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- EMDB-61743: Structural Insights into Selective Antagonism of TG6-129 and EP4 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61743
タイトルStructural Insights into Selective Antagonism of TG6-129 and EP4 Prostaglandin Receptor
マップデータ
試料
  • 複合体: human prostaglandin E receptor EP4
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: GFP-like fluorescent chromoprotein,Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
  • リガンド: ~{N}-[[4-[(5-ethyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)sulfamoyl]phenyl]carbamothioyl]-3-(4-fluorophenyl)propanamide
  • リガンド: water
キーワードGPCR / MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of eosinophil extravasation / prostaglandin E receptor activity / negative regulation of integrin activation / Prostanoid ligand receptors / T-helper cell differentiation / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of cytokine production / response to mechanical stimulus / response to prostaglandin E / JNK cascade ...negative regulation of eosinophil extravasation / prostaglandin E receptor activity / negative regulation of integrin activation / Prostanoid ligand receptors / T-helper cell differentiation / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of cytokine production / response to mechanical stimulus / response to prostaglandin E / JNK cascade / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cytokine production / cellular response to mechanical stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / bone development / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / cellular response to prostaglandin E stimulus / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / immune response / inflammatory response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prostanoid EP4 receptor / Prostaglandin DP receptor / Prostanoid receptor / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Wu YL / Zhang H / Xu JY / Wu CR / Xu EH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Insights into Selective and Dual Antagonism of EP2 and EP4 Prostaglandin Receptor
著者: Wu YL / Zhang H / Xu JY / Wu K / Hu W / Wu CR / Xu EH
履歴
登録2024年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61743.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61743.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 263.68 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 263.68 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 263.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.95340836 - 1.4332967
平均 (標準偏差)-0.00029695008 (±0.029424854)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 263.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61743_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61743_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human prostaglandin E receptor EP4

全体名称: human prostaglandin E receptor EP4
要素
  • 複合体: human prostaglandin E receptor EP4
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: GFP-like fluorescent chromoprotein,Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
  • リガンド: ~{N}-[[4-[(5-ethyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)sulfamoyl]phenyl]carbamothioyl]-3-(4-fluorophenyl)propanamide
  • リガンド: water

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超分子 #1: human prostaglandin E receptor EP4

超分子名称: human prostaglandin E receptor EP4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Heavy chain of Fab fragment

分子名称: Heavy chain of Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.574092 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEWRWIFLFL LSGTTGVHSE IQLQQSGPEL VKPGASVKVS CKASGFPFST YNIYWVIQSH GKSLEWIGYI DPYNGGTSYN QKFRGKATL TVDKSSSTAY MHLNSLTSED SAVYYCARRW YTYDGDWFAY WGQGTLVTVS AAKTTAPSVY PLAPVCGDTT G SSVTLGCL ...文字列:
MEWRWIFLFL LSGTTGVHSE IQLQQSGPEL VKPGASVKVS CKASGFPFST YNIYWVIQSH GKSLEWIGYI DPYNGGTSYN QKFRGKATL TVDKSSSTAY MHLNSLTSED SAVYYCARRW YTYDGDWFAY WGQGTLVTVS AAKTTAPSVY PLAPVCGDTT G SSVTLGCL VKGYFPEPVT LTWNSGSLSS GVHTFPAVLQ SDLYTLSSSV TVTSSTWPSQ SITCNVAHPA SSTKVDKKIE PR GPTIKPC PPCKCP

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分子 #2: Light chain of Fab fragment

分子名称: Light chain of Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 28.944303 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDMRTPAQFL GILLLWFPGI KCDIKMTQSP SSMYVSLGER VTITCKASQD INRYLSWFQQ KPGKSPKTLI YRANRMLDGV PSRFSGSGS GQDYSLTISS LEYEDMGNYY CLQYDEFPFT FGSGTKLEIK RADAAPTVSI FPPSSEQLTS GGASVVCFLN N FYPKDINV ...文字列:
MDMRTPAQFL GILLLWFPGI KCDIKMTQSP SSMYVSLGER VTITCKASQD INRYLSWFQQ KPGKSPKTLI YRANRMLDGV PSRFSGSGS GQDYSLTISS LEYEDMGNYY CLQYDEFPFT FGSGTKLEIK RADAAPTVSI FPPSSEQLTS GGASVVCFLN N FYPKDINV KWKIDGSERQ NGVLNSWTDQ DSKDSTYSMS STLTLTKDEY ERHNSYTCEA THKTSTSPIV KSFNRNECVD EN LYFQGAS HHHHHHHH

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分子 #3: GFP-like fluorescent chromoprotein,Prostaglandin E2 receptor EP4 ...

分子名称: GFP-like fluorescent chromoprotein,Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.463859 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: ASVIKPEMKI KLRMEGAVNG HKFVIEGEGI GKPYEGTQTL DLTVEEGAPL PFSYDILTPA FQYGNRAFTK YPEDIPDYFK QAFPEGYSW ERSMTYEDQG ICIATSDITM EGDCFFYEIR FDGTNFPPNG PVMQKKTLKW EPSTEKMYVE DGVLKGDVEM A LLLEGGGH ...文字列:
ASVIKPEMKI KLRMEGAVNG HKFVIEGEGI GKPYEGTQTL DLTVEEGAPL PFSYDILTPA FQYGNRAFTK YPEDIPDYFK QAFPEGYSW ERSMTYEDQG ICIATSDITM EGDCFFYEIR FDGTNFPPNG PVMQKKTLKW EPSTEKMYVE DGVLKGDVEM A LLLEGGGH YRCDFKTTYK AKKDVRLPDA HEVDHRIEIL SHDKDYNKVR LYEHAEARYS GGGSGGGGSA PGVQSSASLS PD RLNSPVT IPAVMFIFGV VGNLVAIVVL CKSRKEQKET TFYTLVCGLL VTDLLGTLLV SPVTIATYMK GQWPGGQPLC EYS TFILLF FSLSRLSIIC AMSVERYLAI NHAYFYSHYV DKRLAGLTLF AVYASNVLFC ALPNMGLGSS RLQYPDTWCF IDWT TQVTA HAAYSYMYAG FSSFLILATV LCNVLVCGAL LRMHRQFFRR IAGAEIQMVI LLIATSLVVL ICSIPLVVRV FVNQL YQPS LEREVSKNPD LQAIRIASVN PILDPWIYIL LRKTVLSKAI EKIKCLFCRI GGSRRERSGQ HCSDS

UniProtKB: Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype

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分子 #4: ~{N}-[[4-[(5-ethyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)sulfamoyl]phenyl]carbamo...

分子名称: ~{N}-[[4-[(5-ethyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)sulfamoyl]phenyl]carbamothioyl]-3-(4-fluorophenyl)propanamide
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: A1EC5
分子量理論値: 493.598 Da

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 97395
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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