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- EMDB-6167: Essential Structural and Functional Roles of the Cmr4 Subunit in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6167
タイトルEssential Structural and Functional Roles of the Cmr4 Subunit in RNA Cleavage by the Cmr CRISPR-Cas Complex
マップデータHelical reconstruction of Cmr4-5 filament
試料
  • 試料: Filament of Cmr4 and Cmr5
  • タンパク質・ペプチド: Cmr4
  • タンパク質・ペプチド: Cmr5
キーワードCRISPR / Cmr complex / RNA interference / Cmr proteins
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Ramia NF / Spilman M / Tang L / Shao Y / Elmore J / Hale C / Cocozaki A / Bhattacharya N / Terns RM / Terns MP ...Ramia NF / Spilman M / Tang L / Shao Y / Elmore J / Hale C / Cocozaki A / Bhattacharya N / Terns RM / Terns MP / Li H / Stagg SM
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Essential structural and functional roles of the Cmr4 subunit in RNA cleavage by the Cmr CRISPR-Cas complex.
著者: Nancy F Ramia / Michael Spilman / Li Tang / Yaming Shao / Joshua Elmore / Caryn Hale / Alexis Cocozaki / Nilakshee Bhattacharya / Rebecca M Terns / Michael P Terns / Hong Li / Scott M Stagg /
要旨: The Cmr complex is the multisubunit effector complex of the type III-B clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-Cas immune system. The Cmr complex recognizes a target RNA ...The Cmr complex is the multisubunit effector complex of the type III-B clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-Cas immune system. The Cmr complex recognizes a target RNA through base pairing with the integral CRISPR RNA (crRNA) and cleaves the target at multiple regularly spaced locations within the complementary region. To understand the molecular basis of the function of this complex, we have assembled information from electron microscopic and X-ray crystallographic structural studies and mutagenesis of a complete Pyrococcus furiosus Cmr complex. Our findings reveal that four helically packed Cmr4 subunits, which make up the backbone of the Cmr complex, act as a platform to support crRNA binding and target RNA cleavage. Interestingly, we found a hook-like structural feature associated with Cmr4 that is likely the site of target RNA binding and cleavage. Our results also elucidate analogies in the mechanisms of crRNA and target molecule binding by the distinct Cmr type III-A and Cascade type I-E complexes.
履歴
登録2014年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年11月26日-
マップ公開2014年12月17日-
更新2014年12月24日-
現状2014年12月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6167.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6167.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Helical reconstruction of Cmr4-5 filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.78 Å/pix.
x 96 pix.
= 266.88 Å		2.78 Å/pix.
x 96 pix.
= 266.88 Å		2.78 Å/pix.
x 96 pix.
= 266.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 3.3 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-5.21389723 - 7.38952255
平均 (標準偏差)0.03401719 (±1.03925931)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-48-48-48
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 266.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.782.782.78
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z266.880266.880266.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-48-48-48
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-5.2147.3900.034

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Filament of Cmr4 and Cmr5

全体名称: Filament of Cmr4 and Cmr5
要素
  • 試料: Filament of Cmr4 and Cmr5
  • タンパク質・ペプチド: Cmr4
  • タンパク質・ペプチド: Cmr5

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超分子 #1000: Filament of Cmr4 and Cmr5

超分子名称: Filament of Cmr4 and Cmr5 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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分子 #1: Cmr4

分子名称: Cmr4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: Cmr5

分子名称: Cmr5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.4, 500 mM NaCl, 5% v/v glycerol, 5 mM beta-mercaptoethanol
グリッド詳細: 400 mesh Quantifoil grid with 2-micron holes
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Filaments were prepared for cryoEM by heating a sample of Cmr4-5 to 70 degrees C for 15 minutes and cooling to room temperature over 10 minutes.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification.
Legacy - Electron beam tilt params: 0
日付2013年6月19日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 1866 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Featureless cylinder was refined by projection and cross correlation with EMAN1, correspondence analysis with Spider, and helical symmetry refinement with IHRSR.
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 24.7 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 48.2 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN1, Spider, IHRSR
CTF補正詳細: phase flip of each particle
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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