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万見
- EMDB-62915: Arabidopsis GORK WT5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62915
タイトルArabidopsis GORK WT5
マップデータ
試料
  • 複合体: GORK
    • タンパク質・ペプチド: Potassium channel GORK
キーワードOutward potassium channel in stomata / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion transmembrane transporter activity / response to jasmonic acid / response to abscisic acid / response to water deprivation / outward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / monoatomic ion transport / response to cold / response to calcium ion / nucleus
類似検索 - 分子機能
Potassium channel KAT/AKT / KHA domain / KHA, dimerisation domain of potassium ion channel / KHA domain profile. / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...Potassium channel KAT/AKT / KHA domain / KHA, dimerisation domain of potassium ion channel / KHA domain profile. / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium channel GORK
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yamanashi T / Kume T / Sekido N / Muraoka Y / Yokoyama T / Tanaka Y / Uozumi N
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structure reveals a regulation mechanism of plant outward-rectifying K channel GORK by structural rearrangements in the CNBD-Ankyrin bridge.
著者: Taro Yamanashi / Yuki Muraoka / Tadaomi Furuta / Tsukasa Kume / Natsuko Sekido / Shunya Saito / Shota Terashima / Takeshi Yokoyama / Yoshikazu Tanaka / Atsushi Miyamoto / Kanane Sato / ...著者: Taro Yamanashi / Yuki Muraoka / Tadaomi Furuta / Tsukasa Kume / Natsuko Sekido / Shunya Saito / Shota Terashima / Takeshi Yokoyama / Yoshikazu Tanaka / Atsushi Miyamoto / Kanane Sato / Tomoyuki Ito / Hikaru Nakazawa / Mitsuo Umetsu / Ellen Tanudjaja / Masaru Tsujii / Ingo Dreyer / Julian I Schroeder / Yasuhiro Ishimaru / Nobuyuki Uozumi /
要旨: Guard cells, which regulate stomatal apertures in plants, possess a sophisticated mechanism for regulating turgor pressure. The outward-rectifying "K" channel GORK, expressed in guard cells of the ...Guard cells, which regulate stomatal apertures in plants, possess a sophisticated mechanism for regulating turgor pressure. The outward-rectifying "K" channel GORK, expressed in guard cells of the plant , is a central component that promotes stomatal closure by releasing K to the extracellular space, thereby lowering turgor pressure. To date, the structural basis underlying the regulation of the K transport activity of GORK is unclear. Using cryo-EM, we determined the structures of the GORK outward-rectifying K channel with a resolution of 3.16 to 3.27 Å in five distinct conformations that differ significantly in their C-terminal cyclic nucleotide binding domain (CNBD) and ankyrin repeat (ANK) domain. The C-linker connects the transmembrane domains to the C-terminal domains, i.e., CNBD, CNBD-Ankyrin bridge, and ANK. The structural changes and interactions in the C-linker determine whether the closed state of GORK is closer to the preopen state or in a more removed state from the open state of the channel. In particular, interconversion in the short sequence within the CNBD-Ankyrin bridge plays a decisive role in this determination. This region forms an α-helix in the preopened state, while it adopts a nonhelical structure in further distant closed states. The dynamics of the cytosolic region strongly suggest that the K channel activity of GORK is regulated by cytosolic signaling factors during stomatal closure.
履歴
登録2025年1月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62915.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62915.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 400 pix.
= 315.2 Å		0.79 Å/pix.
x 400 pix.
= 315.2 Å		0.79 Å/pix.
x 400 pix.
= 315.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.788 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.41746697 - 0.68621224
平均 (標準偏差)0.00043356695 (±0.019050831)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 315.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62915_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62915_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GORK

全体名称: GORK
要素
  • 複合体: GORK
    • タンパク質・ペプチド: Potassium channel GORK

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超分子 #1: GORK

超分子名称: GORK / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Potassium channel GORK

分子名称: Potassium channel GORK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 96.409344 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDYKDDDDKG RLRRRQEIID HEEEESNDDV SSRRGKLSLA ETFRWLDSSE HRRIETDGHN DYKYIIHPKN RWYKAWEMFI LVWAIYSSL FTPMEFGFFR GLPERLFVLD IVGQIAFLVD IVLQFFVAYR DTQTYRTVYK PTRIAFRYLK SHFLMDFIGC F PWDLIYKA ...文字列:
MDYKDDDDKG RLRRRQEIID HEEEESNDDV SSRRGKLSLA ETFRWLDSSE HRRIETDGHN DYKYIIHPKN RWYKAWEMFI LVWAIYSSL FTPMEFGFFR GLPERLFVLD IVGQIAFLVD IVLQFFVAYR DTQTYRTVYK PTRIAFRYLK SHFLMDFIGC F PWDLIYKA SGKHELVRYL LWIRLFRVRK VVEFFQRLEK DTRINYLFTR ILKLLFVEVY CTHTAACIFY YLATTLPPEN EG YTWIGSL KLGDYSYENF REIDLWKRYT TALYFAIVTM ATVGYGDIHA VNLREMIFVM IYVSFDMVLG AYLIGNITAL IVK GSNTER FRDKMNDLIS FMNRKKLGRD LRSQITGHVR LQYDSHYTDT VMLQDIPASI RAKIAQLLYL PYIKKVPLFK GCST EFINQ IVIRLHEEYF LPGEVITEQG NVVDHLYFVC EGLLEALVTK TDGSEESVTL LGPHTSFGDI SIICNISQPF TVRVC ELCH LLRLDKQSFS NILEIYFHDG RTILNNIMEE KESNDRIKKL ESDIVIHIGK QEAELALKVN SAAFQGDFYQ LKSLIR SGA DPNKTDYDGR SPLHLAACRG YEDITLFLIQ EGVDVNLKDK FGHTPLFEAV KAGQEGVIGL LVKEGASFNL EDSGNFL CT TVAKGDSDFL KRLLSSGMNP NSEDYDHRTP LHVAASEGLF LMAKMLVEAG ASVISKDRWG NSPLDEARLC GNKKLIKL L EDVKNAQSSI YPSSLRELQE ERIERRKCTV FPFHPQEAKE ERSRKHGVVV WIPSNLEKLI VTAAKELGLS DGASFVLLS EDQGRITDID MISDGHKLYM ISDTTDQTHH HHHH

UniProtKB: Potassium channel GORK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31734
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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