EMDB-61739: Raw consensus map of the Vgamma9Vdelta2 TCR-engaged BTN3A1-BTN3A2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-61739

タイトル

Raw consensus map of the Vgamma9Vdelta2 TCR-engaged BTN3A1-BTN3A2-BTN2A1 complex

マップデータ

B-factor sharpened

試料

複合体: Vgamma9Vdelta2 TCR-engaged BTN3A1-BTN3A2-BTN2A1 complex

キーワード

butyrophilin / phosphoantigen / receptor / IMMUNE SYSTEM

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å

データ登録者

Zhang M / Wang YQ / Xiao JY

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2025
タイトル: Structures of butyrophilin multimers reveal a plier-like mechanism for V gamma 9V delta 2 T cell receptor activation
著者: Zhang M / Wang Y / Cai N / Qu Y / Ma X / Xue J / Chen X / Zhang X / Xiao J / Zhang Y

履歴

登録	2024年9月28日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年6月18日	-
マップ公開	2025年6月18日	-
更新	2025年6月18日	-
現状	2025年6月18日	処理サイト: PDBc / 状態: 公開

添付画像	emd_61739.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_61739.map.gz	267 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-61739-v30.xml emd-61739.xml	12.4 KB 12.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_61739_fsc.xml	13.9 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_61739.png	81.5 KB
Filedesc metadata	emd-61739.cif.gz	3.9 KB
その他	emd_61739_half_map_1.map.gz emd_61739_half_map_2.map.gz	262.3 MB 262.3 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-61739 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-61739	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61724C 61732C 61733C 61734C 61735C 61736C 61737C 61738C 61740C 9jq6C 9jqpC 9jqqC 9jqrC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_61739.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

B-factor sharpened

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.95 Å/pix. x 420 pix. = 399. Å	0.95 Å/pix. x 420 pix. = 399. Å	0.95 Å/pix. x 420 pix. = 399. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.95 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.08
最小 - 最大	-1.1808563 - 1.8658412
平均 (標準偏差)	-0.00017016474 (±0.017002583)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_61739_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_61739_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Vgamma9Vdelta2 TCR-engaged BTN3A1-BTN3A2-BTN2A1 complex

全体	名称: Vgamma9Vdelta2 TCR-engaged BTN3A1-BTN3A2-BTN2A1 complex
要素	複合体: Vgamma9Vdelta2 TCR-engaged BTN3A1-BTN3A2-BTN2A1 complex

-
超分子 #1: Vgamma9Vdelta2 TCR-engaged BTN3A1-BTN3A2-BTN2A1 complex

超分子	名称: Vgamma9Vdelta2 TCR-engaged BTN3A1-BTN3A2-BTN2A1 complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 282479
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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-超分子 #1: Vgamma9Vdelta2 TCR-engaged BTN3A1-BTN3A2-BTN2A1 complex

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