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- EMDB-61850: Cyanophage A4 capsid asymmetric unit -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61850
タイトルCyanophage A4 capsid asymmetric unit
マップデータCyanophage A4 capsid
試料
  • ウイルス: Anabaena phage A-4L (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Plastocyanin-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Major cement
キーワードCyanophage / Virus / Capsid
機能・相同性Phage capsid protein / Phage capsid protein / Uncharacterized protein / Major capsid protein / Plastocyanin-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Anabaena phage A-4L (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hou P / Li Q / Zhou CZ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U19A2020 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of cyanopodophage A4 reveals a pentameric pre-ejectosome in the double-stabilized capsid.
著者: Pu Hou / Rui-Qian Zhou / Yong-Liang Jiang / Rong-Cheng Yu / Kang Du / Nanqin Gan / Fei Ke / Qi-Ya Zhang / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou /
要旨: Upon infection, the podophages usually eject a couple of proteins from the capsid to form a transmembrane ejectosome on the host cell membrane that facilitates the ejection of viral genome. However, ...Upon infection, the podophages usually eject a couple of proteins from the capsid to form a transmembrane ejectosome on the host cell membrane that facilitates the ejection of viral genome. However, it remains unclear how these proteins of pre-ejectosome are finely assembled at the center of highly packaged genome. Here, we report the intact structure of cyanopodophage A4, which consists of a capsid stabilized by two types of cement proteins and a short tail attached with six tail fibers. Notably, we find a pentameric pre-ejectosome at the core of capsid, which is composed of four ejection proteins wrapped into a coaxial cylinder of triple layers. Moreover, a segment of genomic DNA runs along the positively charged circular cleft formed by two ejection proteins. Based on the mortise-and-tenon architecture of pre-ejectosome in combination with previous studies, we propose a putative DNA packaging process and ejection mechanism for podophages. These findings largely enrich our knowledge on the assembly mechanism of podophages, which might facilitate the application of A4 as a chassis cyanophage in synthetic biology.
履歴
登録2024年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61850.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61850.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cyanophage A4 capsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 768 pix.
= 821.76 Å		1.07 Å/pix.
x 768 pix.
= 821.76 Å		1.07 Å/pix.
x 768 pix.
= 821.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.03486578 - 0.071770765
平均 (標準偏差)0.0002918664 (±0.003375972)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ768768768
Spacing768768768
セルA=B=C: 821.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cyanophage A4 capsid

ファイルemd_61850_half_map_1.map
注釈Cyanophage A4 capsid
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cyanophage A4 capsid

ファイルemd_61850_half_map_2.map
注釈Cyanophage A4 capsid
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Anabaena phage A-4L

全体名称: Anabaena phage A-4L (ファージ)
要素
  • ウイルス: Anabaena phage A-4L (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Plastocyanin-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Major cement

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超分子 #1: Anabaena phage A-4L

超分子名称: Anabaena phage A-4L / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1357732 / 生物種: Anabaena phage A-4L / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Anabaena phage A-4L (ファージ)
分子量理論値: 38.341383 KDa
配列文字列: MALNNTTYQG SMRGYAVTKS RLDSFIPEVW TGEVLRALNQ NFVASQYVKT LDVTGKKGDR FHIPNIGRAS VFDKLPETPV QLQARQESD FYVDIDKYKE SSFLIEDLGA MQSSYDIRQE YTTEAGYALS RMMDADILGL RAAVKGLNNG SEIFNTADAT I SGASSPLN ...文字列:
MALNNTTYQG SMRGYAVTKS RLDSFIPEVW TGEVLRALNQ NFVASQYVKT LDVTGKKGDR FHIPNIGRAS VFDKLPETPV QLQARQESD FYVDIDKYKE SSFLIEDLGA MQSSYDIRQE YTTEAGYALS RMMDADILGL RAAVKGLNNG SEIFNTADAT I SGASSPLN YQALLTAKTI LDNRDVPMEK RVIITSPTGY NQLLAIDKFI SMDYQDGRPV KSGVVGTIFG IPVIMTTQVT VN SATGYSN GSTVTGIPTP GVSGAGALHL PTQDVFTSLP TAFTGANTGL AAQVITTLMC HSDWAVMLKS KMPSAESDRS VQY LGDIVV NSMVYGAKLF RQTNAVIINH NAVIPAVV

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #2: Plastocyanin-like domain-containing protein

分子名称: Plastocyanin-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Anabaena phage A-4L (ファージ)
分子量理論値: 21.217752 KDa
配列文字列: MSIAWYRELY GTEPNFNYPN GVLVPNHPGY NQTPGGIYLP NVAALSGAAI TANRIHYVYF QVAQTFVTDA LVFRVSTAVT GNARVGLYT VDPSSGFPQF LVTQGSAAAL TGGSTGDRVV LINRGIVTLP PTWYMTAIVS DVAANLAGIN GSATAQYYRQ P SIPSGGSG ...文字列:
MSIAWYRELY GTEPNFNYPN GVLVPNHPGY NQTPGGIYLP NVAALSGAAI TANRIHYVYF QVAQTFVTDA LVFRVSTAVT GNARVGLYT VDPSSGFPQF LVTQGSAAAL TGGSTGDRVV LINRGIVTLP PTWYMTAIVS DVAANLAGIN GSATAQYYRQ P SIPSGGSG CYTAPFTYGV LPDLAPTPDA VSTTNHPVVG LRTA

UniProtKB: Plastocyanin-like domain-containing protein

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分子 #3: Major cement

分子名称: Major cement / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Anabaena phage A-4L (ファージ)
分子量理論値: 9.139288 KDa
配列文字列:
MAITCTACTF TMTDAEFAIL NEGVAAPTID PRGSFAGLQS LSGAPITASA SAGTTTVVVA ASNRNDANIR TLAQRLRRAA QANRITFTA

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 124173
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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