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万見
- EMDB-63014: Consensus map of UCC118 Rool RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63014
タイトルConsensus map of UCC118 Rool RNA
マップデータConsensus map of UCC118 Rool RNA
試料
  • 複合体: Consensus map of UCC118 Rool RNA
    • RNA: UCC118 Rool RNA
キーワードNatural RNA nanocages / large RNA / cryo-EM / Rool / RNA
生物種Ligilactobacillus salivarius UCC118 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Zhang K / Li S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into higher-order natural RNA-only multimers.
著者: Shengchun Zhang / Ran Yi / Linfeng An / Ji Liu / Xuebiao Yao / Shanshan Li / Kaiming Zhang /
要旨: RNA-only complexes adopt intricate three-dimensional structures to fulfill diverse functions independently of protein partners. Although multimeric RNA-only structures have been engineered in ...RNA-only complexes adopt intricate three-dimensional structures to fulfill diverse functions independently of protein partners. Although multimeric RNA-only structures have been engineered in synthetic RNA nanomaterials, naturally occurring RNA-only complexes have primarily been observed as monomers or dimers, leaving higher-order assemblies largely unexplored. ROOL (rumen-originating, ornate, large) and GOLLD (giant, ornate, lake- and Lactobacillales-derived) RNAs are conserved non-coding RNAs with complex secondary structures, but their high-resolution architectures remain unknown. Here, we determine the cryo-electron microscopy structures of UCC118-Rool RNA, Sag-Golld RNA and Env38-Golld RNA at 1.96-2.98 Å resolution, revealing their distinct hexameric, decameric and tetradecameric assemblies. These higher-order architectures are stabilized by an array of tertiary motifs such as kissing loops and tetraloop-receptor motifs, underscoring the conserved principles of RNA self-assembly. By elucidating the molecular details of these higher-order RNA-only assemblies, this study expands our understanding of RNA-based architectures and broadens the scope of RNA structural biology.
履歴
登録2025年1月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63014.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63014.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Consensus map of UCC118 Rool RNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 512 pix.
= 440.32 Å		0.86 Å/pix.
x 512 pix.
= 440.32 Å		0.86 Å/pix.
x 512 pix.
= 440.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.5022241 - 0.8913939
平均 (標準偏差)0.00018642798 (±0.018237824)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 440.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_63014_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_63014_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_63014_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Consensus map of UCC118 Rool RNA

全体名称: Consensus map of UCC118 Rool RNA
要素
  • 複合体: Consensus map of UCC118 Rool RNA
    • RNA: UCC118 Rool RNA

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超分子 #1: Consensus map of UCC118 Rool RNA

超分子名称: Consensus map of UCC118 Rool RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Ligilactobacillus salivarius UCC118 (バクテリア)
分子量理論値: 900 KDa

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分子 #1: UCC118 Rool RNA

分子名称: UCC118 Rool RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 6
由来(天然)生物種: Ligilactobacillus salivarius UCC118 (バクテリア)
分子量理論値: 167.70425 KDa
配列文字列: GGACCGAUGA AGCUAGUGGA UGAGGUGUGA CAAGCCGCCU AGCCAUACGA CUCUUAAUAA CUACUAUGAC GAAAUAUACG GAUACGUUU AUUUUUUCUA AUUUCCACUU GGGUAGUACU AAUUGGGAGC AACGAAAAAA GUUGUGUAGA GAGAAGCAAG G GGACUCAU ...文字列:
GGACCGAUGA AGCUAGUGGA UGAGGUGUGA CAAGCCGCCU AGCCAUACGA CUCUUAAUAA CUACUAUGAC GAAAUAUACG GAUACGUUU AUUUUUUCUA AUUUCCACUU GGGUAGUACU AAUUGGGAGC AACGAAAAAA GUUGUGUAGA GAGAAGCAAG G GGACUCAU AUCUGAAACU AAGACACUUG CCGUCAGGGA UUCGCAAUAU GCCAUCUUCA GUUAAUUAAG GCUGAUUACC UU AGGAACC AAAAGAAGAA UAUCAACUAA GAAUUCGUGU CGUGAAGUUG UGGUGACGCA ACUAUAACUG ACGAGUAAGG UUU GAGUAG CCAAAAUCGA CAAUCUUACA UUAACUGGAA CAUUGCACAU GUUUGGUGAA AAUUGGAUAG GAAAAGAUCU AUGC CCUGA ACUUGAAAUG CGGACUAGGU CGUGGAAGUU GCUAGCCAUG AUGUGCUAGU CUGAUUCAGU AGUCUAAUAA GUCCA GAUA CAAGAGUAUC CCACGUAAGC CAAUACGCGU CGGUUU

GENBANK: GENBANK: CP000234.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 46.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 504297
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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