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- EMDB-61849: STING bound with a novel small molecule agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61849
タイトルSTING bound with a novel small molecule agonist
マップデータ
試料
  • 複合体: STING bound with a novel small molecule agonist
    • タンパク質・ペプチド: Stimulator of interferon genes protein
  • リガンド: 4-[6-(2-chloranyl-6-cyclopropyl-phenyl)carbonylimidazo[1,5-a]pyrimidin-8-yl]-2-oxidanyl-benzoic acid
  • リガンド: [(2R)-2-dodecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2R,3R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrakis(oxidanyl)-4-phosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] dodecanoate
キーワードendoplasmic reticulum / cyclic dinucleotides / signaling / adaptor protein / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / cGAS/STING signaling pathway ...STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / cGAS/STING signaling pathway / proton channel activity / pattern recognition receptor signaling pathway / reticulophagy / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / protein complex oligomerization / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to interferon-beta / positive regulation of defense response to virus by host / signaling adaptor activity / antiviral innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / activation of innate immune response / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of interferon-beta production / autophagosome / cytoplasmic vesicle membrane / secretory granule membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / peroxisome / regulation of inflammatory response / defense response to virus / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / cilium / ciliary basal body / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / STING transmembrane domain / : / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Han J / Zhang S / Hou Y / Wang Y / Zhang Z / Yang J / Chen K / Liu X / Zhang C
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of STING binding with phospholipid PI4P and activation by a molecule targeting a new pocket
著者: Han J / Zhang S / Hou Y / Wang Y / Zhang Z / Yang J / Chen K / Liu X / Zhang C
履歴
登録2024年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61849.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61849.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-3.2337642 - 5.4506745
平均 (標準偏差)0.00035401847 (±0.100374915)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61849_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61849_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : STING bound with a novel small molecule agonist

全体名称: STING bound with a novel small molecule agonist
要素
  • 複合体: STING bound with a novel small molecule agonist
    • タンパク質・ペプチド: Stimulator of interferon genes protein
  • リガンド: 4-[6-(2-chloranyl-6-cyclopropyl-phenyl)carbonylimidazo[1,5-a]pyrimidin-8-yl]-2-oxidanyl-benzoic acid
  • リガンド: [(2R)-2-dodecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2R,3R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrakis(oxidanyl)-4-phosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] dodecanoate

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超分子 #1: STING bound with a novel small molecule agonist

超分子名称: STING bound with a novel small molecule agonist / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Stimulator of interferon genes protein

分子名称: Stimulator of interferon genes protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.058645 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LHPSIPCPRG HGAQKAALVL LSACLVTLWG LGEPPEHTLR YLVLHLASLQ LGLLLNGVCS LAEELRHIHS RYRGSYWRTV RACLGCPLR RGALLLLSIY FYYSLPNAVG PPFTWMLALL GLSQALNILL GLKGLAPAEI SAVCEKGNFN VAHGLAWSYY I GYLRLILP ...文字列:
LHPSIPCPRG HGAQKAALVL LSACLVTLWG LGEPPEHTLR YLVLHLASLQ LGLLLNGVCS LAEELRHIHS RYRGSYWRTV RACLGCPLR RGALLLLSIY FYYSLPNAVG PPFTWMLALL GLSQALNILL GLKGLAPAEI SAVCEKGNFN VAHGLAWSYY I GYLRLILP ELQARIRTYN QHYNNLLRGA VSQRLYILLP LDCGVPDNLS MADPNIRFLD KLPQQTGDHA GIKDRVYSNS IY ELLENGQ RAGTCVLEYA TPLQTLFAMS QYSQAGFSRE DRLEQAKLFC RTLEDILADA PESQNNCRLI AYQEPADDSS FSL SQEVLR HLRQE

UniProtKB: Stimulator of interferon genes protein

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分子 #2: 4-[6-(2-chloranyl-6-cyclopropyl-phenyl)carbonylimidazo[1,5-a]pyri...

分子名称: 4-[6-(2-chloranyl-6-cyclopropyl-phenyl)carbonylimidazo[1,5-a]pyrimidin-8-yl]-2-oxidanyl-benzoic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: A1EDL
分子量理論値: 433.844 Da

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分子 #3: [(2R)-2-dodecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2R,3R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrakis...

分子名称: [(2R)-2-dodecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2R,3R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrakis(oxidanyl)-4-phosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] dodecanoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: A1EER
分子量理論値: 778.799 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM10
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 296029
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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