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- EMDB-6256: A native-like SOSIP.664 trimer based on a HIV-1 subtype B env gene -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6256
タイトルA native-like SOSIP.664 trimer based on a HIV-1 subtype B env gene
マップデータB41 SOSIP with VRC01
試料
  • 試料: B41 SOSIP liganded with VRC01
  • タンパク質・ペプチド: B41 SOSIP.664 gp140
  • タンパク質・ペプチド: antibody VRC01 Fab
生物種Simian-Human immunodeficiency virus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Pugach P / Ozorowski G
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2015
タイトル: A native-like SOSIP.664 trimer based on an HIV-1 subtype B env gene.
著者: Pavel Pugach / Gabriel Ozorowski / Albert Cupo / Rajesh Ringe / Anila Yasmeen / Natalia de Val / Ronald Derking / Helen J Kim / Jacob Korzun / Michael Golabek / Kevin de Los Reyes / Thomas J ...著者: Pavel Pugach / Gabriel Ozorowski / Albert Cupo / Rajesh Ringe / Anila Yasmeen / Natalia de Val / Ronald Derking / Helen J Kim / Jacob Korzun / Michael Golabek / Kevin de Los Reyes / Thomas J Ketas / Jean-Philippe Julien / Dennis R Burton / Ian A Wilson / Rogier W Sanders / P J Klasse / Andrew B Ward / John P Moore /
要旨: Recombinant trimeric mimics of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) envelope glycoprotein (Env) spike should expose as many epitopes as possible for broadly neutralizing antibodies (bNAbs) ...Recombinant trimeric mimics of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) envelope glycoprotein (Env) spike should expose as many epitopes as possible for broadly neutralizing antibodies (bNAbs) but few, if any, for nonneutralizing antibodies (non-NAbs). Soluble, cleaved SOSIP.664 gp140 trimers based on the subtype A strain BG505 approach this ideal and are therefore plausible vaccine candidates. Here, we report on the production and in vitro properties of a new SOSIP.664 trimer derived from a subtype B env gene, B41, including how to make this protein in low-serum media without proteolytic damage (clipping) to the V3 region. We also show that nonclipped trimers can be purified successfully via a positive-selection affinity column using the bNAb PGT145, which recognizes a quaternary structure-dependent epitope at the trimer apex. Negative-stain electron microscopy imaging shows that the purified, nonclipped, native-like B41 SOSIP.664 trimers contain two subpopulations, which we propose represent an equilibrium between the fully closed and a more open conformation. The latter is different from the fully open, CD4 receptor-bound conformation and may represent an intermediate state of the trimer. This new subtype B trimer adds to the repertoire of native-like Env proteins that are suitable for immunogenicity and structural studies.
IMPORTANCE: The cleaved, trimeric envelope protein complex is the only neutralizing antibody target on the HIV-1 surface. Many vaccine strategies are based on inducing neutralizing antibodies. For ...IMPORTANCE: The cleaved, trimeric envelope protein complex is the only neutralizing antibody target on the HIV-1 surface. Many vaccine strategies are based on inducing neutralizing antibodies. For HIV-1, one approach involves using recombinant, soluble protein mimics of the native trimer. At present, the only reliable way to make native-like, soluble trimers in practical amounts is via the introduction of specific sequence changes that confer stability on the cleaved form of Env. The resulting proteins are known as SOSIP.664 gp140 trimers, and the current paradigm is based on the BG505 subtype A env gene. Here, we describe the production and characterization of a SOSIP.664 protein derived from a subtype B gene (B41), together with a simple, one-step method to purify native-like trimers by affinity chromatography with a trimer-specific bNAb, PGT145. The resulting trimers will be useful for structural and immunogenicity experiments aimed at devising ways to make an effective HIV-1 vaccine.
履歴
登録2015年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年2月4日-
マップ公開2015年2月4日-
更新2015年5月27日-
現状2015年5月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.47
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.47
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6256.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6256.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B41 SOSIP with VRC01
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.47 / ムービー #1: 3.47
最小 - 最大-2.01872325 - 11.828563689999999
平均 (標準偏差)-0.00000001 (±0.93446207)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-39-39-39
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-72-72-72
NX/NY/NZ145145145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-39-39-39
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-2.01911.829-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : B41 SOSIP liganded with VRC01

全体名称: B41 SOSIP liganded with VRC01
要素
  • 試料: B41 SOSIP liganded with VRC01
  • タンパク質・ペプチド: B41 SOSIP.664 gp140
  • タンパク質・ペプチド: antibody VRC01 Fab

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超分子 #1000: B41 SOSIP liganded with VRC01

超分子名称: B41 SOSIP liganded with VRC01 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: one B41 trimer bound to three Fabs / Number unique components: 2
分子量実験値: 570 KDa / 理論値: 570 KDa / 手法: Size Exclusion Chromatography (SEC)

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分子 #1: B41 SOSIP.664 gp140

分子名称: B41 SOSIP.664 gp140 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Simian-Human immunodeficiency virus (ウイルス)
別称: HIV
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T / 組換プラスミド: pPPI4

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分子 #2: antibody VRC01 Fab

分子名称: antibody VRC01 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% w/v uranyl formate for 60 seconds
グリッド詳細: carbon-coated 400 Cu mesh grid, glow-discharged at 20 mA for 30 seconds
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
日付2014年7月7日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 167 / 平均電子線量: 23.12 e/Å2
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 46000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 50
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Sparx, EMAN2 / 使用した粒子像数: 32943

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j5m

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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