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- EMDB-61762: Structural Insights into Selective Antagonism of PF04418948 and E... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61762
タイトルStructural Insights into Selective Antagonism of PF04418948 and EP2 Prostaglandin Receptor
マップデータ
試料
  • 複合体: human prostaglandin E receptor EP2
    • タンパク質・ペプチド: GFP-like fluorescent chromoprotein,Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype,Soluble cytochrome b562,Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Nb
  • リガンド: PF-04418948
キーワードGPCR / MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / response to nematode / response to progesterone / electron transport chain / regulation of cell population proliferation / cellular response to prostaglandin E stimulus / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / response to lipopolysaccharide ...prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / response to nematode / response to progesterone / electron transport chain / regulation of cell population proliferation / cellular response to prostaglandin E stimulus / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / response to lipopolysaccharide / G alpha (s) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prostanoid EP2 receptor / Prostanoid receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wu YL / Zhang H / Xu JY / Wu CR / Xu EH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2025
タイトル: Structural insights into selective and dual antagonism of EP2 and EP4 prostaglandin receptors.
著者: Yanli Wu / Heng Zhang / Jiuyin Xu / Kai Wu / Wen Hu / Xinheng He / Gaoming Wang / Canrong Wu / H Eric Xu /
要旨: Prostaglandin E2 (PGE2) signaling through EP2 and EP4 receptors is crucial in regulating inflammation, pain, and cancer progression. While selective and dual antagonists for these receptors hold ...Prostaglandin E2 (PGE2) signaling through EP2 and EP4 receptors is crucial in regulating inflammation, pain, and cancer progression. While selective and dual antagonists for these receptors hold therapeutic potential, their binding mechanisms and selectivity have remained unclear. In this study, we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of human EP2 and EP4 receptors in complex with selective antagonists PF-04418948 and grapiprant, as well as with the dual antagonist TG6-129. These structures reveal distinct binding pockets and interaction networks that dictate antagonist selectivity and efficacy. Notably, TG6-129 displays a novel binding mode, engaging deeply with EP2 while interacting more superficially with EP4 in a two-warhead manner. Furthermore, comparisons of active and inactive receptor structures elucidate the mechanisms underlying EP2 activation and antagonism. Overall, these findings provide a structural framework for understanding prostanoid receptor pharmacology and offer valuable insights for the rational design of improved selective and dual antagonists targeting EP2 and EP4 receptors.
履歴
登録2024年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年12月17日-
現状2025年12月17日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61762.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61762.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.616 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.616 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-2.0324788 - 3.3316088
平均 (標準偏差)0.0010550761 (±0.060139176)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 239.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61762_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61762_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human prostaglandin E receptor EP2

全体名称: human prostaglandin E receptor EP2
要素
  • 複合体: human prostaglandin E receptor EP2
    • タンパク質・ペプチド: GFP-like fluorescent chromoprotein,Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype,Soluble cytochrome b562,Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Nb
  • リガンド: PF-04418948

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超分子 #1: human prostaglandin E receptor EP2

超分子名称: human prostaglandin E receptor EP2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #4, #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Heavy chain of Fab fragment

分子名称: Heavy chain of Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.152984 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEVQLVESGG GLVQPGGSLR LSCAASGFNV RSFSIHWVRQ APGKGLEWVA YISSSSGSTS YADSVKGRFT ISADTSKNTA YLQMNSLRA EDTAVYYCAR WGYWPGEPWW KAFDYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
MEVQLVESGG GLVQPGGSLR LSCAASGFNV RSFSIHWVRQ APGKGLEWVA YISSSSGSTS YADSVKGRFT ISADTSKNTA YLQMNSLRA EDTAVYYCAR WGYWPGEPWW KAFDYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKS

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分子 #2: Light chain of Fab fragment

分子名称: Light chain of Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.398066 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
MDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRG

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分子 #3: Nb

分子名称: Nb / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.276541 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
GSQVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCAASGRT ISRYAMSWFR QAPGKEREFV AVARRSGDGA FYADSVQGRF TVSRDDAKTV YLQMNSLKP EDTAVYYCAI DSDTFYSGSY DYWGQGTQVT VSS

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分子 #4: GFP-like fluorescent chromoprotein,Prostaglandin E2 receptor EP2 ...

分子名称: GFP-like fluorescent chromoprotein,Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype,Soluble cytochrome b562,Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype,Soluble cytochrome b562
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 76.678398 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDAKH HHHHHHHHAS VIKPEMKIKL RMEGAVNGHK FVIEGEGIGK PYEGTQTLDL TVEEGAPLPF SYDILTPAFQ YGNRAFTKY PEDIPDYFKQ AFPEGYSWER SMTYEDQGIC IATSDITMEG DCFFYEIRFD GTNFPPNGPV MQKKTLKWEP S TEKMYVED ...文字列:
DYKDDDDAKH HHHHHHHHAS VIKPEMKIKL RMEGAVNGHK FVIEGEGIGK PYEGTQTLDL TVEEGAPLPF SYDILTPAFQ YGNRAFTKY PEDIPDYFKQ AFPEGYSWER SMTYEDQGIC IATSDITMEG DCFFYEIRFD GTNFPPNGPV MQKKTLKWEP S TEKMYVED GVLKGDVEMA LLLEGGGHYR CDFKTTYKAK KDVRLPDAHE VDHRIEILSH DKDYNKVRLY EHAEARYSGG GS GGGGSAM GNASNDSQSE DCETRQWLPP GESPAISSVM FSAGVLGNLI ALALLARRWR GDVGCSAGRR SSLSLFHVLV TEL VFTDLL GTCLISPVVL ASYARNQTLV ALAPESRACT YFAFAMTFFS LATMLMLFAM ALERYLSIGH PYFYQRRVSR SGGL AVLPV IYAVSLLFCS LPLLDYGQYV QYCPGTWCFI RHGRTAYLQL YATLLLLLIV SVLACNFSVI LNLIRARRQL ADLED NWET LNDNLKVIEK ADNAAQVKDA LTKMRAAALD AQKGGSGGRS PEMKDFRHGF DILVGQIDDA LKLANEGKVK EAQAAA EQL KTTRNAYIQK YLERARSTLA EETDHLILLA IMTITFAVCS LPFTIFAYMN ETSSRKEKWD LQALRFLSIN SIIDPWV FA ILRPPVLRLM RSVLCCRISL RTQDATQTSC STQSDASKQA DL

UniProtKB: Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype, Soluble cytochrome b562, Prostaglandin E2 receptor EP2 subtype

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分子 #5: PF-04418948

分子名称: PF-04418948 / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: A1ECS
分子量理論値: 409.407 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 214366
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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