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- EMDB-62433: The Composite Cryo-EM Structure of the Portal Vertex of Bacteriop... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62433
タイトルThe Composite Cryo-EM Structure of the Portal Vertex of Bacteriophage FCWL1
マップデータ
試料
  • ウイルス: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Decoration protein
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Terminator protein
    • タンパク質・ペプチド: Adaptor protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube protein
    • タンパク質・ペプチド: Connector protein
    • タンパク質・ペプチド: Decoration protein gp29
キーワードT1-like phage / capsid / icosahedrally averaged / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Phage tail tube protein 3 / Protein of unknown function DUF2184 / Phage tail tube protein, TTP / Major capsid protein / Protein of unknown function DUF4128 / Phage tail terminator protein / Protein of unknown function DUF4054 / : / Protein of unknown function (DUF4054) / Structural cement protein (E217 gp24/Pam3 gp6) ...Phage tail tube protein 3 / Protein of unknown function DUF2184 / Phage tail tube protein, TTP / Major capsid protein / Protein of unknown function DUF4128 / Phage tail terminator protein / Protein of unknown function DUF4054 / : / Protein of unknown function (DUF4054) / Structural cement protein (E217 gp24/Pam3 gp6) / Protein of unknown function DUF1073 / Phage portal protein / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein / BIG2 domain-containing protein / Portal protein / Terminator protein / Decoration protein / Adaptor protein / Tail tube protein / Connector protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Cai C / Wang Y / Liu Y / Shao Q / Wang A / Fang Q
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Other governmentD2301008
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371285 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of a T1-like siphophage reveal capsid stabilization mechanisms and high structural similarities with a myophage
著者: Cai C / Wang Y / Liu Y / Shao Q / Wang A / Li L / Zheng Y / Zhang T / Luo Z / Yang C / Fang Q
履歴
登録2024年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62433.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62433.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.61 Å/pix.
x 320 pix.
= 515.52 Å		1.61 Å/pix.
x 320 pix.
= 515.52 Å		1.61 Å/pix.
x 320 pix.
= 515.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.611 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.36
最小 - 最大-10.394235 - 17.657067999999999
平均 (標準偏差)0.0074350196 (±1.0761553)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 515.51996 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia phage FCWL1

全体名称: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Decoration protein
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Terminator protein
    • タンパク質・ペプチド: Adaptor protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tube protein
    • タンパク質・ペプチド: Connector protein
    • タンパク質・ペプチド: Decoration protein gp29

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超分子 #1: Escherichia phage FCWL1

超分子名称: Escherichia phage FCWL1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 3136680 / 生物種: Escherichia phage FCWL1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 30 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
分子量理論値: 35.301375 KDa
配列文字列: MTTKKFDEAD KSNVEMYLIQ AGVKQDAAAT MGIWTAQELH RIKSQSYEED YPVGSALRVF PVTTELSPTD KTFEYMTFDK VGTAQIIAD YTDDLPLVDA LGTSEFGKVF RLGNAYLISI DEIKAGQATG RPLSTRKASA CQLAHDQLVN RLVFKGSAPH K IVSVFNHP ...文字列:
MTTKKFDEAD KSNVEMYLIQ AGVKQDAAAT MGIWTAQELH RIKSQSYEED YPVGSALRVF PVTTELSPTD KTFEYMTFDK VGTAQIIAD YTDDLPLVDA LGTSEFGKVF RLGNAYLISI DEIKAGQATG RPLSTRKASA CQLAHDQLVN RLVFKGSAPH K IVSVFNHP NITKITSGKW IDASTMKPET AEAELTQAIE TIETITRGQH RATNILIPPS MRKVLAIRMP ETTMSYLDYF KS QNSGIEI DSIAELEDID GAGTKGVLVY EKNPMNMSIE IPEAFNMLPA QPKDLHFKVP CTSKCTGLTI YRPMTIVLIT GV

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #2: Decoration protein

分子名称: Decoration protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 30 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
分子量理論値: 17.022135 KDa
配列文字列:
MAQINASYQR DMAIALPGMV ADTSKYNIDG ACVVNEGDVL VGAAVQVVQA QAVDGHKLVK ALTTGTTPYG VAIRSHWQTV NAQNQMIYE DGGAINVMTS GRVWMLSKST EAPTFGSAVK LDVDGQEKSD GTIETTWTYA GGWTKYKDIQ LVEVQLHQL

UniProtKB: Decoration protein

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分子 #3: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
分子量理論値: 49.969102 KDa
配列文字列: MRYNQGCQLT AFFIGGNMKI VKHDGYNDIF NGGADGSPKP FFMSDASYHV GSFYNDNATA KRIVDVIPEE MVTAGFKISG VKDEKEFKS LWDSYKIDPS LVDALCWARL YGGAAIVAII NDNRMLTSPV KPGAKLEGVR VYDRFAITIE KRVTNARSPR Y GEPEIYKV ...文字列:
MRYNQGCQLT AFFIGGNMKI VKHDGYNDIF NGGADGSPKP FFMSDASYHV GSFYNDNATA KRIVDVIPEE MVTAGFKISG VKDEKEFKS LWDSYKIDPS LVDALCWARL YGGAAIVAII NDNRMLTSPV KPGAKLEGVR VYDRFAITIE KRVTNARSPR Y GEPEIYKV SPGDNIQPYL IHHTRIFIAD GERVTPQMRK QNQGWGASVL NKSLIDAICD YDYCESLATQ ILRRKQQAVW KV KGLAEMC DDDDAQYAAR LRLAQVDDNS GVGRAIGIDA ETEEYDVLNS DISGVPEFLS SKMDRIVSLS GIHEIIIKNK NVG GVSASQ NTALETFYKL VDRKREEDYR PLLEFLLPFI VDEQEWSIEF EPLSVPSKKE ESEITKNNVE SVTKAITEQI IDLE EARDT LRSIAPEFKL KDGNNINIRE PEEPTEPEPG LGEKLEDEN

UniProtKB: Portal protein

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分子 #4: Terminator protein

分子名称: Terminator protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
分子量理論値: 15.191521 KDa
配列文字列:
MHYELSAAAR AAFLSKYRDF PHYMENRNFT PPKDGGMWLR FNYIEGDTLY LSIDRKCKSY IAIVQIGVVF PPGSGVDEAR LKAKEIADF FKDGKMLNVG YIFEGAIVHQ IVKHESGWMI PVRFTVRVDT KET

UniProtKB: Terminator protein

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分子 #5: Adaptor protein

分子名称: Adaptor protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
分子量理論値: 15.827354 KDa
配列文字列:
MGVIMNQETL IAAVEQMRKL VPALRKVPDE TLYAWVEMAE LFVCQKTFKD AYVKAIALYA LHLAFLDGAL KGEDEDLESY SRRVTSFSL SGEFSQTFGE VTKNQSGNMM LSTPWGKMFE QLKARRRGRF ALMTGLRGGC H

UniProtKB: Adaptor protein

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分子 #6: Tail tube protein

分子名称: Tail tube protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
分子量理論値: 24.21718 KDa
配列文字列: MHLPNGAQIF VETSRGEEIE ATAVTNEKNP VATVASKGDL AKGDYVIVTQ STWAKMVSRV LIVTDAQETS ITLAGIDTSD TLVFPAGGT MSFAKITGWT EIPCVQEIGQ DGGEQQYYTY QCLSDDKEQQ IPTFKSAISL TYTFAHEFDN PIYQILRKLD S SGQVTAVR ...文字列:
MHLPNGAQIF VETSRGEEIE ATAVTNEKNP VATVASKGDL AKGDYVIVTQ STWAKMVSRV LIVTDAQETS ITLAGIDTSD TLVFPAGGT MSFAKITGWT EIPCVQEIGQ DGGEQQYYTY QCLSDDKEQQ IPTFKSAISL TYTFAHEFDN PIYQILRKLD S SGQVTAVR MYVPKASEMR MWAGILSFND IPSTQVNEME TVELAVSLKG DFTFISSTLA SPGA

UniProtKB: Tail tube protein

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分子 #7: Connector protein

分子名称: Connector protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
分子量理論値: 13.831523 KDa
配列文字列:
MNYSQIERMA RKGVAFFTDP SRPMNLIKQG EYGYDENGFE IPPMEQVIPI SGATRRPNAR EIDGETIRAS DILGIFNNDH EINEGDYIE IDGIRHVVVD ARPVQASLEP VAYRPVLRRV SVGG

UniProtKB: Connector protein

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分子 #8: Decoration protein gp29

分子名称: Decoration protein gp29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
分子量理論値: 26.355309 KDa
配列文字列: MAYENLFLRP ACPGNISDTS TYNIDGACVA QGDIGFGSAV QVVGIVDGVK VVAALPDGGT PYGIAFRSQY EHLSGKILDG EVCNVVSHG RVWTLTSLGE APSLFSKLQF GSGGVVTGGS GSAGWTFAGG FVKHEDGYII EVQVKQNAFI APPPPPPVVL V ESATIATD ...文字列:
MAYENLFLRP ACPGNISDTS TYNIDGACVA QGDIGFGSAV QVVGIVDGVK VVAALPDGGT PYGIAFRSQY EHLSGKILDG EVCNVVSHG RVWTLTSLGE APSLFSKLQF GSGGVVTGGS GSAGWTFAGG FVKHEDGYII EVQVKQNAFI APPPPPPVVL V ESATIATD KESPQPNNVT IQCVANALPD NATDKTGKWS IDATNIATVD PDSGLVTPVG GEVVGDFNIT WTANDASKTT AT IAYRVEA VPTPEVDA

UniProtKB: BIG2 domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 25.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 84600
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 74400
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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