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万見
- EMDB-62479: Cryo-EM structure of PsCas9-sgRNA-dsDNA ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62479
タイトルCryo-EM structure of PsCas9-sgRNA-dsDNA ternary complex
マップデータ
試料
  • 複合体: type II CRISPR RNA-guided endonuclease Cas9
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas9
    • RNA: RNA (131-MER)
    • DNA: DNA (25-mer)
    • DNA: DNA (25-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCRISPR-Cas9 / RNA / DNA / complex / RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
生物種Parasutterella secunda (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shen PP / Lu XY / Huang J-W / Chen C-C / Guo R-T
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Structural and Mechanistic Investigations of a High-Fidelity Cas9 from Parasutterella secunda
著者: Shen P / Lu X / Wang C / Huang JW / Min J / Luo J / Sun Y / Chen CC / Guo RT
履歴
登録2024年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62479.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62479.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 334.8 Å		0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 334.8 Å		0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 334.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.3436074 - 2.0650923
平均 (標準偏差)0.00042391688 (±0.034017466)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 334.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62479_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62479_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : type II CRISPR RNA-guided endonuclease Cas9

全体名称: type II CRISPR RNA-guided endonuclease Cas9
要素
  • 複合体: type II CRISPR RNA-guided endonuclease Cas9
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas9
    • RNA: RNA (131-MER)
    • DNA: DNA (25-mer)
    • DNA: DNA (25-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: type II CRISPR RNA-guided endonuclease Cas9

超分子名称: type II CRISPR RNA-guided endonuclease Cas9 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Parasutterella secunda (バクテリア)
分子量理論値: 160 KDa

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分子 #1: CRISPR-associated endonuclease Cas9

分子名称: CRISPR-associated endonuclease Cas9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Parasutterella secunda (バクテリア)
分子量理論値: 165.168891 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHVAGA GAGENLYFQG MTVKSTLAVD MGGRYTGIFS YTTDSGFPKA KEARAYVLNM PDNDALTYSM AARTQTRHRI RSQQRFVLA RRLTYILIEG KLKRKLSPRE KEAISSLLRR RGYSRLESEL DLSVLQGVES GFFKCFLPNF DEDENLLTQW T SLTDGYLQ ...文字列:
HHHHHHVAGA GAGENLYFQG MTVKSTLAVD MGGRYTGIFS YTTDSGFPKA KEARAYVLNM PDNDALTYSM AARTQTRHRI RSQQRFVLA RRLTYILIEG KLKRKLSPRE KEAISSLLRR RGYSRLESEL DLSVLQGVES GFFKCFLPNF DEDENLLTQW T SLTDGYLQ NNSDSRRQIQ IFLESSKDSK EFLTVVKSQH QDTKEYKNAL KVMRDDAESM IEQSMFGHKH RRLYLEAIAQ DI PRDSRLK PIIEAFSGVE KFHHFIGNLS NLQLRALRWY FNDPSMKNNV FDKERLKSVL VRAYQFFHYP KDLTQQRAEV LNA YEGATD ILETLQTLNP ELTIPPYEDQ NNRRPPLDQT LWLSPRLLDQ RYGDTWEIWV QNLLRSPLSK GIDENLDTIL ITTD RKARL LERQSGRLIH YTSQKLYHSY VLQRLLDRTV ENDAYLLKTL VSSNRGNSNE IHQAQERLTR DLGSQHIKKF LDFVR QYYD EVDKAKRGLW FIVEKPLMER ADIHPPMKND SVILRLVGNI LCVSDLVDLS FWTRKVKGQS TVRSLCTAIE KTRKEY GNS FNYLYQRALY LQSKGKKLSA EDKDFIKLQS NVLLVSDVIA EALDIKEEQK KKFANPFSLA QLYNIIETEK SGFISTT LA AVDENAWRNN LQGKARCVQL CADTVRPFDG ALRNILDRQA YEIAKLKAEE LLSTELKNQT IDLVVLLESN QFAFSASL A EVKKSANTAA IRQKVAKAQK RQQDRWLSKD ERIKSASRGL CPYTGKNLGD KGEVDHIIPR SLSMNYMGSI LNSEANLIY CSQEGAQLKL NGRKKLSDLA DNYLKVVFGT ADRGTICKYI EKSVSELTDA KIVQFELLDR SQQDAVRHAL FLEDFSEARR RIIRLLGKI NTARVNGTQA WFAKSFITKL RELTKEWCAN NQITLAFDLY RLDAQTVSQD YRKKFALINK DWAKPDDKKQ P IASHAIDA FCVFAAAKDK RNIANVLGVF DEVAEEQNLK TIAQLMPSEV NLISPKRKSI LDKNEVGSRA LMKEGIFAEH FL PILVRGD DCRIGFDWSE SGSVKVKDAD KLFGVLDGLL KQSQKRSVNG FETYTVDRIK AFELLHDVFI RPCSQKMLEQ AEV LEKLHY ITQNISVTSV YDAVNRQFKC REEILKDKDF DIKVDLGNRF GSAKGKITLP AKREWEKLVN RSELKNLIKD KLSD KGSEK TPDGETLIYD IFRSIPVQKL SHKATRRVWS LPKIPSISSG VRIKRKDSNG NDIYQLYMLN DTKCKGFVVN EKGVI DWSS DLVADLYKQP TLTILNGRYL KADQYVRMDQ WYEVDCGRDD VIVKMCPGTS GRRYIEITQS KKQFEDWTGY ISGSFW NYP VTIKLSSQQI ANFVKNSQMP LLGKPRSGQI TVITLGNTLK YWYCVESKNS MMNEAYQKAY LVHFNQKRPA AT

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分子 #2: RNA (131-MER)

分子名称: RNA (131-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Parasutterella secunda (バクテリア)
分子量理論値: 42.108891 KDa
配列文字列:
GUGGGGCCAC UAGGGACAGG AUGUUUCAGU UAUUCGUGAA AACGAAUGAA GUCACUCUUA AAGUGAGCUG AAAUCACUAA AAAUUAAGA UUGAACCCGG CUACUGACUC UGUCAUCCGG GUUUACUUAU UU

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分子 #3: DNA (25-mer)

分子名称: DNA (25-mer) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Parasutterella secunda (バクテリア)
分子量理論値: 7.845045 KDa
配列文字列:
(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC) (DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)

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分子 #4: DNA (25-MER)

分子名称: DNA (25-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Parasutterella secunda (バクテリア)
分子量理論値: 7.515838 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC) (DC)(DC)(DC)(DA)(DC)

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 349205
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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