[日本語] English
万見
- EMDB-62769: cryo-EM structure of Vitamin K-dependent gamma-carboxylase comple... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62769
タイトルcryo-EM structure of Vitamin K-dependent gamma-carboxylase complexed with factor IX(Gla)
マップデータ
試料
  • 複合体: Vitamin K-dependent gamma-carboxylase complexed with factor IX(Gla)
    • タンパク質・ペプチド: Vitamin K-dependent gamma-carboxylase
    • タンパク質・ペプチド: Coagulation factor IX
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: vitamin K1 hydroquinone
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: CARBON DIOXIDE
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: water
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-glutamate 4-carboxylase / gamma-glutamyl carboxylase activity / negative regulation of testosterone biosynthetic process / negative regulation of bone development / Defective F9 secretion / coagulation factor IXa / Defective gamma-carboxylation of F9 / vitamin binding / vitamin K metabolic process / negative regulation of neurotransmitter secretion ...peptidyl-glutamate 4-carboxylase / gamma-glutamyl carboxylase activity / negative regulation of testosterone biosynthetic process / negative regulation of bone development / Defective F9 secretion / coagulation factor IXa / Defective gamma-carboxylation of F9 / vitamin binding / vitamin K metabolic process / negative regulation of neurotransmitter secretion / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Protein hydroxylation / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / protein maturation / protein modification process / Golgi lumen / blood coagulation / : / endopeptidase activity / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vitamin K-dependent gamma-carboxylase / HTTM / : / : / HTTM domain / Vitamin K-dependent gamma-carboxylase, lumenal domain / Horizontally Transferred TransMembrane Domain / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily ...Vitamin K-dependent gamma-carboxylase / HTTM / : / : / HTTM domain / Vitamin K-dependent gamma-carboxylase, lumenal domain / Horizontally Transferred TransMembrane Domain / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / RmlC-like cupin domain superfamily / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / RmlC-like jelly roll fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Coagulation factor IX / Vitamin K-dependent gamma-carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Yao D / Wu K / Lan P
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: cryo-EM structure of Vitamin K-dependent gamma-carboxylase complexed with factor IX(Gla)
著者: Yao D / Wu K / Lan P
履歴
登録2024年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_62769.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62769.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.944 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.944 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.944 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.8039147 - 2.8219962
平均 (標準偏差)-0.00046445132 (±0.059653655)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 210.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_62769_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62769_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Vitamin K-dependent gamma-carboxylase complexed with factor IX(Gla)

全体名称: Vitamin K-dependent gamma-carboxylase complexed with factor IX(Gla)
要素
  • 複合体: Vitamin K-dependent gamma-carboxylase complexed with factor IX(Gla)
    • タンパク質・ペプチド: Vitamin K-dependent gamma-carboxylase
    • タンパク質・ペプチド: Coagulation factor IX
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: vitamin K1 hydroquinone
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: CARBON DIOXIDE
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Vitamin K-dependent gamma-carboxylase complexed with factor IX(Gla)

超分子名称: Vitamin K-dependent gamma-carboxylase complexed with factor IX(Gla)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Vitamin K-dependent gamma-carboxylase

分子名称: Vitamin K-dependent gamma-carboxylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidyl-glutamate 4-carboxylase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.404992 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SRIGKLLGFE WTDLSSWRRL VTLLNRPTDP ASLAVFRFLF GFLMVLDIPQ ERGLSSLDRK YLDGLDVCRF PLLDALRPLP LDWMYLVYT IMFLGALGMM LGLCYRISCV LFLLPYWYVF LLDKTSWNNH SYLYGLLAFQ LTFMDANHYW SVDGLLNAHR R NAHVPLWN ...文字列:
SRIGKLLGFE WTDLSSWRRL VTLLNRPTDP ASLAVFRFLF GFLMVLDIPQ ERGLSSLDRK YLDGLDVCRF PLLDALRPLP LDWMYLVYT IMFLGALGMM LGLCYRISCV LFLLPYWYVF LLDKTSWNNH SYLYGLLAFQ LTFMDANHYW SVDGLLNAHR R NAHVPLWN YAVLRGQIFI VYFIAGVKKL DADWVEGYSM EYLSRHWLFS PFKLLLSEEL TSLLVVHWGG LLLDLSAGFL LF FDVSRSI GLFFVSYFHC MNSQLFSIGM FSYVMLASSP LFCSPEWPRK LVSYCPRRLQ QLLPLKAAPQ PSVSCVYKRS RGK SGQKPG LRHQLGAAFT LLYLLEQLFL PYSHFLTQGY NNWTNGLYGY SWDMMVHSRS HQHVKITYRD GRTGELGYLN PGVF TQSRR WKDHADMLKQ YATCLSRLLP KYNVTEPQIY FDIWVSINDR FQQRIFDPRV DIVQAAWSPF QRTSWVQPLL MDLSP WRAK LQEIKSSLDN HTEVVFIADF PGLHLENFVS EDLGNTSIQL LQGEVTVELV AEQKNQTLRE GEKMQLPAGE YHKVYT TSP SPSCYMYVYV NTTELALEQD LAYLQELKEK VENGSETGPL PPELQPLLEG EVKGGPEPTP LVQTFLRRQQ RLQEIER RR NTPFHERFFR FLLRKLYVFR RSFLMTCISL RNLILGRPSL EQLAQEVTYA NLRPFE

UniProtKB: Vitamin K-dependent gamma-carboxylase

+
分子 #2: Coagulation factor IX

分子名称: Coagulation factor IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: coagulation factor IXa
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.382779 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
TVFLDHENAN KILNRPKRYN SGKL(CGU)EFV

UniProtKB: Coagulation factor IX

+
分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
分子 #5: vitamin K1 hydroquinone

分子名称: vitamin K1 hydroquinone / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: A1AVC
分子量理論値: 452.712 Da

+
分子 #6: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

+
分子 #7: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

+
分子 #8: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

+
分子 #9: CARBON DIOXIDE

分子名称: CARBON DIOXIDE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: CO2
分子量理論値: 44.01 Da
Chemical component information

ChemComp-CO2:
CARBON DIOXIDE

+
分子 #10: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION

+
分子 #11: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 43 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1267104
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る