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- EMDB-61994: Human RNA Polymerase III de novo transcribing complex 13 (TC13) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61994
タイトルHuman RNA Polymerase III de novo transcribing complex 13 (TC13)
マップデータPol III TC13 main map
試料
  • 複合体: RNA polymerase III transcribing complex 13
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 4種
キーワードElongation complex / TRANSCRIPTION/DNA/RNA / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription preinitiation complex assembly / snRNA transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase III Chain Elongation / transcription factor TFIIIB complex / RNA Polymerase III Transcription Termination / calcitonin gene-related peptide receptor activity / DNA/RNA hybrid binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of transcription by RNA polymerase III ...transcription preinitiation complex assembly / snRNA transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase III Chain Elongation / transcription factor TFIIIB complex / RNA Polymerase III Transcription Termination / calcitonin gene-related peptide receptor activity / DNA/RNA hybrid binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of transcription by RNA polymerase III / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / DNA polymerase III complex / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / positive regulation of innate immune response / nucleobase-containing compound metabolic process / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / mRNA Splicing - Minor Pathway / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / neuropeptide signaling pathway / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase II Transcription Elongation / : / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / DNA-directed RNA polymerase activity / Inhibition of DNA recombination at telomere / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of interferon-beta production / acrosomal vesicle / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / protein-DNA complex / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / ribonucleoside binding / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / : / : / : / fibrillar center / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / cellular response to oxidative stress / double-stranded DNA binding / defense response to virus / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / cell population proliferation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / BRF2-like, C-terminal cyclin repeat / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5, C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / RNA polymerase III RPC4 / DNA-directed RNA polymerase III, subunit Rpc31 / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc31 / Pol III subunit C11, C-terminal zinc ribbon / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc5 ...: / BRF2-like, C-terminal cyclin repeat / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5, C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / RNA polymerase III RPC4 / DNA-directed RNA polymerase III, subunit Rpc31 / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc31 / Pol III subunit C11, C-terminal zinc ribbon / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc5 / : / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, C-terminal / RPC5 protein / RNA polymerase III, subunit Rpc25 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / RNA polymerase III subunit Rpc25 / RNA polymerase Rpc34 / RNA polymerase III Rpc82, C -terminal / RNA polymerase Rpc34-like / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / : / RNA polymerase Rpc34 subunit / RNA polymerase III subunit RPC82 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3, helical hairpin domain / POLR3C, C-terminal winged-helix domain / RNA polymerase III subunit RPC82-related, helix-turn-helix / RNA polymerase III subunit RPC82 helix-turn-helix domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Cyclin-like superfamily / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 ...DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6 / Transcription factor IIIB 50 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Wang Q / Ren Y / Jin Q / Chen X / Xu Y
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Structural insights into human Pol III transcription initiation in action.
著者: Qianmin Wang / Yulei Ren / Qianwei Jin / Xizi Chen / Yanhui Xu /
要旨: RNA polymerase III (Pol III) transcribes highly demanded RNAs grouped into three types of classical promoters, including type 1 (5S rRNA), type 2 (tRNA) and type 3 (short non-coding RNAs, such as U6, ...RNA polymerase III (Pol III) transcribes highly demanded RNAs grouped into three types of classical promoters, including type 1 (5S rRNA), type 2 (tRNA) and type 3 (short non-coding RNAs, such as U6, 7SK and RNase H1) promoters. While structures of the Pol III preinitiation complex (PIC) and elongation complex (EC) have been determined, the mechanism underlying the transition from initiation to elongation remains unclear. Here we reconstituted seven human Pol III transcribing complexes (TC4, TC5, TC6, TC8, TC10, TC12 and TC13) halted on U6 promoters with nascent RNAs of 4-13 nucleotides. Cryo-electron microscopy structures captured initially transcribing complexes (ITCs; TC4 and TC5) and ECs (TC6-13). Together with KMnO footprinting, the data reveal extensive modular rearrangements: the transcription bubble expands from PIC to TC5, followed by general transcription factor (GTF) dissociation and abrupt bubble collapse from TC5 to TC6, marking the ITC-EC transition. In TC5, SNAPc and TFIIIB remain bound to the promoter and Pol III, while the RNA-DNA hybrid adopts a tilted conformation with template DNA blocked by BRF2, a TFIIIB subunit. Hybrid forward translocation during ITC-EC transition triggers BRF2-finger retraction, GTF release and transcription-bubble collapse. Pol III then escapes the promoter while GTFs stay bound upstream, potentially enabling reinitiation. These findings reveal molecular insights into Pol III dynamics and reinitiation mechanisms on type 3 promoters of highly demanded small RNAs, with the earliest documented initiation-elongation transition for an RNA polymerase.
履歴
登録2024年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61994.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61994.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 127.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pol III TC13 main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 322 pix.
= 429.226 Å		1.33 Å/pix.
x 322 pix.
= 429.226 Å		1.33 Å/pix.
x 322 pix.
= 429.226 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.333 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.218
最小 - 最大-4.903497 - 7.892627
平均 (標準偏差)0.004498692 (±0.11420639)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ322322322
Spacing322322322
セルA=B=C: 429.22598 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Pol III TC13 half map1

ファイルemd_61994_half_map_1.map
注釈Pol III TC13 half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Pol III TC13 half map2

ファイルemd_61994_half_map_2.map
注釈Pol III TC13 half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA polymerase III transcribing complex 13

全体名称: RNA polymerase III transcribing complex 13
要素
  • 複合体: RNA polymerase III transcribing complex 13
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor IIIB 50 kDa subunit
    • DNA: DNA (104-MER)
    • DNA: DNA (104-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*G)-3')
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: RNA polymerase III transcribing complex 13

超分子名称: RNA polymerase III transcribing complex 13 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21 / 詳細: RNA polymerase III in elongation stage
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 750 KDa

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 155.860125 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVKEQFRETD VAKKISHICF GMKSPEEMRQ QAHIQVVSKN LYSQDNQHAP LLYGVLDHRM GTSEKDRPCE TCGKNLADCL GHYGYIDLE LPCFHVGYFR AVIGILQMIC KTCCHIMLSQ EEKKQFLDYL KRPGLTYLQK RGLKKKISDK CRKKNICHHC G AFNGTVKK ...文字列:
MVKEQFRETD VAKKISHICF GMKSPEEMRQ QAHIQVVSKN LYSQDNQHAP LLYGVLDHRM GTSEKDRPCE TCGKNLADCL GHYGYIDLE LPCFHVGYFR AVIGILQMIC KTCCHIMLSQ EEKKQFLDYL KRPGLTYLQK RGLKKKISDK CRKKNICHHC G AFNGTVKK CGLLKIIHEK YKTNKKVVDP IVSNFLQSFE TAIEHNKEVE PLLGRAQENL NPLVVLNLFK RIPAEDVPLL LM NPEAGKP SDLILTRLLV PPLCIRPSVV SDLKSGTNED DLTMKLTEII FLNDVIKKHR ISGAKTQMIM EDWDFLQLQC ALY INSELS GIPLNMAPKK WTRGFVQRLK GKQGRFRGNL SGKRVDFSGR TVISPDPNLR IDEVAVPVHV AKILTFPEKV NKAN INFLR KLVQNGPEVH PGANFIQQRH TQMKRFLKYG NREKMAQELK YGDIVERHLI DGDVVLFNRQ PSLHKLSIMA HLARV KPHR TFRFNECVCT PYNADFDGDE MNLHLPQTEE AKAEALVLMG TKANLVTPRN GEPLIAAIQD FLTGAYLLTL KDTFFD RAK ACQIIASILV GKDEKIKVRL PPPTILKPVT LWTGKQIFSV ILRPSDDNPV RANLRTKGKQ YCGKGEDLCA NDSYVTI QN SELMSGSMDK GTLGSGSKNN IFYILLRDWG QNEAADAMSR LARLAPVYLS NRGFSIGIGD VTPGQGLLKA KYELLNAG Y KKCDEYIEAL NTGKLQQQPG CTAEETLEAL ILKELSVIRD HAGSACLREL DKSNSPLTMA LCGSKGSFIN ISQMIACVG QQAISGSRVP DGFENRSLPH FEKHSKLPAA KGFVANSFYS GLTPTEFFFH TMAGREGLVD TAVKTAETGY MQRRLVKSLE DLCSQYDLT VRSSTGDIIQ FIYGGDGLDP AAMEGKDEPL EFKRVLDNIK AVFPCPSEPA LSKNELILTT ESIMKKSEFL C CQDSFLQE IKKFIKGVSE KIKKTRDKYG INDNGTTEPR VLYQLDRITP TQVEKFLETC RDKYMRAQME PGSAVGALCA QS IGEPGTQ MTLKTFHFAG VASMNITLGV PRIKEIINAS KAISTPIITA QLDKDDDADY ARLVKGRIEK TLLGEISEYI EEV FLPDDC FILVKLSLER IRLLRLEVNA ETVRYSICTS KLRVKPGDVA VHGEAVVCVT PRENSKSSMY YVLQFLKEDL PKVV VQGIP EVSRAVIHID EQSGKEKYKL LVEGDNLRAV MATHGVKGTR TTSNNTYEVE KTLGIEAART TIINEIQYTM VNHGM SIDR RHVMLLSDLM TYKGEVLGIT RFGLAKMKES VLMLASFEKT ADHLFDAAYF GQKDSVCGVS ECIIMGIPMN IGTGLF KLL HKADRDPNPP KRPLIFDTNE FHIPLVT

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.953891 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDVLAEEFGN LTPEQLAAPI PTVEEKWRLL PAFLKVKGLV KQHIDSFNYF INVEIKKIMK ANEKVTSDAD PMWYLKYLNI YVGLPDVEE SFNVTRPVSP HECRLRDMTY SAPITVDIEY TRGSQRIIRN ALPIGRMPIM LRSSNCVLTG KTPAEFAKLN E CPLDPGGY ...文字列:
MDVLAEEFGN LTPEQLAAPI PTVEEKWRLL PAFLKVKGLV KQHIDSFNYF INVEIKKIMK ANEKVTSDAD PMWYLKYLNI YVGLPDVEE SFNVTRPVSP HECRLRDMTY SAPITVDIEY TRGSQRIIRN ALPIGRMPIM LRSSNCVLTG KTPAEFAKLN E CPLDPGGY FIVKGVEKVI LIQEQLSKNR IIVEADRKGA VGASVTSSTH EKKSRTNMAV KQGRFYLRHN TLSEDIPIVI IF KAMGVES DQEIVQMIGT EEHVMAAFGP SLEECQKAQI FTQMQALKYI GNKVRRQRMW GGGPKKTKIE EARELLASTI LTH VPVKEF NFRAKCIYTA VMVRRVILAQ GDNKVDDRDY YGNKRLELAG QLLSLLFEDL FKKFNSEMKK IADQVIPKQR AAQF DVVKH MRQDQITNGM VNAISTGNWS LKRFKMDRQG VTQVLSRLSY ISALGMMTRI SSQFEKTRKV SGPRSLQPSQ WGMLC PSDT PEGEACGLVK NLALMTHITT DMEDGPIVKL ASNLGVEDVN LLCGEELSYP NVFLVFLNGN ILGVIRDHKK LVNTFR LMR RAGYINEFVS ISTNLTDRCV YISSDGGRLC RPYIIVKKQK PAVTNKHMEE LAQGYRNFED FLHESLVEYL DVNEEND CN IALYEHTINK DTTHLEIEPF TLLGVCAGLI PYPHHNQSPR NTYQCAMGKQ AMGTIGYNQR NRIDTLMYLL AYPQKPMV K TKTIELIEFE KLPAGQNATV AVMSYSGYDI EDALVLNKAS LDRGFGRCLV YKNAKCTLKR YTNQTFDKVM GPMLDAATR KPIWRHEILD ADGICSPGEK VENKQVLVNK SMPTVTQIPL EGSNVPQQPQ YKDVPITYKG ATDSYIEKVM ISSNAEDAFL IKMLLRQTR RPEIGDKFSS RHGQKGVCGL IVPQEDMPFC DSGICPDIIM NPHGFPSRMT VGKLIELLAG KAGVLDGRFH Y GTAFGGSK VKDVCEDLVR HGYNYLGKDY VTSGITGEPL EAYIYFGPVY YQKLKHMVLD KMHARARGPR AVLTRQPTEG RS RDGGLRL GEMERDCLIG YGASMLLLER LMISSDAFEV DVCGQCGLLG YSGWCHYCKS SCHVSSLRIP YACKLLFQEL QSM NIIPRL KLSKYNE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.301672 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAASQAVEEM RSRVVLGEFG VRNVHTTDFP GNYSGYDDAW DQDRFEKNFR VDVVHMDENS LEFDMVGIDA AIANAFRRIL LAEVPTMAV EKVLVYNNTS IVQDEILAHR LGLIPIHADP RLFEYRNQGD EEGTEIDTLQ FRLQVRCTRN PHAAKDSSDP N ELYVNHKV ...文字列:
MAASQAVEEM RSRVVLGEFG VRNVHTTDFP GNYSGYDDAW DQDRFEKNFR VDVVHMDENS LEFDMVGIDA AIANAFRRIL LAEVPTMAV EKVLVYNNTS IVQDEILAHR LGLIPIHADP RLFEYRNQGD EEGTEIDTLQ FRLQVRCTRN PHAAKDSSDP N ELYVNHKV YTRHMTWIPL GNQADLFPEG TIRPVHDDIL IAQLRPGQEI DLLMHCVKGI GKDHAKFSPV ATASYRLLPD IT LLEPVEG EAAEELSRCF SPGVIEVQEV QGKKVARVAN PRLDTFSREI FRNEKLKKVV RLARVRDHYI FSVESTGVLP PDV LVSEAI KVLMGKCRRF LDELDAVQMD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.89399 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEVKDANSAL LSNYEVFQLL TDLKEQRKES GKNKHSSGQQ NLNTITYETL KYISKTPCRH QSPEIVREFL TALKSHKLTK AEKLQLLNH RPVTAVEIQL MVEESEERLT EEQIEALLHT VTSILPAEPE AEQKKNTNSN VAMDEEDPA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.584223 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQSGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQSGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN QLPRIQAGDP VARYFGIKRG QVVKIIRPSE TAGRYITYRL VQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.491026 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTRA LQIAMCAPVM VELEGETDP LLIAMKELKA RKIPIIIRRY LPDGSYEDWG VDELIITD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.938846 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVLVEMVDT VRIPPWQFER KLNDSIAEEL NKKLANKVVY NVGLCICLFD ITKLEDAYVF PGDGASHTKV HFRCVVFHPF LDEILIGKI KGCSPEGVHV SLGFFDDILI PPESLQQPAK FDEAEQVWVW EYETEEGAHD LYMDTGEEIR FRVVDESFVD T SPTGPSSA ...文字列:
MFVLVEMVDT VRIPPWQFER KLNDSIAEEL NKKLANKVVY NVGLCICLFD ITKLEDAYVF PGDGASHTKV HFRCVVFHPF LDEILIGKI KGCSPEGVHV SLGFFDDILI PPESLQQPAK FDEAEQVWVW EYETEEGAHD LYMDTGEEIR FRVVDESFVD T SPTGPSSA DATTSSEELP KKEAPYTLVG SISEPGLGLL SWWTSN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.162273 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGTL DDGEYNPTDD RPSRADQFE YVMYGKVYRI EGDETSTEAA TRLSAYVSYG GLLMRLQGDA NNLHGFEVDS RVYLLMKKLA F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.338104 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MLLFCPGCGN GLIVEEGQRC HRFACNTCPY VHNITRKVTN RKYPKLKEVD DVLGGAAAWE NVDSTAESCP KCEHPRAYFM QLQTRSADE PMTTFYKCCN AQCGHRWRD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.655123 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.259222 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEEDQELERK ISGLKTSMAE GERKTALEMV QAAGTDRHCV TFVLHEEDHT LGNSLRYMIM KNPEVEFCGY TTTHPSESKI NLRIQTRGT LPAVEPFQRG LNELMNVCQH VLDKFEASIK DYKDQKASRN ESTF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.018244 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

+
分子 #13: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.004031 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MANEEDDPVV QEIDVYLAKS LAEKLYLFQY PVRPASMTYD DIPHLSAKIK PKQQKVELEM AIDTLNPNYC RSKGEQIALN VDGACADET STYSSKLMDK QTFCSSQTTS NTSRYAAALY RQGELHLTPL HGILQLRPSF SYLDKADAKH REREAANEAG D SSQDEAED ...文字列:
MANEEDDPVV QEIDVYLAKS LAEKLYLFQY PVRPASMTYD DIPHLSAKIK PKQQKVELEM AIDTLNPNYC RSKGEQIALN VDGACADET STYSSKLMDK QTFCSSQTTS NTSRYAAALY RQGELHLTPL HGILQLRPSF SYLDKADAKH REREAANEAG D SSQDEAED DVKQITVRFS RPESEQARQR RVQSYEFLQK KHAEEPWVHL HYYGLRDSRS EHERQYLLCP GSSGVENTEL VK SPSEYLM MLMPPSQEEE KDKPVAPSNV LSMAQLRTLP LADQIKILMK NVKVMPFANL MSLLGPSIDS VAVLRGIQKV AML VQGNWV VKSDILYPKD SSSPHSGVPA EVLCRGRDFV MWKFTQSRWV VRKEVATVTK LCAEDVKDFL EHMAVVRINK GWEF ILPYD GEFIKKHPDV VQRQHMLWTG IQAKLEKVYN LVKETMPKKP DAQSGPAGLV CGDQRIQVAK TKAQQNHALL ERELQ RRKE QLRVPAVPPG VRIKEEPVSE EGEEDEEQEA EEEPMDTSPS GLHSKLANGL PLGRAAGTDS FNGHPPQGCA STPVAR ELK AFVEATFQRQ FVLTLSELKR LFNLHLASLP PGHTLFSGIS DRMLQDTVLA AGCKQILVPF PPQTAASPDE QKVFALW ES GDMSDQHRQV LLEIFSKNYR VRRNMIQSRL TQECGEDLSK QEVDKVLKDC CVSYGGMWYL KGTVQS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5

+
分子 #14: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.471875 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSEGNAAGEP STPGGPRPLL TGARGLIGRR PAPPLTPGRL PSIRSRDLTL GGVKKKTFTP NIISRKIKEE PKEEVTVKKE KRERDRDRQ REGHGRGRGR PEVIQSHSIF EQGPAEMMKK KGNWDKTVDV SDMGPSHIIN IKKEKRETDE ETKQILRMLE K DDFLDDPG ...文字列:
MSEGNAAGEP STPGGPRPLL TGARGLIGRR PAPPLTPGRL PSIRSRDLTL GGVKKKTFTP NIISRKIKEE PKEEVTVKKE KRERDRDRQ REGHGRGRGR PEVIQSHSIF EQGPAEMMKK KGNWDKTVDV SDMGPSHIIN IKKEKRETDE ETKQILRMLE K DDFLDDPG LRNDTRNMPV QLPLAHSGWL FKEENDEPDV KPWLAGPKEE DMEVDIPAVK VKEEPRDEEE EAKMKAPPKA AR KTPGLPK DVSVAELLRE LSLTKEEELL FLQLPDTLPG QPPTQDIKPI KTEVQGEDGQ VVLIKQEKDR EAKLAENACT LAD LTEGQV GKLLIRKSGR VQLLLGKVTL DVTMGTACSF LQELVSVGLG DSRTGEMTVL GHVKHKLVCS PDFESLLDHK HR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4

+
分子 #15: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.692555 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTQAEIKLCS LLLQEHFGEI VEKIGVHLIR TGSQPLRVIA HDTGTSLDQV KKALCVLVQH NLVSYQVHKR GVVEYEAQCS RVLRMLRYP RYIYTTKTLY SDTGELIVEE LLLNGKLTMS AVVKKVADRL TETMEDGKTM DYAEVSNTFV RLADTHFVQR C PSVPTTEN ...文字列:
MTQAEIKLCS LLLQEHFGEI VEKIGVHLIR TGSQPLRVIA HDTGTSLDQV KKALCVLVQH NLVSYQVHKR GVVEYEAQCS RVLRMLRYP RYIYTTKTLY SDTGELIVEE LLLNGKLTMS AVVKKVADRL TETMEDGKTM DYAEVSNTFV RLADTHFVQR C PSVPTTEN SDPGPPPPAP TLVINEKDMY LVPKLSLIGK GKRRRSSDED AAGEPKAKRP KYTTDNKEPI PDDGIYWQAN LD RFHQHFR DQAIVSAVAN RMDQTSSEIV RTMLRMSEIT TSSSAPFTQP LSSNEIFRSL PVGYNISKQV LDQYLTLLAD DPL EFVGKS GDSGGGMYVI NLHKALASLA TATLESVVQE RFGSRCARIF RLVLQKKHIE QKQVEDFAMI PAKEAKDMLY KMLS ENFMS LQEIPKTPDH APSRTFYLYT VNILSAARML LHRCYKSIAN LIERRQFETK ENKRLLEKSQ RVEAIIASMQ ATGAE EAQL QEIEEMITAP ERQQLETLKR NVNKLDASEI QVDETIFLLE SYIECTMKRQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3

+
分子 #16: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.726914 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAEVKVKVQP PDADPVEIEN RIIELCHQFP HGITDQVIQN EMPHIEAQQR AVAINRLLSM GQLDLLRSNT GLLYRIKDSQ NAGKMKGSD NQEKLVYQII EDAGNKGIWS RDIRYKSNLP LTEINKILKN LESKKLIKAV KSVAASKKKV YMLYNLQPDR S VTGGAWYS ...文字列:
MAEVKVKVQP PDADPVEIEN RIIELCHQFP HGITDQVIQN EMPHIEAQQR AVAINRLLSM GQLDLLRSNT GLLYRIKDSQ NAGKMKGSD NQEKLVYQII EDAGNKGIWS RDIRYKSNLP LTEINKILKN LESKKLIKAV KSVAASKKKV YMLYNLQPDR S VTGGAWYS DQDFESEFVE VLNQQCFKFL QSKAETARES KQNPMIQRNS SFASSHEVWK YICELGISKV ELSMEDIETI LN TLIYDGK VEMTIIAAKE GTVGSVDGHM KLYRAVNPII PPTGLVRAPC GLCPVFDDCH EGGEISPSNC IYMTEWLEF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6

+
分子 #17: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.95351 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGNKGRGRA AYTFNIEAVG FSKGEKLPDV VLKPPPLFPD TDYKPVPLKT GEGEEYMLAL KQELRETMKR MPYFIETPEE RQDIERYSK RYMKVYKEEW IPDWRRLPRE MMPRNKCKKA GPKPKKAKDA GKGTPLTNTE DVLKKMEELE KRGDGEKSDE E NEEKEGSK ...文字列:
MAGNKGRGRA AYTFNIEAVG FSKGEKLPDV VLKPPPLFPD TDYKPVPLKT GEGEEYMLAL KQELRETMKR MPYFIETPEE RQDIERYSK RYMKVYKEEW IPDWRRLPRE MMPRNKCKKA GPKPKKAKDA GKGTPLTNTE DVLKKMEELE KRGDGEKSDE E NEEKEGSK EKSKEGDDDD DDDAAEQEEY DEEEQEEEND YINSYFEDGD DFGADSDDNM DEATY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7

+
分子 #18: Transcription factor IIIB 50 kDa subunit

分子名称: Transcription factor IIIB 50 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.587355 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPGRGRCPDC GSTELVEDSH YSQSQLVCSD CGCVVTEGVL TTTFSDEGNL REVTYSRSTG ENEQVSRSQQ RGLRRVRDLC RVLQLPPTF EDTAVAYYQQ AYRHSGIRAA RLQKKEVLVG CCVLITCRQH NWPLTMGAIC TLLYADLDVF SSTYMQIVKL L GLDVPSLC ...文字列:
MPGRGRCPDC GSTELVEDSH YSQSQLVCSD CGCVVTEGVL TTTFSDEGNL REVTYSRSTG ENEQVSRSQQ RGLRRVRDLC RVLQLPPTF EDTAVAYYQQ AYRHSGIRAA RLQKKEVLVG CCVLITCRQH NWPLTMGAIC TLLYADLDVF SSTYMQIVKL L GLDVPSLC LAELVKTYCS SFKLFQASPS VPAKYVEDKE KMLSRTMQLV ELANETWLVT GRHPLPVITA ATFLAWQSLQ PA DRLSCSL ARFCKLANVD LPYPASSRLQ ELLAVLLRMA EQLAWLRVLR LDKRSVVKHI GDLLQHRQSL VRSAFRDGTA EVE TREKEP PGWGQGQGEG EVGNNSLGLP QGKRPASPAL LLPPCMLKSP KRICPVPPVS TVTGDENISD SEIEQYLRTP QEVR DFQRA QAARQAATSV PNPP

UniProtKB: Transcription factor IIIB 50 kDa subunit

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分子 #19: DNA (104-MER)

分子名称: DNA (104-MER) / タイプ: dna / ID: 19 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.110598 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DT) (DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG) (DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) (DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA) ...文字列:
(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DT) (DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG) (DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) (DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG) (DA)(DC) (DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DC)(DG) (DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA) (DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DT)(DT) (DG)(DG)(DA)(DA)

+
分子 #20: DNA (104-MER)

分子名称: DNA (104-MER) / タイプ: dna / ID: 20 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.048574 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DA)(DG) (DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG) (DT)(DT)(DT)(DC)(DG) ...文字列:
(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DA)(DG) (DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG) (DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC) (DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG) (DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA) (DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT) (DC)(DG)(DA) (DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT) (DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC) (DG)(DG)(DT)(DA) (DA)(DG)(DC)(DA)

+
分子 #21: RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*G)-3') / タイプ: rna / ID: 21 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.129885 KDa
配列文字列:
CUCGCUUCGG

+
分子 #22: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #23: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #24: 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 1 / 式: 3AT
分子量理論値: 491.182 Da
Chemical component information

ChemComp-3AT:
3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3′-dATP

+
分子 #25: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 %
詳細This sample is cross-linked with glutaraldehyde

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

35722

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 351000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る