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- EMDB-62441: CryoEM structure of osPHT1-11 at pH 8.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62441
タイトルCryoEM structure of osPHT1-11 at pH 8.0
マップデータ
試料
  • 複合体: osPHT1-11
    • タンパク質・ペプチド: Inorganic phosphate transporter 1-11
キーワードphosphorus / rice / uptake / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate transmembrane transporter activity / phosphate ion transport / symporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphate permease / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Inorganic phosphate transporter 1-11
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Du ZM / Guan ZY / Liu Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure and dynamic basis of phosphate uptake by PHT1 in rice.
著者: Zhangmeng Du / Zeyuan Guan / Hai Liu / Jie Zhang / Haitao He / Zhiwen Zheng / Wenhui Zhang / Lihuan Jiang / Jiaqi Zuo / Yan Liu / Beijing Wan / Haifu Tu / Faming Dong / Xuelei Lai / Lizhong ...著者: Zhangmeng Du / Zeyuan Guan / Hai Liu / Jie Zhang / Haitao He / Zhiwen Zheng / Wenhui Zhang / Lihuan Jiang / Jiaqi Zuo / Yan Liu / Beijing Wan / Haifu Tu / Faming Dong / Xuelei Lai / Lizhong Xiong / Ping Yin / Shaowu Xue / Yanke Chen / Zhu Liu /
要旨: Phosphorus is an essential macronutrient for plants, primarily absorbed from the soil as inorganic phosphate (Pi) through root-located Pi transporters. Despite decades of research into these ...Phosphorus is an essential macronutrient for plants, primarily absorbed from the soil as inorganic phosphate (Pi) through root-located Pi transporters. Despite decades of research into these transporters as targets for developing Pi-efficient crops, their mechanisms for Pi import remain poorly understood. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the rice Pi importer OsPHT1;11 in both Pi-bound and unbound forms, characterize its conformational dynamics, and demonstrate how these dynamics contribute to its transport function. Pi is recognized through conserved residues found in plants, with its translocation facilitated by a typical alternating-access mechanism. Single-molecule fluorescence resonance energy transfer (smFRET) analyses show that this transporter undergoes dynamic conformational fluctuations, which are differentially linked to its Pi transport capability, with a predominance of extracellular open conformations favoring Pi transport, while more populated intracellular open conformations hinder it. These findings highlight key conformational determinants of transport activity and provide mechanistic insights into Pi uptake in plants.
履歴
登録2024年11月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62441.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62441.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 302.4 Å		1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 302.4 Å		1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 302.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.6758146 - 2.4509327
平均 (標準偏差)0.001100755 (±0.052287925)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 302.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62441_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62441_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : osPHT1-11

全体名称: osPHT1-11
要素
  • 複合体: osPHT1-11
    • タンパク質・ペプチド: Inorganic phosphate transporter 1-11

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超分子 #1: osPHT1-11

超分子名称: osPHT1-11 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Oryza sativa subsp. japonica (イネ)

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分子 #1: Inorganic phosphate transporter 1-11

分子名称: Inorganic phosphate transporter 1-11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
分子量理論値: 63.575168 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKG DYKDDDDKID YKDDDDKGSM ADADGGSNLA VLDALDSART QMYHMKAIVI AGMGFFTDAY DLFCISTVSK LLGRLYYQP DGSTDSKPGA LSKTANNMVI GVALVGTLMG QLVFGYFGDK LGRKRVYGVT LILMAACAIG SGLSFGSSRK A VIGTLCFF ...文字列:
MDYKDDDDKG DYKDDDDKID YKDDDDKGSM ADADGGSNLA VLDALDSART QMYHMKAIVI AGMGFFTDAY DLFCISTVSK LLGRLYYQP DGSTDSKPGA LSKTANNMVI GVALVGTLMG QLVFGYFGDK LGRKRVYGVT LILMAACAIG SGLSFGSSRK A VIGTLCFF RFWLGFGIGG DYPLSATIMS EYSNKKTRGA FIAAVFAMQG VGIIFAGLVS MIVSSIFLTY NKAPSYKGNH DL SRQMPAA DYVWRIVLMI GAFPALATFY WRMKMPETAR YTAIIDGNAK QAANDMQKVL SIEIEAEQEK LAKFNAANNY PLL SMEFAR RHGLHLIGTT TTWFLLDIAF YSQNLTQKDI FPAMGLISGA AEVNALTEMF QISKASFLVA LLGTFPGYWV TVAL IDKMG RYMIQLIGFF MMSMFMLAMG ILYDYLKTHH FLFGLLYALT FFFANFGPNS TTFVLPAELF PTRVRSTCHA ISAAA GKAG AIVAAFGIQK LTYNSQVKSI KKALIILSIT NMLGFFFTFL VPETMGRSLE EISGEDGNTG AGGGGAPAAA NAGVGV SAS DVSRDEKFPA SSTEWQTSMH A

UniProtKB: Inorganic phosphate transporter 1-11

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 346493
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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