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- EMDB-63032: paralysed flagellum protein PflA N-terminal domain and PflB complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63032
タイトルparalysed flagellum protein PflA N-terminal domain and PflB complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Campylobacter jejuni flagellum protein PflA N-terminal domain and PflB
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar protein
    • タンパク質・ペプチド: Motility protein PflB
キーワードparalysed flagellum protein / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Domain of unknown function (DUF7494) / : / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar protein / Motility protein PflB
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:23/36 (strain 81-176) (カンピロバクター)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者He J / Gao X
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: The architecture, assembly, and evolution of a complex flagellar motor
著者: He J / Gao X
履歴
登録2025年1月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63032.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63032.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 220 pix.
= 195.8 Å		0.89 Å/pix.
x 220 pix.
= 195.8 Å		0.89 Å/pix.
x 220 pix.
= 195.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.89 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.32
最小 - 最大-1.7856119 - 2.3232207
平均 (標準偏差)0.0011759669 (±0.062143527)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 195.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63032_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63032_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Campylobacter jejuni flagellum protein PflA N-terminal domain and PflB

全体名称: Campylobacter jejuni flagellum protein PflA N-terminal domain and PflB
要素
  • 複合体: Campylobacter jejuni flagellum protein PflA N-terminal domain and PflB
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar protein
    • タンパク質・ペプチド: Motility protein PflB

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超分子 #1: Campylobacter jejuni flagellum protein PflA N-terminal domain and PflB

超分子名称: Campylobacter jejuni flagellum protein PflA N-terminal domain and PflB
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:23/36 (strain 81-176) (カンピロバクター)

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分子 #1: Flagellar protein

分子名称: Flagellar protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The sequence of organism Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:23/36 (strain 81-176) is not available during the biocuration, replaced by A0A5Z4HSG8 temporarily.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:23/36 (strain 81-176) (カンピロバクター)
分子量理論値: 16.95025 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAFELVLNTG RENNQAFAVL HASNDLEFTC QKFITEAKVH FECDIVGMVD NKLKDQSFSA FDLKFIQEAQ KIKMIILPKI QARMFDTSQ NIYIDKELSS SSSHKSKAFT FIFTPELAPI KDYDGLDFNI NFPHESLPYV GALDLNSDPV

UniProtKB: Flagellar protein

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分子 #2: Motility protein PflB

分子名称: Motility protein PflB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: The sequence of organism Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:23/36 (strain 81-176) is not available during the biocuration, replaced by A0A6F9L7Y3 temporarily.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:23/36 (strain 81-176) (カンピロバクター)
分子量理論値: 73.38018 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: LSNYNLGVSQ MNENKFQEAF ESFKKAIANG ENQSVAAINA AVCALKLNDK EKFRYYIDLA QVYLPKEGKS KLYDYYLSLI NYYKGYYPE ALQMLQRTDM EPYSDVAKYL SAKIYAKMDF DSKAIQQLNS QGNFESSLSL GLLYARIGEY AKAKVALSTA M KIERDFNQ ...文字列:
LSNYNLGVSQ MNENKFQEAF ESFKKAIANG ENQSVAAINA AVCALKLNDK EKFRYYIDLA QVYLPKEGKS KLYDYYLSLI NYYKGYYPE ALQMLQRTDM EPYSDVAKYL SAKIYAKMDF DSKAIQQLNS QGNFESSLSL GLLYARIGEY AKAKVALSTA M KIERDFNQ SLAALTLVDI KTGNYQDMLA RLQNSYDNDK DRYKILDAYK IQVRLNKDLF NIAVAQNSFS KDLLKKQKDQ FD LLFYFAP YQVFDSKQAA LYIKKANVTD FVDDSADAGV YLNTSKALSS TNVKIANIIN YALNQKLRLA NQEFQKLIKD YPE HSILHY NLALTYAQMQ NYELAYKHFS SSYHLNPKNY LAGAFAMFCA KLIDIDTTKL YNEILDNIAA DSNFKANMQK SMLF LVNNN YISMLPYLDE TKKDTPLSLI FEAIVAKNNN LNNQVDVKIA KLRSELPEDI LANILYFNSL NSNLNIKEYA QNAQI HFKN LKLDYRSVFG GPNIAREFYV NLMHIAGLLN LERQKIKELI NVSGAKDEGI LQTLAYLDIF AQQYEEAYAL YNSLID DYG AKDTKTLFLA AVAAIGANNP NSAIALLQLS KLTDKNNKES KAALGMLYQE VKNYEAAISQ YKTLPNNFKS EFFTFDI NN N

UniProtKB: Motility protein PflB

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 182785
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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