K NTRRDPAL IVWGIHHSGS TTEQTKLYGS GSKLITVGSS NYQQSFVPSP GARPQVNGQS GRIDFHWLIL NPNDTVTFSF NG AFIAPDR ASFLRGKSMG IQSGVQVDAN CEGDCYHSGG TIISNLPFQN INSRAVGKCP RYVKQESLML ATGMKNVPEL PKG RGLFGA IAGFIENGWE GLIDGWYGFR HQNAQGEGTA ADYKSTQSAI DQITGKLNRL IEKTNQQFEL IDNEFTEVEK QIGN VINWT RDSMTEVWSY NAELLVAMEN QHTIDLADSE MNKLYERVRR QLRENAEEDG TGCFEIFHKC DDDCMASIRN NTYDH SKYR EEAMQNRIQI DPVKEFRLVP R

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: scFv of 6Y13 chimera

分子名称: scFv of 6Y13 chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.301318 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL SGSINMNYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR ESGVPDRFTG SGSGTDFTLT VSSLQAEDV AVYYCQQYYS TPLTFGGGTK VEIKGGGGSG GGGSGGGGSQ VQLVESGGGV VQPGRSLRLS CAASGFSFSN Y GLHWVRQA ...文字列:
DIVMTQSPDS LAVSLGERAT INCKSSQSVL SGSINMNYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR ESGVPDRFTG SGSGTDFTLT VSSLQAEDV AVYYCQQYYS TPLTFGGGTK VEIKGGGGSG GGGSGGGGSQ VQLVESGGGV VQPGRSLRLS CAASGFSFSN Y GLHWVRQA PGKGLDWVAV ISYDGTNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLH LQMNSLRAED TAVYYCAKGR GPYCSSSICY HG MDVWGQG TTVTVSSHHH HHHHHHH

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 83312
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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