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- EMDB-62225: The structure of B19V NS1_2-570/ssDNA/AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62225
タイトルThe structure of B19V NS1_2-570/ssDNA/AMPPNP
マップデータ
試料
  • 複合体: B19V NS1_2-570 with ssDNA and AMPPNP
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 1
    • DNA: DNA (67-MER)
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードHuman parvovirus B19 / NS1 / DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / endonuclease activity / DNA helicase / DNA replication / host cell nucleus / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rep protein catalytic-like / Rep protein catalytic domain like / : / Parvovirus (PV) NS1 nuclease (NS1-Nuc) domain profile. / Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Initiator protein NS1
類似検索 - 構成要素
生物種Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Gan J / Zhang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Structural and functional studies of the main replication protein NS1 of human parvovirus B19.
著者: Yixi Zhang / Boming Fan / Yanqing Gao / Jie Yang / Weizhen Zhang / Shichen Su / Linxi Li / Huili Li / Zhaorong Luo / Guangli Tang / Chenxi Wang / Xueting Zhang / Hehua Liu / Jianhua Gan /
要旨: Parvovirus B19 (B19V) is a ubiquitous virus that can infect the majority of human population and cause erythema infectiosum, acute arthropathy, and many other diseases. The main replication protein ...Parvovirus B19 (B19V) is a ubiquitous virus that can infect the majority of human population and cause erythema infectiosum, acute arthropathy, and many other diseases. The main replication protein NS1 plays a critical role in cell cycle arrest, transactivation of viral and host genes, and replication and package of B19V genome. Both DNA nicking and unwinding activities are required for the in vivo function of NS1, but the underlying basis is poorly understood. Here, we report extensive structural and biochemical studies of NS1, showing that NS1 can unwind various types of DNA substrates. The cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures reveal the detailed mechanisms for ATP binding and hydrolysis, and DNA binding and unwinding by NS1. In addition to the SF3 HD domain, the C-terminal region is also required for double-stranded DNA (dsDNA) nicking by NS1. Unexpectedly, instead of enhancing, the dsDNA nicking activity of NS1 is negatively regulated by its DNA unwinding ability, suggesting that they likely function in different stages. This study advances our understanding of the structure and function of NS1 and other parvoviral replication proteins, such as the Rep proteins of adeno-associated virus.
履歴
登録2024年10月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62225.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62225.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 360 pix.
= 345.24 Å		0.96 Å/pix.
x 360 pix.
= 345.24 Å		0.96 Å/pix.
x 360 pix.
= 345.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.959 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-1.0170019 - 2.3420925
平均 (標準偏差)-0.0011779551 (±0.06951616)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 345.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62225_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62225_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : B19V NS1_2-570 with ssDNA and AMPPNP

全体名称: B19V NS1_2-570 with ssDNA and AMPPNP
要素
  • 複合体: B19V NS1_2-570 with ssDNA and AMPPNP
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 1
    • DNA: DNA (67-MER)
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: B19V NS1_2-570 with ssDNA and AMPPNP

超分子名称: B19V NS1_2-570 with ssDNA and AMPPNP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
分子量理論値: 380 KDa

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分子 #1: Non-structural protein 1

分子名称: Non-structural protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
分子量理論値: 62.681031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ELFRGVLQVS SNVLDCANDN WWCSLLDLDT SDWEPLTHTN RLMAIYLSSV ASKLDFTGGP LAGCLYFFQV ECNKFEEGYH IHVVIGGPG LNPRNLTVCV EGLFNNVLYH LVTGNVKLKF LPGMTTKGKY FRDGEQFIEN YLMKKIPLNV VWCVTNIDGY I DTCISATF ...文字列:
ELFRGVLQVS SNVLDCANDN WWCSLLDLDT SDWEPLTHTN RLMAIYLSSV ASKLDFTGGP LAGCLYFFQV ECNKFEEGYH IHVVIGGPG LNPRNLTVCV EGLFNNVLYH LVTGNVKLKF LPGMTTKGKY FRDGEQFIEN YLMKKIPLNV VWCVTNIDGY I DTCISATF RRGACHAKKP RMTTAINDTS SDAGEPSGTG AEVVPFNGKG TKASIKFQTM VNWLCENRVF TEDKWKLVDF NQ YTLLSSS HSGSFQIQSA LKLAIYKATN LVPTSTFLLH ADFEQVMCIK DNKIVKLLLC QNYDPLLVGQ HVLKWIDKKC GKK NTLWFY GPPSTGKTNL AMAIAKSVPV YGMVNWNNEN FPFNDVAGKS LVVWDEGIIK STIVEAAKAI LGGQPTRVDQ KMRG SVAVP GVPVVITSNG DITFVVSGNT TTTVHAKALK ERMVKLNFTV RCSPDMGLLT EADVQQWLTW CNAQSWDHYE NWAIN YTFD FPGINADALH PDLQTTPIVT DTSISSSGGE SSEELSESSF FNLITPGACN TETPRSSTPI PGTSSGESLV GSPVSS EVV AASWEE

UniProtKB: Initiator protein NS1

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分子 #2: DNA (67-MER)

分子名称: DNA (67-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
分子量理論値: 20.606125 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA) (DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA) (DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DT) ...文字列:
(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA) (DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA) (DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT) (DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)

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分子 #3: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 25268
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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