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万見
- EMDB-62525: The RBD of HKU5 complex with Pitta sordida ACE2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62525
タイトルThe RBD of HKU5 complex with Pitta sordida ACE2
マップデータ
試料
  • 複合体: The RBD of HKU5 complex with Pitta sordida ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHKU5 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bat coronavirus HKU5 (ウイルス) / Pitta sordida (ズグロヤイロチョウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Zhang YY / Xia LY / Zhou Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82241081 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular Insights into Species-Specific ACE2 Recognition of Coronavirus HKU5
著者: Zhang YY / Xia LY / Zhou Q
履歴
登録2024年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月5日-
マップ公開2025年11月5日-
更新2025年11月5日-
現状2025年11月5日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62525.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62525.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 192 pix.
= 208.704 Å		1.09 Å/pix.
x 192 pix.
= 208.704 Å		1.09 Å/pix.
x 192 pix.
= 208.704 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-3.4569461 - 5.4466157
平均 (標準偏差)0.0016610697 (±0.14887255)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 208.70401 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62525_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62525_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The RBD of HKU5 complex with Pitta sordida ACE2

全体名称: The RBD of HKU5 complex with Pitta sordida ACE2
要素
  • 複合体: The RBD of HKU5 complex with Pitta sordida ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: The RBD of HKU5 complex with Pitta sordida ACE2

超分子名称: The RBD of HKU5 complex with Pitta sordida ACE2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Bat coronavirus HKU5 (ウイルス)

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分子 #1: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
分子量理論値: 22.022654 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TQECDFTPML TGTPPPIYNF KRLVFTNCNY NLTKLLSLFQ VSEFSCHQVS PSSLATGCYS SLTVDYFAYS TDMSSYLQPG SAGAIVQFN YKQDFSNPTC RVLATVPQNL TTITKPSNYA YLTECYKTSA YGKNYLYNAP GAYTPCLSLA SRGFSTKYQS H SDGELTTT ...文字列:
TQECDFTPML TGTPPPIYNF KRLVFTNCNY NLTKLLSLFQ VSEFSCHQVS PSSLATGCYS SLTVDYFAYS TDMSSYLQPG SAGAIVQFN YKQDFSNPTC RVLATVPQNL TTITKPSNYA YLTECYKTSA YGKNYLYNAP GAYTPCLSLA SRGFSTKYQS H SDGELTTT GYIYPVTGNL QMAFIISVQY GTDTNSVCPM Q

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: Angiotensin-converting enzyme

分子名称: Angiotensin-converting enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Pitta sordida (ズグロヤイロチョウ)
分子量理論値: 88.810578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLVHLWLLCG LSAVVTPQDI GQQAQEFLEE FNRRAEDISY ESSLASWNYN TNITEENAKK MNEAGARWSA FYDTASRNAS KFPVDSIED DLIKLQIQIL QDRGSSVLTP EKYNRLGTVL STMSTIYSTG TVCKINNPSE CLVLEPGLDA IMADSTDYHE R LWAWEGWR ...文字列:
MLVHLWLLCG LSAVVTPQDI GQQAQEFLEE FNRRAEDISY ESSLASWNYN TNITEENAKK MNEAGARWSA FYDTASRNAS KFPVDSIED DLIKLQIQIL QDRGSSVLTP EKYNRLGTVL STMSTIYSTG TVCKINNPSE CLVLEPGLDA IMADSTDYHE R LWAWEGWR ADVGRMMRPL YEEYVELENE VAKLNGYSDY GDYWRANYEA DFPKGYEYKR DQLIEDVEKT FKQIKPLYEQ LH AYVRHQL EQVYGPELIS STGCLPAHLL GDMWGRFWTN LYALTVPYPN KPNIDVTSAM VEKEWDANKI FRSAEAFFIS IGL DNMTEG FWRDSMLTEP TDNRKVVCHP TAWDLGKNDY RIKMCTKVTM DDFLTAHHEM GHIEYDMAYS GQPYLLRSGA NEGF HEAVG EIMSLSAATP QHLKSLDLLE PTFQEDEETE INFLLKQALT IVGTMPFTYM LEKWRWMVFS GEITKQEWTK RWWDM KREI VGVVEPVPHD ETYCDPAALF HVANDYSFIR YYTRTIYQFQ FQEALCKAAN HTGPLHKCDI TNSTAAGDRL RKLLEL GRS KPWTEALENV TGEKYMNAEP LLHYFEPLFE WLKKANSGRF IGWKTDWAPY SSDAIKVRIS LKSALGDQAY EWDESEL FL FKSSIAYAMR KYFLDQKKQE IDFQITDIHV GGETKRISFY LTVSMPGNIS DIVPKAVVES AIRMSRGRIN EAFRLDDN T LEFVGIRPTL APPYEPPVTI WLIVFGVVMG LVVVGVIALV ITGQRDRKK

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.6.0) / 使用した粒子像数: 412452
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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