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- EMDB-62415: Rice D3-ASK1 complex in presence of ShHTL7 with GR24 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62415
タイトルRice D3-ASK1 complex in presence of ShHTL7 with GR24
マップデータSharpened map of the ASK1-OsD3 complex
試料
  • 複合体: Strigolactone signalling complex of AtASK1-OsD3 in the presence of ShHTL7 and GR24
    • 複合体: AtASK1
      • タンパク質・ペプチド: A. thaliana ASK1
    • 複合体: OsD3
      • タンパク質・ペプチド: O. sativa MAX2
キーワードStrigolactone / SCF / Ubiquitination / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / shoot system morphogenesis / regulation of meristem structural organization / negative regulation of seed germination / positive regulation of response to water deprivation / phragmoplast / jasmonic acid mediated signaling pathway / ethylene-activated signaling pathway / auxin polar transport ...bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / shoot system morphogenesis / regulation of meristem structural organization / negative regulation of seed germination / positive regulation of response to water deprivation / phragmoplast / jasmonic acid mediated signaling pathway / ethylene-activated signaling pathway / auxin polar transport / response to jasmonic acid / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / response to water deprivation / negative regulation of DNA recombination / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to light stimulus / chromosome segregation / microtubule cytoskeleton organization / spindle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / S-phase kinase-associated protein 1-like ...Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SKP1-like protein 1A / F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Oryza sativa (イネ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Vancea AI / Huntington B / Savva CG / Arold ST
資金援助 サウジアラビア, 1件
OrganizationGrant number国
Other privateURF/1/4039-01-01 & URF/1/4080-01-01 サウジアラビア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanism of cooperative strigolactone perception by the MAX2 ubiquitin ligase-receptor-substrate complex
著者: Vancea AI / Huntington B / Steinchen W / Savva CG / Hameed UFS / Arold ST
履歴
登録2024年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月17日-
マップ公開2025年9月17日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62415.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62415.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of the ASK1-OsD3 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 220 pix.
= 160.38 Å		0.73 Å/pix.
x 220 pix.
= 160.38 Å		0.73 Å/pix.
x 220 pix.
= 160.38 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.729 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0104
最小 - 最大-0.03646393 - 0.06282379
平均 (標準偏差)0.0002296473 (±0.0021614733)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 160.37999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62415_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map of the ASK1-OsD3 complex

ファイルemd_62415_additional_1.map
注釈Unsharpened map of the ASK1-OsD3 complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62415_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62415_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Strigolactone signalling complex of AtASK1-OsD3 in the presence o...

全体名称: Strigolactone signalling complex of AtASK1-OsD3 in the presence of ShHTL7 and GR24
要素
  • 複合体: Strigolactone signalling complex of AtASK1-OsD3 in the presence of ShHTL7 and GR24
    • 複合体: AtASK1
      • タンパク質・ペプチド: A. thaliana ASK1
    • 複合体: OsD3
      • タンパク質・ペプチド: O. sativa MAX2

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超分子 #1: Strigolactone signalling complex of AtASK1-OsD3 in the presence o...

超分子名称: Strigolactone signalling complex of AtASK1-OsD3 in the presence of ShHTL7 and GR24
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: AtASK1

超分子名称: AtASK1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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超分子 #3: OsD3

超分子名称: OsD3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Oryza sativa (イネ)

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分子 #1: A. thaliana ASK1

分子名称: A. thaliana ASK1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MSAKKIVLKS SDGESFEVEE AVALESQTIA HMVEDDCVDN GVPLPNVTSK ILAKVIEYCK RHVEAAASKA EAVEGAATSD DDLKAWDADF MKIDQATLFE LILAANYLNI KNLLDLTCQT VADMIKGKTP EEIRTTFNIK NDFTPEEEEE VRRENQWAFE

UniProtKB: SKP1-like protein 1A

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分子 #2: O. sativa MAX2

分子名称: O. sativa MAX2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryza sativa (イネ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MWSHPQFEKS DLEVLFQGPG SMAEEEEVEE GRSSSSAILD LPEPLLLHIL SFLTDVRSRH RAALACGRMR AAERATRSEL SLRGDPRSPG FLFLSHAFRF PALEHLDLSL VSPWGHPLLS SVPPCGGGGG GAPSASSSSG MNVYHPEAIS EQNAFIAARL AGCFPAVTSL ...文字列:
MWSHPQFEKS DLEVLFQGPG SMAEEEEVEE GRSSSSAILD LPEPLLLHIL SFLTDVRSRH RAALACGRMR AAERATRSEL SLRGDPRSPG FLFLSHAFRF PALEHLDLSL VSPWGHPLLS SVPPCGGGGG GAPSASSSSG MNVYHPEAIS EQNAFIAARL AGCFPAVTSL AVYCRDPTTL ANLTPHWQAS LRRVKLVRWH QRPPTLPDGA DLEPLLETCA ALRELDLSEF YCWTEDVVRA LTTHPSATAA LTHLDLGLAA ATDGFKSSEL GPIAASCPNL RKLVAPCLFN PRFSDCVGDD ALLSLATSCP RLTVLRLSEP FEAAANIQRE EAAITVAGLV AFFAALPALE DFTMDLQHNV LEAAPAMEAL ARRCPRIKFL TLGSFQGLCK ASWLHLDGVA VCGGLESLYM KNCQDLTDAS LAAIGRGCRR LAKFGIHGCD LVTSAGIRRL AFTLRPTLKE VTVLHCRLLH TAECLTALSP IRDRIESLEI NCVWNTTEQP CSVANGTTTE CDPEDDELGE VYESAAKKCR YMEFDDLGSW EMLRSLSLWF SAGQLLSPLI SAGLDSCPVL EEISIKVEGD CRTCPRPAPR TIFGLSDLAG FPVLAKMKLD LSEAVGYALT APTGQMDLSL WERFYLHGIE SLQTLYELDY WPPQDKDVHH RSLTLPAVGL IQRCVGLRKL FIHGTTHEHF MTFFLSIPNL RDMQLREDYY PAPENDLMFT EMRAESWLRF EVQLNSRQID DHHHHHH

UniProtKB: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.50 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
200.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMC9H15O6PTCEP
5.0 mMC6H5O7-3Citrate
0.005 %C58H114O26Tween-20
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 35 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 90.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 14113 / 平均露光時間: 4.5 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
詳細: 6,741 movies collected at 0 degree tilt from one grid. 7,372 movies collected at 30 degree tilt from another grid.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用した粒子像数: 227282
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5hzg


Chain - Source name: SwissModel / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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