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- EMDB-63073: Pre-pore octameric state of T201A Vibrio cholerae cytolysin mutan... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63073
タイトルPre-pore octameric state of T201A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome
マップデータPre-pore octameric state of T201A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome
試料
  • 複合体: Pre-pore octameric state of T201A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome
キーワードMembrane Protein / Octameric Prepore / VCC mutant / Pore-forming toxin / TOXIN
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.76 Å
データ登録者Chattopadhyay K / Dutta S / Chatterjee A / Naskar P / Singh M
資金援助 インド, 5件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/INF/22/SP22844/2017 インド
Department of Science & Technology (DST, India)SR/FST/LSII-039/2015 インド
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)09/0079(13652)/2022-EMR-I インド
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2022/002674 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)STR/2022/000006 インド
引用ジャーナル: Structure / 年: 2026
タイトル: Cradle loop regulates β-barrel pore-formation mechanism of Vibrio cholerae cytolysin.
著者: Mahendra Singh / Arnab Chatterjee / Ananya Nayak / Prasenjit Naskar / Gurvinder Kaur / Jagannath Mondal / Somnath Dutta / Kausik Chattopadhyay /
要旨: Vibrio cholerae cytolysin (VCC) is a β-barrel pore-forming toxin (β-PFT). The membrane insertion of its pore-forming "pre-stem" motif is the most crucial step in the pore-formation mechanism. In ...Vibrio cholerae cytolysin (VCC) is a β-barrel pore-forming toxin (β-PFT). The membrane insertion of its pore-forming "pre-stem" motif is the most crucial step in the pore-formation mechanism. In the soluble monomeric form, pre-stem remains clamped against the central cytolysin domain by the so-called cradle loop. In the course of oligomeric pore-formation in the target membranes, the cradle loop gets detached from the pre-stem and reorients, thus allowing the pre-stem to extend and insert into the membrane. Here, we show that the specific cradle loop residue(s) play crucial roles in governing the pore-formation mechanism of VCC by establishing decisive interactions with the neighboring structural domains/modules. The alteration of the cradle loop residue, Y194 in particular, compromises the membrane-insertion of the pre-stem, and tends to arrest the membrane-bound toxin in the pre-pore-like oligomeric states. Our study suggests that the native cradle loop architecture, with its intact contacts with the surrounding interaction partners, is essential for VCC pore-formation.
履歴
登録2025年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63073.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pre-pore octameric state of T201A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 320 pix.
= 294.4 Å		0.92 Å/pix.
x 320 pix.
= 294.4 Å		0.92 Å/pix.
x 320 pix.
= 294.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0986
最小 - 最大-0.24765013 - 0.4297785
平均 (標準偏差)0.0011355188 (±0.020366138)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 294.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map of Pre-pore octameric state of T201A...

ファイルemd_63073_half_map_1.map
注釈Half map of Pre-pore octameric state of T201A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of Pre-pore octameric state of T201A...

ファイルemd_63073_half_map_2.map
注釈Half map of Pre-pore octameric state of T201A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pre-pore octameric state of T201A Vibrio cholerae cytolysin mutan...

全体名称: Pre-pore octameric state of T201A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome
要素
  • 複合体: Pre-pore octameric state of T201A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome

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超分子 #1: Pre-pore octameric state of T201A Vibrio cholerae cytolysin mutan...

超分子名称: Pre-pore octameric state of T201A Vibrio cholerae cytolysin mutant in liposome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 29494
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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