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万見
- EMDB-63065: Cryo-EM structure of CotVW filament, bacillus subtilis endospore ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63065
タイトルCryo-EM structure of CotVW filament, bacillus subtilis endospore protein
マップデータ
試料
  • 複合体: Helical filament of Bacillus subtilis endospore protein CotVW
    • タンパク質・ペプチド: Spore coat protein V
    • タンパク質・ペプチド: Spore coat protein W
キーワードbacillus / spore protein / complex / filament / helical / PROTEIN FIBRIL / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性Spore coat protein X/V / Spore Coat Protein X and V domain / spore wall / sporulation resulting in formation of a cellular spore / Spore coat protein V / Spore coat protein W
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Jo E / Kim D / Baek Y / Ha N-C
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 韓国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Filamentous structure of the CotVW complex, the crust proteins of the Bacillus subtilis endospore.
著者: Eunbyul Jo / Doyeon Kim / Yeongjin Baek / Migak Park / Hyojeong Lee / Nam-Chul Ha /
要旨: The endospores of Bacillus subtilis are encased in a multilayered protective structure comprising core, cortex, inner and outer coats, and an outermost crust. Among the proteins required for crust ...The endospores of Bacillus subtilis are encased in a multilayered protective structure comprising core, cortex, inner and outer coats, and an outermost crust. Among the proteins required for crust formation, CotV and CotW are unique to B. subtilis and are hypothesized to be instrumental in maintaining spore surface integrity. However, their structural organization and functional mechanisms remain unclear. This study determined the cryo-EM structure of the CotVW complex and revealed its filamentous helical architecture. Structural analysis showed that CotVW possesses a negatively charged surface that enables pH-dependent binding interactions. Specifically, at pH 6.0, CotVW engages in electrostatic interactions with histidine and positively charged residues, suggesting a potential regulatory mechanism influenced by the environmental pH. Our results elucidate the molecular basis of CotVW function in B. subtilis spore crust formation, highlighting its role in spore surface organization. This study advances our understanding of the spore coat architecture and may inform future research on bacterial spore resilience and structural adaptation.
履歴
登録2025年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63065.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63065.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 250 pix.
= 202.5 Å		0.81 Å/pix.
x 250 pix.
= 202.5 Å		0.81 Å/pix.
x 250 pix.
= 202.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.037
最小 - 最大-0.19102135 - 0.33675158
平均 (標準偏差)0.0011446197 (±0.012768693)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 202.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63065_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63065_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Helical filament of Bacillus subtilis endospore protein CotVW

全体名称: Helical filament of Bacillus subtilis endospore protein CotVW
要素
  • 複合体: Helical filament of Bacillus subtilis endospore protein CotVW
    • タンパク質・ペプチド: Spore coat protein V
    • タンパク質・ペプチド: Spore coat protein W

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超分子 #1: Helical filament of Bacillus subtilis endospore protein CotVW

超分子名称: Helical filament of Bacillus subtilis endospore protein CotVW
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The CotVW filament is composed of repeating heterodimeric units of CotV and CotW.
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 26.5 kDa/nm

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分子 #1: Spore coat protein V

分子名称: Spore coat protein V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: This sequence includes an expression tag (MGSSHHHHHHSQDP) and an additional tyrosine residue was arbitrarily added at the C-terminus for purification convenience.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 16.018232 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGSSHHHHHH SQDPMSFEEK VESLHPAIFE QLSSEFEQQI EVIDCENITI DTSHITAALS IQAFVTTMII VATQLVIADE DLADAVASE ILILDSSQIK KRTIIKIINS RNIKITLSAD EIITFVQILL QVLNSILSEL DVLY

UniProtKB: Spore coat protein V

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分子 #2: Spore coat protein W

分子名称: Spore coat protein W / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: An additional tyrosine residue was arbitrarily added at the C-terminus for purification convenience.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 12.524431 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSDNDKFKEE LAKLPEVDPM TKMLVQNIFS KHGVTKDKMK KVSDEEKEML LNLVKDLQAK SQALIENQKK KKEEAAAQEQ KNTKPLSRR EQLIEQIRQR RKNDNNY

UniProtKB: Spore coat protein W

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTris-HClTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4742 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.52 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 153.09 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / 使用した粒子像数: 137931
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / ソフトウェア - 詳細: patch ctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
Segment selection選択した数: 150717 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / ソフトウェア - 詳細: auto filament picking
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: An initial model was generated using ModelAngelo.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9lgh:
Cryo-EM structure of CotVW filament, bacillus subtilis endospore protein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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