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万見
- EMDB-6234: Negative stain single particle electron microscopy of Marburg Vir... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6234
タイトルNegative stain single particle electron microscopy of Marburg Virus Glycoproteins bound to antibodies from a human survivor
マップデータReconstruction of Marburg Virus GPdMuc bound to antibody MR201 from a human survivor
試料
  • 試料: Fab Fragment of MR201 human IgG1 monoclonal antibody to Marburg Virus GP
  • タンパク質・ペプチド: GP, mucin-deleted
  • タンパク質・ペプチド: Human Monoclonal Antibody IgG1
キーワードMarburg Virus / Antibodies / Neutralization / Glycoprotein
生物種Marburg marburgvirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Flyak A / Ilinykh PA / Murin CD / Garron T / Shen X / Fusco ML / Hashiguchi T / Bornholdt ZA / Slaughter C / Sapparapu G ...Flyak A / Ilinykh PA / Murin CD / Garron T / Shen X / Fusco ML / Hashiguchi T / Bornholdt ZA / Slaughter C / Sapparapu G / Ksiazek TG / Ward AB / Saphire EO / Bukreyev A / Crowe JE
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Mechanism of human antibody-mediated neutralization of Marburg virus.
著者: Andrew I Flyak / Philipp A Ilinykh / Charles D Murin / Tania Garron / Xiaoli Shen / Marnie L Fusco / Takao Hashiguchi / Zachary A Bornholdt / James C Slaughter / Gopal Sapparapu / Curtis ...著者: Andrew I Flyak / Philipp A Ilinykh / Charles D Murin / Tania Garron / Xiaoli Shen / Marnie L Fusco / Takao Hashiguchi / Zachary A Bornholdt / James C Slaughter / Gopal Sapparapu / Curtis Klages / Thomas G Ksiazek / Andrew B Ward / Erica Ollmann Saphire / Alexander Bukreyev / James E Crowe /
要旨: The mechanisms by which neutralizing antibodies inhibit Marburg virus (MARV) are not known. We isolated a panel of neutralizing antibodies from a human MARV survivor that bind to MARV glycoprotein ...The mechanisms by which neutralizing antibodies inhibit Marburg virus (MARV) are not known. We isolated a panel of neutralizing antibodies from a human MARV survivor that bind to MARV glycoprotein (GP) and compete for binding to a single major antigenic site. Remarkably, several of the antibodies also bind to Ebola virus (EBOV) GP. Single-particle EM structures of antibody-GP complexes reveal that all of the neutralizing antibodies bind to MARV GP at or near the predicted region of the receptor-binding site. The presence of the glycan cap or mucin-like domain blocks binding of neutralizing antibodies to EBOV GP, but not to MARV GP. The data suggest that MARV-neutralizing antibodies inhibit virus by binding to infectious virions at the exposed MARV receptor-binding site, revealing a mechanism of filovirus inhibition.
履歴
登録2015年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月18日-
マップ公開2015年7月22日-
更新2015年7月22日-
現状2015年7月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.87
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.87
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6234.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6234.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Marburg Virus GPdMuc bound to antibody MR201 from a human survivor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å		4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å		4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.87 / ムービー #1: 3.87
最小 - 最大-5.61409855 - 18.252414699999999
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999905)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-24-24-24
NX/NY/NZ494949
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-5.61418.252-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Fab Fragment of MR201 human IgG1 monoclonal antibody to Marburg V...

全体名称: Fab Fragment of MR201 human IgG1 monoclonal antibody to Marburg Virus GP
要素
  • 試料: Fab Fragment of MR201 human IgG1 monoclonal antibody to Marburg Virus GP
  • タンパク質・ペプチド: GP, mucin-deleted
  • タンパク質・ペプチド: Human Monoclonal Antibody IgG1

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超分子 #1000: Fab Fragment of MR201 human IgG1 monoclonal antibody to Marburg V...

超分子名称: Fab Fragment of MR201 human IgG1 monoclonal antibody to Marburg Virus GP
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: trimer / Number unique components: 2
分子量理論値: 310 KDa

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分子 #1: GP, mucin-deleted

分子名称: GP, mucin-deleted / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: glycoprotein
詳細: Recombinant Marburg Virus GP; mucin-like domains were not included in the construct.
コピー数: 1 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Marburg marburgvirus (ウイルス) / 別称: Marburg virus
分子量理論値: 160 MDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換細胞: Schneider S2 cells / 組換プラスミド: pMT-puro

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分子 #2: Human Monoclonal Antibody IgG1

分子名称: Human Monoclonal Antibody IgG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: IgG1, monoclonal mAb / 詳細: Human monoclonal antibody IgG1, MR201 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Blood / 細胞: Peripheral blood mononuclear cells
分子量理論値: 150 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with absorbed protein stained with 2% uranyl formate for 30 seconds
グリッド詳細: 400 mesh copper grid with carbon support, plasma cleaned 20 seconds (Ar/O2 mix, Gatan)
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
日付2013年11月12日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 実像数: 275
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected using DoG picker.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 12896

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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