EMDB-63096: The structure of the Lhcb8-CP47 from Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII superc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-63096

タイトル

The structure of the Lhcb8-CP47 from Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Arabidopsis thaliana

マップデータ

試料

複合体: Cryo-EM structure of the Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Arabidopsis thaliana

キーワード

Photosystem II / light harvesting / photoacclimation / stress-induced antennae / cryo-EM / PHOTOSYNTHESIS

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å

データ登録者

Zhou Q / Caferri R / Shan JY / Amelii A / Bassi R / Liu ZF

資金援助

European Union,

中国, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A stress-induced paralog of Lhcb4 controls the photosystem II functional architecture in Arabidopsis thaliana
著者: Caferri R / Zhou Q / Amelii A / Shan J / Liu Z / Bassi R

履歴

登録	2025年1月11日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年6月18日	-
マップ公開	2025年6月18日	-
更新	2025年8月6日	-
現状	2025年8月6日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_63096.map.gz	85 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-63096-v30.xml emd-63096.xml	16.6 KB 16.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_63096.png	110.6 KB
Filedesc metadata	emd-63096.cif.gz	4.2 KB
その他	emd_63096_half_map_1.map.gz emd_63096_half_map_2.map.gz	165.1 MB 165.1 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-63096 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-63096	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_63096_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_63096_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	emd_63096_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	emd_63096_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-63096 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-63096	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	63097C 63098C 63163C 63164C 63165C 63166C 9lk5 C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_63096.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.06 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.7
最小 - 最大	-2.7919166 - 4.6111927
平均 (標準偏差)	0.00063862925 (±0.122750916)

対称性

空間群: 1

詳細

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全体 : Cryo-EM structure of the Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from ...

全体	名称: Cryo-EM structure of the Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Arabidopsis thaliana
要素	複合体: Cryo-EM structure of the Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Arabidopsis thaliana

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from ...

超分子	名称: Cryo-EM structure of the Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Arabidopsis thaliana タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#22
由来(天然)	生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

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試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 7oui
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 109354
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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