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- EMDB-62201: structure of bundle-shaped PBS with short rod -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62201
タイトルstructure of bundle-shaped PBS with short rod
マップデータstructure of bundle-shaped PBS with short rod at 2.80A
試料
  • 複合体: phycobilisome
    • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 1種
キーワードphycobilisome / light-harvesting complex / photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain ...Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phycocyanin beta chain / Phycocyanin alpha chain / Phycocyanin-associated rod linker protein / Glr2806 protein / CpcD protein / Glr1262 protein / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / Allophycocyanin beta subunit / Allophycocyanin alpha subunit / Phycobiliprotein ApcE / Phycocyanin-associated rod linker protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyridium purpureum (真核生物) / Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sui S-F / Ma J / You X / Sun S
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670745 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31861143048 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Light-induced structural adaptation of the bundle-shaped phycobilisome from thylakoid-lacking cyanobacterium Gloeobacter violaceus
著者: Ma J / You X / Sun S / Sui SF
履歴
登録2024年10月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62201.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62201.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈structure of bundle-shaped PBS with short rod at 2.80A
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 560 pix.
= 614.824 Å		1.1 Å/pix.
x 560 pix.
= 614.824 Å		1.1 Å/pix.
x 560 pix.
= 614.824 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0979 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.4110602 - 2.8998883
平均 (標準偏差)0.006232031 (±0.06676307)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 614.82404 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: structure of bundle-shaped PBS with short rod at 2.80A halfB

ファイルemd_62201_half_map_1.map
注釈structure of bundle-shaped PBS with short rod at 2.80A halfB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: structure of bundle-shaped PBS with short rod at 2.80A halfA

ファイルemd_62201_half_map_2.map
注釈structure of bundle-shaped PBS with short rod at 2.80A halfA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : phycobilisome

全体名称: phycobilisome
要素
  • 複合体: phycobilisome
    • タンパク質・ペプチド: Glr2806 protein
    • タンパク質・ペプチド: Phycocyanin-associated rod linker protein
  • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin beta subunit
  • タンパク質・ペプチド: Phycocyanin alpha chain
  • タンパク質・ペプチド: Phycocyanin beta chain
  • タンパク質・ペプチド: Phycocyanin-associated rod linker protein
  • タンパク質・ペプチド: CpcD protein
  • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin alpha subunit
  • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
  • タンパク質・ペプチド: Phycobiliprotein ApcE
  • タンパク質・ペプチド: Glr1262 protein
  • リガンド: PHYCOCYANOBILIN

+
超分子 #1: phycobilisome

超分子名称: phycobilisome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #6, #5
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 14700 kDa/nm

+
分子 #1: Allophycocyanin beta subunit

分子名称: Allophycocyanin beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 42 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 17.241664 KDa
配列文字列:
MQDAITAVIN NYDVQGKYLD GAALDKLKAY FTTGAVRVRA AAVISSNATT IIKEAAAKAL IYSDLTRPGG (MEN)MYTTR RYA ACIRDMDYFL RYATYAMLAG DPSILDERVL NGLKETYNSL GVPIAATVGG IQAMKEVVGG LVGPDAAKEA SIYFDYL SS GLS

UniProtKB: Allophycocyanin beta subunit

+
分子 #2: Phycocyanin alpha chain

分子名称: Phycocyanin alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 84 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 17.679852 KDa
配列文字列:
MKTVITEVIA SADSQGRFLN NTELQAANGR FQRATASMEA ARALTSNADS LVKGAVQEVY NKFPYLTQPG QMGYGDTNQA KCARDISHY LRFITYSLVA GGTGPLDDYI VAGLREVNRT FNLSPSWYIE ALKHIKGKVG SQLSGQPLTE ANAYIDYCIN A LS

UniProtKB: Phycocyanin alpha chain

+
分子 #3: Phycocyanin beta chain

分子名称: Phycocyanin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 84 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 18.478953 KDa
配列文字列:
MQDAFTKAIV AADLRGSFLS EQELNQLTNL VKESNKRLDA VNAITGNAAE IISDAAHKLF AEQTDLIRPG GNAYPNRRMA ACLRDMEII LRYVSYALLA GDASVLEDRC LNGLKETYVA LGTPTRSVAR AVQLMKETAI GYVNSPSGVT RGDCSALVNE A ATYFDKAA ASIA

UniProtKB: Phycocyanin beta chain

+
分子 #4: Phycocyanin-associated rod linker protein

分子名称: Phycocyanin-associated rod linker protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: There is no expression tag in the Phycocyanin-associated rod linker proteins (MA, M3, M4, M8, M9 and M1) or the Phycocyanin-associated rod linker proteins (NA, N3, Z4, N9, Z8 and N1). We ...詳細: There is no expression tag in the Phycocyanin-associated rod linker proteins (MA, M3, M4, M8, M9 and M1) or the Phycocyanin-associated rod linker proteins (NA, N3, Z4, N9, Z8 and N1). We align all amino acids by their electron density map.
コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 30.913822 KDa
配列文字列: MNVLTTSSQR GGKLFKVTMT LSPALSHHPW PSLDTYEPSQ NSYSVVVPLD RLLAEMTYIK NKGGRVLDIS PADLEALGPP DISSVAIPL KVELWAKADV SDVQAAIVAA YKQIFGNTYV LESERLTSAE SLLRNGSISV REFVRLLAKS ELYKERFFFC T SNNRFTEL ...文字列:
MNVLTTSSQR GGKLFKVTMT LSPALSHHPW PSLDTYEPSQ NSYSVVVPLD RLLAEMTYIK NKGGRVLDIS PADLEALGPP DISSVAIPL KVELWAKADV SDVQAAIVAA YKQIFGNTYV LESERLTSAE SLLRNGSISV REFVRLLAKS ELYKERFFFC T SNNRFTEL NFKHFLGRAP YNQSEIAAHL DRYQTFGYDA EIDSYIDSDE YIQAFGENVV PYYRGFKSQS GQTVESFNRM FK LYRGDAG SDTNLNLQGQ KRRVDPKNLL RSGRGIV

UniProtKB: Phycocyanin-associated rod linker protein

+
分子 #5: Phycocyanin-associated rod linker protein

分子名称: Phycocyanin-associated rod linker protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 31.085066 KDa
配列文字列: MSVLTGDNQQ RGSKLFKITI ALSPTLAHHP WPGLDTHEPS QSSYSTIVSL ERLLPEMTRI KRNGGRILEI TEGEASESRA NFPAVMEPP VVELYPRAGE AEVQAVIAVA YKQVFGNIHV MESERIVSAE SLLRNRSISV REFVRLLAKS DLYKESFFHC T SNNRFIEL ...文字列:
MSVLTGDNQQ RGSKLFKITI ALSPTLAHHP WPGLDTHEPS QSSYSTIVSL ERLLPEMTRI KRNGGRILEI TEGEASESRA NFPAVMEPP VVELYPRAGE AEVQAVIAVA YKQVFGNIHV MESERIVSAE SLLRNRSISV REFVRLLAKS DLYKESFFHC T SNNRFIEL NFKHLLGRAP YNHSEIIEHL DRYQSQGYDA EIDSYIDSDE YVKTFGENVV PYHRGFKSQV GQQSVAAFER MI RLFGGDA SSDTSLNRTG QKRLVDPKQL LRSGRGIV

UniProtKB: Phycocyanin-associated rod linker protein

+
分子 #6: Glr2806 protein

分子名称: Glr2806 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 81.544312 KDa
配列文字列: MSATTYDWRK VIDSIKIEDP VKPGDFANFL DMARGIESRT GVWSISYESL RTLGPPEGGM LRPAVGGTAE AAAQKQLGIT AVAPASVVE LRPNASEEDL QGVLRAVYRQ VLGNTYVMES ERPTQAESLL RNGSISVREF VRRIAKSDLY KERFFNKASN N RFIELNFK ...文字列:
MSATTYDWRK VIDSIKIEDP VKPGDFANFL DMARGIESRT GVWSISYESL RTLGPPEGGM LRPAVGGTAE AAAQKQLGIT AVAPASVVE LRPNASEEDL QGVLRAVYRQ VLGNTYVMES ERPTQAESLL RNGSISVREF VRRIAKSDLY KERFFNKASN N RFIELNFK HLLGRAPYNH GEIQEHFGLY HKAGYDVEID SYIDSDEYIE TFGENIVPYF RGFKYQTNQS AGGFPRMVKL WG GDAGSDT DRGKNGQRTL VTTKDLIGPT KIFVPFVAPG RDADMVSGDY TRLAFGLSGE AAAQRQLGIA SVAPAPICQL RPN ASEEDL QGVLRAVYRQ VLGNTYVMES ERPTQAESLL RNGSISVREF VRRIAKSDLY KERFFNKASN NRFIELNFKH LLGR APYNH GEIQEHFGLY HKAGYDVEID SYIDSDEYIE TFGENIVPYF RGFKYQTNQS AGGFPRMVKL WGGDAGSDTD RATGG QRTL VTTRELVKTL PLLTEIPAVP ATRGFEQVLN QLKRPAPGGT GEAQGQKQLG ITAVAPAPIC QLRPNASEED LQGVLR AVY RQVLGNTYVM ESERPTQAES LLRNGSISVR EFVRRIAKSD LYKERFFNKA SNNRFIELNF KHLLGRAPYN HGEIQEH FG LYHKAGYDAE IDSYIDSDEY LLTFGEDVVP YFRGFKYQTN QSAGGFPRFT KLYGGDAGSD TDRGKNGQRT LVTTKDLV V SGQFSKPV

UniProtKB: Glr2806 protein

+
分子 #7: CpcD protein

分子名称: CpcD protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 7.776872 KDa
配列文字列:
MYNNVTANTE WGRKVFKITV AQFPDADGLD TDNLSQSNYF VTVPLARLLP EMQLIKNKGG KVLSVEPVVS

UniProtKB: CpcD protein

+
分子 #8: Allophycocyanin alpha subunit

分子名称: Allophycocyanin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 40 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 17.539039 KDa
配列文字列:
MSVLTKAIVN ADAEARYLSP GELDRIKSFV ASGERRLRIA QTLTEARERI VKQAGDQLFQ IRPDVVSPGG NAYGEKMTAL CLRDLDYYL RLVTYGIVAG DVTPIEEIGI IGVKEMYNSL QTPIPAVAEG VRAMKNVATS LLSGDDAAEA GFYFDYLVGA M Q

UniProtKB: Allophycocyanin alpha subunit

+
分子 #9: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associa...

分子名称: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 7.633809 KDa
配列文字列:
SRYFKVTACI PSLKRVRTGR ELQNTFFTKL VPYENWFTEQ QRIQKAGGKV LSVKLFTGVQ GANTGVGA

UniProtKB: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

+
分子 #10: Phycobiliprotein ApcE

分子名称: Phycobiliprotein ApcE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 130.002258 KDa
配列文字列: MSIRGTSGST VARPRLFRTV MTETINGINA EDRYPNSGEV SQLDQFFGDG QRRIAIVAKL TENAEMIVSR AANRIFVGGS PMAYSERQK AKAKSPLAND EFGNEPIVED RGGFLESLKS IFSTRGGGGR ASADFAVPPD FEPINIARYG PERMQKSIRD L DWFLRYTT ...文字列:
MSIRGTSGST VARPRLFRTV MTETINGINA EDRYPNSGEV SQLDQFFGDG QRRIAIVAKL TENAEMIVSR AANRIFVGGS PMAYSERQK AKAKSPLAND EFGNEPIVED RGGFLESLKS IFSTRGGGGR ASADFAVPPD FEPINIARYG PERMQKSIRD L DWFLRYTT YAILAGDPSI LEANCLGLRE ILEKSCSISA TIVALLEMRK NAARLFKDEA DSKLVSSYIS VVIRALDADR SD APADIVR PSSEDRPGLT LPYIYKLSAD SLTTFKMTAI YGADGRPKVN LSSDEKERVV RAAYRQVFER DLKAYGQSVS EAE SKVKNG EISVREFVRR LGKSELYRRE FYQPFINSRV LELAFKHFLG RAPESRAEVQ KYFSIISSPI VRGQSSMPSG GLYA LIDAL IDSEEYTSIF GEDTVPYLRN LGVEAQPSWN WGAAYDLYNY AAPRRKVPQF ITLFADYTQP LPNQHPYGAG NDPLE IQFG AIFKNSTINP AERAAPIGKD VKRILIRNGS PTSNERGNPT GMSEGATTLG PKIFKLTQNV GFRSKGMVQN AGVVTV EGS VQALITAAYQ QIFGRQLYQG QRLKVAEIKL ENGETTVKEF VRALGRSEIF RKLYWEPFYV CKAIEYIHRR LLGRPTY DR VENNRYFDIA SKKGFYGVVD AMLNSNEYQE VFGEDVLPYE RYLTPAGLSL RKGRFGSSDV LTTPGGITPR GDAARMMD K IQELGTPINE RSIPEMYVNQ GVPALKRQRK VFKQSQATDR ESFDALVTAA YVQVFDKDIA SYIRSEFSAL ESRLRNRET SVKEFVRLLG FSALYRKQFH DRYPNTKVVE FAFKHFLGRA VKNQAELIKY HGLLGRKGIK ALIGALVDGE EYGRLYGEDT VPSWQFPTL PAANYPNSVE LYNRFTRQDD SLVVPSFKPI RSKMDIASMP LVQAALKEQQ ATKTALDMSR PMFLELGRSF K GADGQSVE VGVGTLRRQL EHIYRIAPDA TRSEKDVAIN AIYRQVLDVF AGIPPSYLRL SEAESKLKNN EISVREFVRR LG RSENYRK RFFEPYSSPK VVELLTKHFL GRAPISQQEI STYVQILGTK GLAAAVDAIV ESPEYLTIFN EDIVPYRRYP TLP AGNYRA SVRVNDEELI SQSWSSLSPT YTGYQYVTR

UniProtKB: Phycobiliprotein ApcE

+
分子 #11: Glr1262 protein

分子名称: Glr1262 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 92.127602 KDa
配列文字列: MSTVLDDQSK AYAPGSANGP TAGLEPFVRM SRMIRSGVPE DREEPDELWL SMVRDIFGRG YMDRLSQTRA IDYSAFVRPA DQATADGAA QTKLGITAIA PDQGVELRPN FTEADVITVI RAAYKQLFGN TYILESERVI QAESLLRNGS ISVREFIRIL A KSDLYKER ...文字列:
MSTVLDDQSK AYAPGSANGP TAGLEPFVRM SRMIRSGVPE DREEPDELWL SMVRDIFGRG YMDRLSQTRA IDYSAFVRPA DQATADGAA QTKLGITAIA PDQGVELRPN FTEADVITVI RAAYKQLFGN TYILESERVI QAESLLRNGS ISVREFIRIL A KSDLYKER FFRCTSNNRF IELNLKHLLG RAPYNQGEIA EHLDRYCQSG YDAEIDSYID SDEYRRVFGE NTVPYFRGFK YQ VGQSAAA FERMRALYSG DAGSDTDRNQ NGQRTELTSG LADPAQPVRA RTDYALTRVD IPGGNGAAGR LAALDESLGS WLD AARDLI SQNDYSQKAI EVEPKRVAPY AQYLTPAVEA TPDAAAQTKL GITAVAPDQA VELRPNFGEA EVQAVIRAAY KQIF GNTYI LEADRVVIAE SLLRNGSISV REFVRLLAKS DLYRDRFFRT ASNNRFIELN FKHFLGRAPY SQAEIGEHFN RYHKS GYDA EIDSYIDSDE YRRVFGENTV PYFRGFKYQV GQAARGFDQM QQLFAGDAGS DTDRGIGAQP AAKLTFPLSR PLGVTS AYF PSSQGGAATS DGLEMFTRMA RELTVTPVSA RRTTSPTAPT APAMPLAGYY SRPAPRATAD GDAQTKLGIT AVAPAQA VE LRPNFGETEL QAVIRATYKQ LFGNTYILEA DRVVQAESLL RNGSINVREF VRLLAKSELY KERFFHCTSN NRFIELTF K HLLGRAPYNQ SEFVEHLDRY QKSGYDAEID SYIDSDEYRR VFGENTVPYF RGFKYQTGQA AGVFERTLKL YGGDADSDT NRNRQGQLRQ VDPQELLRSG RGIV

UniProtKB: Glr1262 protein

+
分子 #12: PHYCOCYANOBILIN

分子名称: PHYCOCYANOBILIN / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 336 / 式: CYC
分子量理論値: 588.694 Da
Chemical component information

ChemComp-CYC:
PHYCOCYANOBILIN

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
0.75 mol/LNa2HPO4disodium hydrogen phosphate
0.75 mol/LKH2PO4Monobasic Potassium Phosphate
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 18 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
特殊光学系球面収差補正装置: Spherical aberration (Cs) corrector
エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6438 / 平均露光時間: 8.2 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm
最大 デフォーカス（補正後）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 1.3 µm / 倍率（補正後）: 64000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1042622
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.15) / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta) / 使用した粒子像数: 389430
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 389430 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6kgx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 62.05 / 当てはまり具合の基準: 0,99
得られたモデル

PDB-9k9w:
structure of bundle-shaped PBS with short rod

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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