[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructure reveals a regulation mechanism of plant outward-rectifying K channel GORK by structural rearrangements in the CNBD-Ankyrin bridge.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 30, Page e2500070122, Year 2025
掲載日2025年7月29日
著者Taro Yamanashi / Yuki Muraoka / Tadaomi Furuta / Tsukasa Kume / Natsuko Sekido / Shunya Saito / Shota Terashima / Takeshi Yokoyama / Yoshikazu Tanaka / Atsushi Miyamoto / Kanane Sato / Tomoyuki Ito / Hikaru Nakazawa / Mitsuo Umetsu / Ellen Tanudjaja / Masaru Tsujii / Ingo Dreyer / Julian I Schroeder / Yasuhiro Ishimaru / Nobuyuki Uozumi /
PubMed 要旨Guard cells, which regulate stomatal apertures in plants, possess a sophisticated mechanism for regulating turgor pressure. The outward-rectifying "K" channel GORK, expressed in guard cells of the ...Guard cells, which regulate stomatal apertures in plants, possess a sophisticated mechanism for regulating turgor pressure. The outward-rectifying "K" channel GORK, expressed in guard cells of the plant , is a central component that promotes stomatal closure by releasing K to the extracellular space, thereby lowering turgor pressure. To date, the structural basis underlying the regulation of the K transport activity of GORK is unclear. Using cryo-EM, we determined the structures of the GORK outward-rectifying K channel with a resolution of 3.16 to 3.27 Å in five distinct conformations that differ significantly in their C-terminal cyclic nucleotide binding domain (CNBD) and ankyrin repeat (ANK) domain. The C-linker connects the transmembrane domains to the C-terminal domains, i.e., CNBD, CNBD-Ankyrin bridge, and ANK. The structural changes and interactions in the C-linker determine whether the closed state of GORK is closer to the preopen state or in a more removed state from the open state of the channel. In particular, interconversion in the short sequence within the CNBD-Ankyrin bridge plays a decisive role in this determination. This region forms an α-helix in the preopened state, while it adopts a nonhelical structure in further distant closed states. The dynamics of the cytosolic region strongly suggest that the K channel activity of GORK is regulated by cytosolic signaling factors during stomatal closure.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:40699930 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.39 - 3.2 Å
構造データ

62913

9l9u

EMDB-62913, PDB-9l9u:
Arabidopsis GORK WT1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

62915

9la0

EMDB-62915, PDB-9la0:
Arabidopsis GORK WT5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

62916

9la1

EMDB-62916, PDB-9la1:
Arabidopsis GORK WT4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

62917

9la2

EMDB-62917, PDB-9la2:
Arabidopsis GORK WT2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

62918

9la3

EMDB-62918, PDB-9la3:
Arabidopsis GORK WT3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

62921

9la7

EMDB-62921, PDB-9la7:
Arabidopsis GORK consensus structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.39 Å

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードPLANT PROTEIN / Outward potassium channel in stomata

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る